Kardiovaskulaarisen genomiikan laboratoriomme tutkii sydän- ja verisuonisairauksien, erityisesti ateroskleroottisen sydän- ja verisuonisairauden (ASCVD) ja kardiometabolisten sairauksien, taustalla olevia mekanismeja. Hyödynnämme työssämme solubiologisia ja geneettisiä malleja, yksisolusekvensointia, funktionaalisen genomiikan menetelmiä sekä bioinformatiikkaa. Meillä on vahvaa osaamista ei-koodaavien geneettisten varianttien toiminnallisessa kartoituksessa, ja olemme kehittäneet laajoja CRISPR/Cas9-pohjaisia ja reportterikokeisiin perustuvia analyysimenetelmiä. Näiden avulla olemme tuottaneet uutta tietoa sydän- ja verisuonisairauksien geneettisestä taustasta. Laboratoriomme ylläpitää myös yksisolugenomiikan palvelulaboratoriota.
Tutkimusryhmämme toimii monitieteisessä ympäristössä, jossa yhdistyvät geenisäätelyn ja verisuonibiologian perustutkimus, genetiikka ja bioinformatiikka. Teemme tiivistä yhteistyötä kansainvälisten huippulaboratorioiden kanssa, mikä tarjoaa pääsyn laajoihin kliinisiin ja väestöpohjaisiin aineistoihin sekä sydän- ja verisuonisairauksien potilasbiopankkeihin. Tavoitteenamme on edistää tutkimusta, joka vie sydän- ja verisuonisairauksien ymmärrystä ja hoitoa kohti entistä yksilöllisempää ja vaikuttavampaa suuntaa.
Ajankohtaista
-
Tutkijat tunnistivat 12 sepelvaltimotaudin syntyyn osallistuvaa solutyyppiäTutkijat tunnistivat 12 sepelvaltimotaudin syntyyn osallistuvaa solutyyppiä
Avainsanat
Professorit
Vanhemmat tutkijat
Tutkijatohtorit
-
Uma Thanigai Arasu
TutkijatohtoriA.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta -
Mari Taipale
YliopistotutkijaA.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta -
Gyan Ranjan
TutkijatohtoriA.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta -
Jagadish Vangipurapu
YliopistotutkijaA.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta -
Raju Gudhe
TutkijatohtoriA.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta
Väitöskirjatutkijat
-
Aarthi Ravindran
Vieraileva tutkijaA.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta -
Anu Nyberg
VäitöskirjatutkijaA.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta -
Valtteri Nurminen
VäitöskirjatutkijaA.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta -
Negar Pouyanfar
VäitöskirjatutkijaA.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta -
Aydin Bölük
VäitöskirjatutkijaA.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta -
Iida Vokkolainen
VäitöskirjatutkijaA.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta -
Jimi Virkkala
ApurahatutkijaA.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta -
Bharadwaja Velidendla
VäitöskirjatutkijaA.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta
Teknikot
-
Merja Lukkari
ErikoislaboratorioteknikkoA.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta -
Riikka Kärnä
TutkimusteknikkoA.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta
Muut ryhmän jäsenet
-
Iida Puranen [email protected]
-
Meri Hosiasluoma [email protected]
-
Elenonoora Ranssi [email protected]
Julkaisut
25 kappaletta-
MicroRNA gene dynamics in immune cell subpopulations during aging and atherosclerosis disease development at single-cell resolution
de Sande, Ana Hernández; Turunen, Tanja; Bouvy-Liivrand, Maria; Örd, Tiit; Palani, Senthil; Lahnalampi, Mari; Tundidor-Centeno, Celia; Liljenbäck, Heidi; Virta, Jenni; Niskanen, Henri; Jayasingha, Buddika; Smålander, Olli-Pekka; Sinkkonen, Lasse; Mikkola, Lea; Sauter, Thomas; Roivainen, Anne; Lönnberg, Tapio; Kaikkonen, Minna U; Heinäniemi, Merja, 2025, Genome medicine, 17, 1, 112. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Single-cell RNA sequencing reveals sex differences in the subcellular composition and associated gene-regulatory network activity of human carotid plaques
Sukhavasi, Katyayani; Mocci, Giuseppe; Ma, Lijiang; Hodonsky, Chani J.; Diez Benevante, Ernest; Muhl, Lars; Liu, Jianping; Gustafsson, Sonja; Buyandelger, Byambajav; Koplev, Simon; Lendahl, Urban; Vanlandewijck, Michael; Singha, Prosanta; Örd, Tiit; Beter, Mustafa; Selvarajan, Ilakya; Laakkonen, Johanna P.; Väli, Marika; den Ruijter, Hester M.; Civelek, Mete; Hao, Ke; Ruusalepp, Arno; Betsholtz, Christer; Järve, Heli; Kovacic, Jason C.; Miller, Clint L.; Romanoski, Casey; Kaikkonen, Minna U.; Bj, 2025, Nature cardiovascular research, 4, 4, 412–432. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Slc7a7 licenses macrophage glutaminolysis for restorative functions in atherosclerosis
Benhmammouch, Saloua; Borowczyk, Coraline; Pierrot-Blanchet, Clara; Barouillet, Thibault; Murcy, Florent; Dussaud, Sébastien; Blanc, Marina; Blériot, Camille; Örd, Tiit; Habbouche, Lama; Vaillant, Nathalie; Gerber, Yohan; Cochain, Clément; Gautier, Emmanuel L; Ginhoux, Florent; Thorp, Edward B.; Biessen, Erik AL; Sluimer, Judith C.; Bodoy, Susanna; Palacin, Manuel; Bailly-Maitre, Béatrice; Kaikkonen, Minna U; Yvan-Charvet, Laurent, 2025, Nature metabolism, 7, 9, 1924–1938. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Special issue: Decoding atherosclerosis: Epigenetics and functional genomics
Romanoski, Casey E; Kaikkonen, Minna U, 2025, Elsevier. C2 Toimitettu teos -
An abdominal obesity missense variant in the adipocyte thermogenesis gene TBX15 is implicated in adaptation to cold in Finns
Deal, Milena; Kar, Asha; Lee, Seung Hyuk T.; Alvarez, Marcus; Rajkumar, Sandhya; Arasu, Uma Thanigai; Kaminska, Dorota; Männistö, Ville; Heinonen, Sini; van der Kolk, Birgitta W.; Säiläkivi, Ulla; Saarinen, Tuure; Juuti, Anne; Pihlajamäki, Jussi; Kaikkonen, Minna U.; Laakso, Markku; Pietiläinen, Kirsi H.; Pajukanta, Päivi, 2024, American journal of human genetics, 111, 11, 2542-2560. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Coronary Artery Disease Risk Variant Dampens the Expression of CALCRL by Reducing HSF Binding to Shear Stress Responsive Enhancer in Endothelial Cells in Vitro
Selvarajan, Ilakya; Kiema, Miika; Huang, Ru Ting; Li, Jin; Zhu, Jiayu; Pölönen, Petri; Örd, Tiit; Õunap, Kadri; Godiwala, Mehvash; Golebiewski, Anna Kathryn; Ravindran, Aarthi; Mäklin, Kiira; Toropainen, Anu; Stolze, Lindsey K; Arce, Maximiliano; Magnusson, Peetra U; White, Stephen; Romanoski, Casey E; Heinäniemi, Merja; Laakkonen, Johanna P; Fang, Yun; Kaikkonen, Minna U, 2024, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology, 44, 6, 1330-1345. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Enhancing prediction accuracy of coronary artery disease through machine learning-driven genomic variant selection
Alireza, Z.; Maleeha, M.; Kaikkonen, M.; Fortino, V., 2024, Journal of translational medicine, 22, 1, 356. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Secreted Protein Profiling of Human Aortic Smooth Muscle Cells Identifies Vascular Disease Associations
Aherrahrou, Rédouane; Baig, Ferheen; Theofilatos, Konstantinos; Lue, Dillon; Beele, Alicia; Örd, Tiit; Kaikkonen, Minna U; Aherrahrou, Zouhair; Cheng, Qi; Ghosh, Saikat Kumar B; Karnewar, Santosh; Karnewar, Vaishnavi; Finn, Aloke V; Owens, Gary K; Joner, Michael; Mayr, Manuel; Civelek, Mete, 2024, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology, 44, 4, 898-914. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Single nucleus RNA-sequencing integrated into risk variant colocalization discovers 17 cell-type-specific abdominal obesity genes for metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease
Lee, Seung Hyuk T; Garske, Kristina M; Arasu, Uma Thanigai; Kar, Asha; Miao, Zong; Alvarez, Marcus; Koka, Amogha; Darci-Maher, Nicholas; Benhammou, Jihane N; Pan, David Z; Örd, Tiit; Kaminska, Dorota; Männistö, Ville; Heinonen, Sini; Wabitsch, Martin; Laakso, Markku; Agopian, Vatche G; Pisegna, Joseph R; Pietiläinen, Kirsi H; Pihlajamäki, Jussi; Kaikkonen, Minna U; Pajukanta, Päivi, 2024, EBioMedicine, 106, 105232. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Single-Cell Gene-Regulatory Networks of Advanced Symptomatic Atherosclerosis
Mocci, Giuseppe; Sukhavasi, Katyayani; Örd, Tiit; Bankier, Sean; Singha, Prosanta; Arasu, Uma Thanigai; Agbabiaje, Olayinka Oluwasegun; Mäkinen, Petri; Ma, Lijiang; Hodonsky, Chani J; Aherrahrou, Redouane; Muhl, Lars; Liu, Jianping; Gustafsson, Sonja; Byandelger, Byambajav; Wang, Ying; Koplev, Simon; Lendahl, Urban; Owens, Gary; Leeper, Nicholas J; Pasterkamp, Gerard; Vanlandewijck, Michael; Michoel, Tom; Ruusalepp, Arno; Hao, Ke; Ylä-Herttuala, Seppo; Väli, Marika; Järve, Heli; Mokry, Michal; C, 2024, Circulation research, 134, 11, 1405-1423. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä