Onni Sirkiä
Väitöskirjatutkija
Ympäristö- ja biotieteiden laitos, Luonnontieteiden, metsätieteiden ja tekniikan tiedekunta
Tutkimusryhmät
Julkaisut
11/11 kappaletta-
Tumor Invasive Border Index (TIBI) in colorectal cancer: linking infiltrative morphology to molecular insights
Kehusmaa, Akseli; Härkönen, Jouni; Li, Huayi; Sirniö, Päivi; Äijälä, Ville K; Karjalainen, Henna; Kastinen, Meeri; Tapiainen, Vilja V; Mantere, Tuomo; Pohjanen, Vesa‐Matti; Elomaa, Hanna; Sirkiä, Onni; Pasquier, Nicolas; Ahtiainen, Maarit; Helminen, Olli; Wirta, Erkki‐Ville; Mattila, Taneli T; Lindgren, Outi; Savela, Janette; Rintala, Jukka; Meriläinen, Sanna; Saarnio, Juha; Rautio, Tero; Seppälä, Toni T; Böhm, Jan; Mecklin, Jukka‐Pekka; Mäkinen, Markus J; Tuomisto, Anne; Ivaska, Johanna; Väyryn, 2026, Journal of pathology, [First published: 18 June 2026], 1-15. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Tumor-infiltrating Basophils Are Associated With Improved Prognosis in Colorectal Cancer
Rahkola, Oskari; Karjalainen, Henna; Äijälä, Ville K; Kastinen, Meeri; Tapiainen, Vilja V.; Elomaa, Hanna; Sirkiä, Onni; Pohjanen, Vesa-Matti; Ahtiainen, Maarit; Helminen, Olli; Mattila, Taneli T; Lindgren, Outi; Wirta, Erkki-Ville; Rintala, Jukka; Meriläinen, Sanna; Saarnio, Juha; Rautio, Tero; Seppälä, Toni T; Böhm, Jan; Mecklin, Jukka-Pekka; Tuomisto, Anne; Mäkinen, Markus J; Väyrynen, Juha P; Sirniö, Päivi, 2026, Laboratory investigation, 106, 9, 106152. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Associations of mucinous differentiation and mucin expression with immune cell infiltration and prognosis in colorectal adenocarcinoma
Elomaa, Hanna; Tarkiainen, Vilma; Äijälä, Ville K; Sirniö, Päivi; Ahtiainen, Maarit; Sirkiä, Onni; Karjalainen, Henna; Kastinen, Meeri; Tapiainen, Vilja V; Rintala, Jukka; Meriläinen, Sanna; Saarnio, Juha; Rautio, Tero; Tuomisto, Anne; Helminen, Olli; Wirta, Erkki-Ville; Seppälä, Toni .; Böhm, Jan; Mäkinen, Markus J; Mecklin, Jukka-Pekka; Väyrynen, Juha P, 2025, British journal of cancer, 132, 7, 660-669. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
CDX2 and SATB2 loss are associated with myeloid cell infiltration and poor survival in colorectal cancer
Sirniö, Päivi; Elomaa, Hanna; Tuomisto, Anne; Äijälä, Ville K.; Karjalainen, Henna; Kastinen, Meeri; Tapiainen, Vilja V.; Sirkiä, Onni; Ahtiainen, Maarit; Helminen, Olli; Wirta, Erkki-Ville; Rintala, Jukka; Meriläinen, Sanna; Saarnio, Juha; Rautio, Tero; Seppälä, Toni T.; Böhm, Jan; Mecklin, Jukka-Pekka; Mäkinen, Markus J.; Väyrynen, Juha P, 2025, Cancer immunology immunotherapy, 74, 4, 111. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Comprehensive characterization of micropapillary colorectal adenocarcinoma
Äijälä, Ville K; Härkönen, Jouni; Mantere, Tuomo; Elomaa, Hanna; Sirniö, Päivi; Pohjanen, Vesa‐Matti; Sirkiä, Onni; Karjalainen, Henna; Kastinen, Meeri; Tapiainen, Vilja V; Väyrynen, Sara A; Pölönen, Petri; Ahtiainen, Maarit; Helminen, Olli; Wirta, Erkki‐Ville; Rintala, Jukka; Meriläinen, Sanna; Saarnio, Juha; Rautio, Tero; Pylkäs, Katri; Seppälä, Toni T; Böhm, Jan; Mecklin, Jukka‐Pekka; Tuomisto, Anne; Mäkinen, Markus J; Väyrynen, Juha P, 2025, Journal of pathology, 265, 4, 408-421. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Impact of stromal maturity and proportion on prognosis and immune landscape in colorectal cancer
Tapiainen, Vilja V; Sirniö, Päivi; Karjalainen, Henna; Äijälä, Ville K; Kastinen, Meeri; Pohjanen, Vesa-Matti; Elomaa, Hanna; Sirkiä, Onni; Ahtiainen, Maarit; Helminen, Olli; Wirta, Erkki-Ville; Lindgren, Outi; Mattila, Taneli T; Rintala, Jukka; Meriläinen, Sanna; Saarnio, Juha; Rautio, Tero; Seppälä, Toni T; Böhm, Jan; Mecklin, Jukka-Pekka; Tuomisto, Anne; Mäkinen, Markus J; Väyrynen, Juha P, 2025, Annals of medicine, 58, 1, 2606512. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Multimarker assessment of B cell and plasma cell subsets and their prognostic role in the colorectal cancer microenvironment
Sirkiä, Onni; Karjalainen, Henna; Elomaa, Hanna; Väyrynen, Sara A; Tuomisto, Anne; Sirniö, Päivi; Äijälä, Ville K; Tapiainen, Vilja V; Kastinen, Meeri; Wirta, Erkki-Ville; Helminen, Olli; Meriläinen, Sanna; Rintala, Jukka; Saarnio, Juha; Rautio, Tero; Seppälä, Toni T; Mäkinen, Markus J; Mecklin, Jukka-Pekka; Böhm, Jan; Ahtiainen, Maarit; Väyrynen, Juha P, 2025, Clinical cancer research, 31, 12, 2466-2477. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
PTEN status, tumor immune microenvironment, and survival in colorectal cancer
Karjalainen, Joni; Sirkiä, Onni; Sirniö, Päivi; Elomaa, Hanna; Karjalainen, Henna; Äijälä, Ville K; Kastinen, Meeri; Tapiainen, Vilja V; Pohjanen, Vesa-Matti; Ahtiainen, Maarit; Helminen, Olli; Wirta, Erkki-Ville; Mattila, Taneli T; Lindgren, Outi; Rintala, Jukka; Meriläinen, Sanna; Saarnio, Juha; Rautio, Tero; Seppälä, Toni T; Böhm, Jan; Mecklin, Jukka-Pekka; Tuomisto, Anne; Mäkinen, Markus J; Väyrynen, Juha P, 2025, Virchows archiv, [Published: 18 November 20259, 1-10. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Stroma AReactive Invasion Front Areas (SARIFA), tumour immune microenvironment, and survival in colorectal cancer
Tapiainen, Vilja V; Sirniö, Päivi; Elomaa, Hanna; Karjalainen, Henna; Äijälä, Ville K; Kastinen, Meeri; Kehusmaa, Akseli; Pohjanen, Vesa-Matti; Lindgren, Outi; Sirkiä, Onni; Ahtiainen, Maarit; Helminen, Olli; Wirta, Erkki-Ville; Rintala, Jukka; Saarnio, Juha; Rautio, Tero; Seppälä, Toni T; Böhm, Jan; Mecklin, Jukka-Pekka; Tuomisto, Anne; Mäkinen, Markus J; Väyrynen, Juha P, 2025, British journal of cancer, 132, 9, 805-813. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Unraveling the effects and characteristics of proliferating tumor and cytotoxic T cells in colorectal cancer
Kastinen, Meeri; Härkönen, Jouni; Sirniö, Päivi; Elomaa, Hanna; Karjalainen, Henna; Äijälä, Ville K.; Tapiainen, Vilja V; Sirkiä, Onni; Pohjanen, Vesa-Matti; Ahtiainen, Maarit; Helminen, Olli; Wirta, Erkki-Ville; Rintala, Jukka; Meriläinen, Sanna; Saarnio, Juha; Rautio, Tero; Seppälä, Toni T; Böhm, Jan; Mecklin, Jukka-Pekka; Tuomisto, Anne; Mäkinen, Markus J; Väyrynen, Juha P, 2025, Clinical cancer research, 32, 2, 350-362. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä