Paavo Honkakoski tutkii lääkeaineiden aineenvaihdunnan entsyymeitä ja lääkkeitä kuljettavia transporttereita, niitä sääteleviä tumareseptoreita ja näiden prosessien soveltamista lääkeaineiden ominaisuuksien tutkimuksissa. Hän kuuluu UEF:n tutkimusyhteisöön DrugTech ja mukana UEF:n koordinoimissa H2020 EDCMET-konsortiossa sekä Horizon Europe NEMESIS-konsortiossa.