Kasvien spektrikuvaus- ja fenotyypityslaboratorio
Kasvien spektrikuvaus- ja fenotyypityslaboratorio (aiemmin Spektromiikkalaboratorio) muodostaa yhdessä Helsingin yliopiston kanssa kasvien kansallisen fenotyypitysinfrastruktuurin (NaPPI), joka on osa Biokeskus Suomea. Laboratorio on osa Itä-Suomen yliopiston Fotoniikan tutkimuskeskusta ja Suomen Akatemian Fotoniikan tutkimuksen ja innovaatioiden lippulaivaa (PREIN).
Yhteistyö
-
Kasvien ekofysiologia ja fenotyypitys -
Fotoniikan tutkimuskeskus -
Kasviekologia -
Metsien häiriöekologia
Tutkimuslaitteet
-
Specim sCMOS V10E VNIR (400 – 1000 nm)
Specim SWIR (1000 – 2500 nm)
Specim MWIR (3000 – 5000 nm)
Specim IQ kannettava VNIR kamera (400 – 1000 nm)
Headwall UV (250 – 600 nm)
IMEC VNIR Snapscan (470 – 900 nm) -
Kuvantavat pulssi-amplitudimoduloidut fluorometrit
PSI FluorCam FC-800
PSI HandycamPistemittaava pulssi-amplitudimoduloitu fluorometri
PhotosynQ MultispeQ v.2.0 (akkukäyttöinen, kannettava, 2 kpl)Nopeaa fluoresenssi-induktiota (OJIP) mittaava fluorometri
PSI PAR-FluorPen FP 110/D (akkukäyttöinen, kannettava, 2 kpl) -
FLIR E8
FLIR C3 -
Nikon D610
Nikon D7000 (muunnettu kamera, vain UV, 300 – 400 nm)
– objektiivina UV makro Nikon Rayfact 105/4.5
Nikon D7000 (muunnettu kamera, näkyvä + infrapuna 400 – 1000 nm)
Valikoima Nikkor-objektiiveja
Canon EOS 650D + EF 100 2.8L Macro IS USM + makro rengassalama MR-14EX -
Leica Z6 APO + Leica DFC450 C (motorisoitu zoom-makroskooppi)
Zeiss Axioscope A1 (fluoresenssimikrosooppi)
Andor Zyla sCMOS
Andor iXon Ultra 888 EMCCD
Andor iKon-M (UV + näkyvä, 200 – 1000 nm)
Spektrikamera IMEC Snapscan (470 – 900 nm) -
Sutter Instruments Lambda LS Xenon valolähde kulmasäädettävin kapeakaistaisin (15 nm FWHM 1 nm askelin) ohutfilmi-interferenssisuotimin ja nestevalokuiduin (338 – 700 nm + IR)
Valikoima UV and VIS ledejä
Erilaisia halogeenivalaisimia
UV-taskulamppuja -
Dualex Scientific+, akkukäyttöinen klorofylli-, flavonoli- ja antosyaani-indeksien mittalaite
Avainsanat
Henkilöt
-
Markku Keinänen
TutkimuspäällikköYmpäristö- ja biotieteiden laitos, Luonnontieteiden, metsätieteiden ja tekniikan tiedekunta -
Sari Kontunen-Soppela
YliopistonlehtoriYmpäristö- ja biotieteiden laitos, Luonnontieteiden, metsätieteiden ja tekniikan tiedekunta -
Leah Marie Martin
VäitöskirjatutkijaYmpäristö- ja biotieteiden laitos, Luonnontieteiden, metsätieteiden ja tekniikan tiedekunta
Julkaisut
30 kappaletta-
Observing accelerated chemical colour change in aspen and birch wood using hyperspectral imaging and spectrophotometry
Lampela, Joona; Keinänen, Markku; Haapala, Antti; Akinyemi, Olusegun; Möttönen, Veikko, 2025, European journal of wood and wood products, 83, 5, 159. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Short-term effects of low-intensity surface fires on dissolved organic matter from boreal forest soils
Rebiffé, Mathilde; Kohl, Lukas; Köster, Egle; Keinänen, Markku; Berninger, Frank; Köster, Kajar, 2025, Journal of soils and sediments, 25, 11, 3225-3244. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Advancing hyperspectral imaging techniques for root systems: a new pipeline for macro- and microscale image acquisition and classification
Faehn, Corine; Konert, Grzegorz; Keinänen, Markku; Karppinen, Katja; Krause, Kirsten, 2024, Plant methods, 20, 1, 171. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Day-to-day variation in chlorophyll fluorescence parameters of northern and southern silver birch in a common garden
Akinyemi, Olusegun Olaitan; Cepl, Jaroslav; Keski-Saari, Sarita; Stejskal, Jan; Tomaskova, Ivana; Keinaenen, Markku; Kontunen-Soppela, Sari, 2024, Journal of forestry research, 36, 1, 16. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Hyperspectral imaging for identification of irregular-shaped microplastics in water
Gebejes, A; Hrovat, B; Semenov, D; Kanyathare, B; Itkonen, T; Keinänen, M; Koistinen, A; Peiponen, K-E; Roussey, M, 2024, Science of the total environment, 944, 173811. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Derivative-based time-adjusted analysis of diurnal and within-tree variation in the OJIP fluorescence transient of silver birch
Akinyemi, Olusegun Olaitan; Čepl, Jaroslav; Keski-Saari, Sarita; Tomášková, Ivana; Stejskal, Jan; Kontunen-Soppela, Sari; Keinänen, Markku, 2023, Photosynthesis research, 157, 2-3, 133-146. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Detection and identification of microplastics directly in water by hyperspectral imaging
Gebejes, Ana; Kaynathare, Boniphace; Hrovat, Blaž; Semenov, Dmitri; Itkonen, Tommi; Keinänen, Markku; Koistinen, Arto; Peiponen, Kai-Erik; Roussey, Matthieu, 2023, 09002. A4 Artikkeli konferenssijulkaisussa -
Making the Genotypic Variation Visible: Hyperspectral Phenotyping in Scots Pine Seedlings
Stejskal, Jan; Čepl, Jaroslav; Neuwirthová, Eva; Akinyemi, Olusegun Olaitan; Chuchlík, Jiří; Provazník, Daniel; Keinänen, Markku; Campbell, Petya; Albrechtová, Jana; Lstibůrek, Milan; Lhotáková, Zuzana, 2023, Plant phenomics, 5, 0111. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Polar day syndrome: Differences in growth, photosynthetic traits and sink-size patterns between northern and southern Finnish silver birch (Betula pendula Roth) provenances in native and non-native photoperiods
Tenkanen, Antti; Keinänen, Markku; Oksanen, Elina; Keski-Saari, Sarita; Kontunen-Soppela, Sari, 2022, Tree physiology, 43, 1, 16-30. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Assessment of a portable UV-Vis spectrophotometer's performance in remote areas: Stream water DOC, Fe content and spectral data
Zhu, Xudan; Chen, Liang; Pumpanen, Jukka; Keinänen, Markku; Laudon, Hjalmar; Ojala, Anne; Palviainen, Marjo; Kiirikki, Mikko; Neitola, Kimmo; Berninger, Frank, 2021, Data in brief, 35, 106747. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä