Kasvien spektrikuvaus- ja fenotyypityslaboratorio

Tarkenna hakuasi

Tiedot Ihmiset Julkaisut

Kasvien spektrikuvaus- ja fenotyypityslaboratorio (aiemmin Spektromiikkalaboratorio) muodostaa yhdessä Helsingin yliopiston kanssa kasvien kansallisen fenotyypitysinfrastruktuurin (NaPPI), joka on osa Biokeskus Suomea. Laboratorio on osa Itä-Suomen yliopiston Fotoniikan tutkimuskeskusta ja Suomen Akatemian Fotoniikan tutkimuksen ja innovaatioiden lippulaivaa (PREIN).

Yhteistyö

Kansallinen kasvien fenotyypitysinfrastruktuuri (NaPPI)

Kasvien ekofysiologia ja fenotyypitys
Fotoniikan tutkimuskeskus
Kasviekologia
Metsien häiriöekologia

Avainsanat

kasvien fenotyypitys spektrikuvaus

Henkilöt

Markku Keinänen

Tutkimuspäällikkö

Ympäristö- ja biotieteiden laitos, Luonnontieteiden, metsätieteiden ja tekniikan tiedekunta
Sari Kontunen-Soppela

Yliopistonlehtori

Ympäristö- ja biotieteiden laitos, Luonnontieteiden, metsätieteiden ja tekniikan tiedekunta
Leah Marie Martin

Väitöskirjatutkija

Ympäristö- ja biotieteiden laitos, Luonnontieteiden, metsätieteiden ja tekniikan tiedekunta

Julkaisut

30 kappaletta

Observing accelerated chemical colour change in aspen and birch wood using hyperspectral imaging and spectrophotometry
Lampela, Joona; Keinänen, Markku; Haapala, Antti; Akinyemi, Olusegun; Möttönen, Veikko, 2025, European journal of wood and wood products, 83, 5, 159. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Short-term effects of low-intensity surface fires on dissolved organic matter from boreal forest soils
Rebiffé, Mathilde; Kohl, Lukas; Köster, Egle; Keinänen, Markku; Berninger, Frank; Köster, Kajar, 2025, Journal of soils and sediments, 25, 11, 3225-3244. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Advancing hyperspectral imaging techniques for root systems: a new pipeline for macro- and microscale image acquisition and classification
Faehn, Corine; Konert, Grzegorz; Keinänen, Markku; Karppinen, Katja; Krause, Kirsten, 2024, Plant methods, 20, 1, 171. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Day-to-day variation in chlorophyll fluorescence parameters of northern and southern silver birch in a common garden
Akinyemi, Olusegun Olaitan; Cepl, Jaroslav; Keski-Saari, Sarita; Stejskal, Jan; Tomaskova, Ivana; Keinaenen, Markku; Kontunen-Soppela, Sari, 2024, Journal of forestry research, 36, 1, 16. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Hyperspectral imaging for identification of irregular-shaped microplastics in water
Gebejes, A; Hrovat, B; Semenov, D; Kanyathare, B; Itkonen, T; Keinänen, M; Koistinen, A; Peiponen, K-E; Roussey, M, 2024, Science of the total environment, 944, 173811. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Derivative-based time-adjusted analysis of diurnal and within-tree variation in the OJIP fluorescence transient of silver birch
Akinyemi, Olusegun Olaitan; Čepl, Jaroslav; Keski-Saari, Sarita; Tomášková, Ivana; Stejskal, Jan; Kontunen-Soppela, Sari; Keinänen, Markku, 2023, Photosynthesis research, 157, 2-3, 133-146. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Detection and identification of microplastics directly in water by hyperspectral imaging
Gebejes, Ana; Kaynathare, Boniphace; Hrovat, Blaž; Semenov, Dmitri; Itkonen, Tommi; Keinänen, Markku; Koistinen, Arto; Peiponen, Kai-Erik; Roussey, Matthieu, 2023, 09002. A4 Artikkeli konferenssijulkaisussa
Making the Genotypic Variation Visible: Hyperspectral Phenotyping in Scots Pine Seedlings
Stejskal, Jan; Čepl, Jaroslav; Neuwirthová, Eva; Akinyemi, Olusegun Olaitan; Chuchlík, Jiří; Provazník, Daniel; Keinänen, Markku; Campbell, Petya; Albrechtová, Jana; Lstibůrek, Milan; Lhotáková, Zuzana, 2023, Plant phenomics, 5, 0111. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Polar day syndrome: Differences in growth, photosynthetic traits and sink-size patterns between northern and southern Finnish silver birch (Betula pendula Roth) provenances in native and non-native photoperiods
Tenkanen, Antti; Keinänen, Markku; Oksanen, Elina; Keski-Saari, Sarita; Kontunen-Soppela, Sari, 2022, Tree physiology, 43, 1, 16-30. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Assessment of a portable UV-Vis spectrophotometer's performance in remote areas: Stream water DOC, Fe content and spectral data
Zhu, Xudan; Chen, Liang; Pumpanen, Jukka; Keinänen, Markku; Laudon, Hjalmar; Ojala, Anne; Palviainen, Marjo; Kiirikki, Mikko; Neitola, Kimmo; Berninger, Frank, 2021, Data in brief, 35, 106747. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Mass Spectrometry Imaging of Arabidopsis thaliana Leaves at the Single-Cell Level by Infrared Laser Ablation Atmospheric Pressure Photoionization (LAAPPI)
Hieta, Juha-Pekka; Sipari, Nina; Räikkönen, Heikki; Keinänen, Markku; Kostiainen, Risto, 2021, Journal of the american society for mass spectrometry, 32, 12, 2895-2903. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Assessment of a portable UV-Vis spectrophotometer's performance for stream water DOC and Fe content monitoring in remote areas
Zhu, Xudan; Chen, Liang; Pumpanen, Jukka; Keinänen, Markku; Laudon, Hjalmar; Ojala, Anne; Palviainen, Marjo; Kiirikki, Mikko; Neitola, Kimmo; Berninger, Frank, 2020, Talanta, 2021; 224, 121919. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Differences in growth and gas exchange between southern and northern provenances of silver birch (Betula pendula Roth) in northern Europe
Tenkanen, A; Keski-Saari, S; Salojärvi, J; Oksanen, E; Keinänen, M; Kontunen-Soppela, S, 2020, Tree physiology, 40, 2, 198-214. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Identification of peat type and humification by laboratory VNIR/SWIR hyperspectral imaging of peat profiles with focus on fen-bog transition in aapa mires
Granlund, L; Keinänen, M; Tahvanainen, T, 2020, Plant and soil, 2021; 460, 1-2, 667-686. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Spectral Reflectance in Silver Birch Genotypes from Three Provenances in Finland
Deepak, Maya; Keski-Saari, Sarita; Fauch, Laure; Granlund, Lars; Oksanen, Elina; Keinänen, Markku, 2020, Remote sensing, 12, 17, 2677. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Strategy by latitude? Higher photosynthetic capacity and root mass fraction in northern than southern silver birch (Betula pendula Roth) in uniform growing conditions
Tenkanen, Antti; Suprun, Sergei; Oksanen, Elina; Keinänen, Markku; Keski-Saari, Sarita; Kontunen-Soppela, Sari, 2020, Tree physiology, 2021; 41, 6, 974-991. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Fotoniikasta valoa Suomen hyvinvointiin: Selvitys alan vaikuttavuudesta ja kasvunäkymistä
Aalto, Timo; Ailisto, Heikki; Antila, Jarkko; Eklin, Tero; Haapala, Antti; Herrala, Esko; Heräjärvi, Henrik; Hirvi, Timo; Hänninen, Pekka; Jokinen, Kimmo; Keinänen, Markku; Kola, Kari; Korppi-Tommola, Jouko; Kutila, Matti; Lappalainen, Reijo; Laurila, Toni; Luukanen, Arttu; Kauranen, Martti; Oksanen, Elina; Purmonen, Juha; Räisänen, Antti; Saarinen, Jyrki; Salmelin, Eero; Salminen, Antti; Stenberg, Petri; Tokola, Timo; Turtiainen, Heikki; Uusimaa, Petteri; Vahimaa, Pasi; Vastaranta, Mikko; Visa, 2019. D4 Julkaistu kehittämis- tai tutkimusraportti taikka –selvitys
Kohti virtuaalisuutta kasvibiologian opetuksessa
Oivanen, Karri; Granlund, Lars; Kontunen-Soppela, Sari; Leppänen, Kimmo; Keski-Saari, Sarita; Keinänen, Markku, 2019, Natura, 3, 12-14. D1 Artikkeli ammattilehdessä
Leaf Canopy Layers Affect Spectral Reflectance in Silver Birch
Deepak, Maya; Keski-Saari, Sarita; Fauch, Laure; Granlund, Lars; Oksanen, Elina; Keinänen, Markku, 2019, Remote sensing, 11, 24, 2884. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Narrowband-autofluorescence imaging for bone analysis
Fauch, Laure; Palander, Anni; Dekker, Hannah; Schulten, Engelbert A J M; Koistinen, Arto; Kullaa, Arja; Keinänen, Markku, 2019, Biomedical optics express, 10, 5, 2367-2382. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Automated image analysis tool to measure microbial growth on solid cultures
Ancin-Murguzur, Fransisco Javier; Barbero-López, Aitor; Kontunen-Soppela, Sari; Haapala, Antti, 2018, Computers and electronics in agriculture, 151, 426-430. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Genotype- and provenance-related variation in the leaf surface secondary metabolites of silver birch
Deepak, Maya; Lihavainen, Jenna; Keski-Saari, Sarita; Kontunen-Soppela, Sari; Salojärvi, Jarkko; Tenkanen, Antti; Heimonen, Kaisa; Oksanen, Elina; Keinänen, Markku, 2018, Canadian journal of forest research-revue canadienne de recherche forestiere, 48, 5, 494-505. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Imaging lichen water content with visible to mid-wave infrared (400 - 5500 nm) spectroscopy
Granlund, Lars; Keski-Saari, Sarita; Kumpula, Timo; Oksanen, Elina; Keinänen, Markku, 2018, Remote sensing of environment, 216, 301-310. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Intrapopulation genotypic variation in leaf litter chemistry does not control microbial abundance and litter mass loss in silver birch, Betula pendula
Silfver, Tarja; Kontro, Merja; Paaso, Ulla; Karvinen, Heini; Keski-Saari, Sarita; Keinänen, Markku; Rousi, Matti; Mikola, Juha, 2018, Plant and soil, 426, 1-2, 253-266. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Nordic research infrastructures for plant phenotyping
Alexandersson, Erik; Keinänen, Markku; Chawade, Aakash; Himanen, Kristiina, 2018, Agricultural and food science, 27, 1, 7-16. A2 Katsausartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Transcriptional effects of cadmium on iron homeostasis differ in calamine accessions of Noccaea caerulescens
Halimaa, P; Blande, D; Baltzi, E; Aarts, MGM; Granlund, L; Keinänen, M; Kärenlampi, SO; Kozhevnikova, AD; Peräniemi, S; Schat, H; Seregin, IV; Tuomainen, M; Tervahauta, AI, 2018, Plant journal, 2019; 97, 2, 306-320. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Intrapopulation Genotypic Variation of Foliar Secondary Chemistry during Leaf Senescence and Litter Decomposition in Silver Birch (Betula pendula)
Paaso Ulla, Keski-Saari Sarita, Keinänen Markku, Karvinen Heini, Silfver Tarja, Rousi Matti, Mikola Juha, 2017, Frontiers in plant science, 8, 1074. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Low vapor pressure deficit reduces glandular trichome density and modifies the chemical composition of cuticular waxes in silver birch leaves
Lihavainen Jenna, Ahonen Viivi, Keski-Saari Sarita, Sõber Anu, Oksanen Elina, Keinänen Markku, 2017, Tree physiology, 37, 9, 1166-1181. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Thermal and hyperspectral imaging for Norway spruce (Picea abies) seeds screening
Dumont Jennifer, Hirvonen Tapani, Heikkinen Ville, Mistretta Maxime, Granlund Lars, Himanen Katri, Fauch Laure, Porali Ilkka, Hiltunen Jouni, Keski-Saari Sarita, Nygren Markku, Oksanen Elina, Hauta-Kasari Markku, Keinänen Markku, 2015, Computers and electronics in agriculture, 116, 118-124. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Natural Vision Data File Format as a New Spectral Image Format for Biological Applications
Sakamoto Joji, Dumont Jennifer, Fauch Laure, Keski-Saari Sarita, Granlund Lars, Porali Ilkka, Orava Joni, Hiltunen Jouni, Oksanen Elina, Keinänen Markku, Hauta-Kasari Markku, 2014, Lecture notes in computer science, 8509, 124-132. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

Tarkenna hakuasi

Kasvien spektrikuvaus- ja fenotyypityslaboratorio

Yhteistyö

Avainsanat

Henkilöt

Markku Keinänen

Sari Kontunen-Soppela

Leah Marie Martin

Observing accelerated chemical colour change in aspen and birch wood using hyperspectral imaging and spectrophotometry

Short-term effects of low-intensity surface fires on dissolved organic matter from boreal forest soils

Advancing hyperspectral imaging techniques for root systems: a new pipeline for macro- and microscale image acquisition and classification

Day-to-day variation in chlorophyll fluorescence parameters of northern and southern silver birch in a common garden

Hyperspectral imaging for identification of irregular-shaped microplastics in water

Derivative-based time-adjusted analysis of diurnal and within-tree variation in the OJIP fluorescence transient of silver birch

Detection and identification of microplastics directly in water by hyperspectral imaging

Making the Genotypic Variation Visible: Hyperspectral Phenotyping in Scots Pine Seedlings

Polar day syndrome: Differences in growth, photosynthetic traits and sink-size patterns between northern and southern Finnish silver birch (Betula pendula Roth) provenances in native and non-native photoperiods

Assessment of a portable UV-Vis spectrophotometer's performance in remote areas: Stream water DOC, Fe content and spectral data

Mass Spectrometry Imaging of Arabidopsis thaliana Leaves at the Single-Cell Level by Infrared Laser Ablation Atmospheric Pressure Photoionization (LAAPPI)

Assessment of a portable UV-Vis spectrophotometer's performance for stream water DOC and Fe content monitoring in remote areas

Differences in growth and gas exchange between southern and northern provenances of silver birch (Betula pendula Roth) in northern Europe

Identification of peat type and humification by laboratory VNIR/SWIR hyperspectral imaging of peat profiles with focus on fen-bog transition in aapa mires

Spectral Reflectance in Silver Birch Genotypes from Three Provenances in Finland

Strategy by latitude? Higher photosynthetic capacity and root mass fraction in northern than southern silver birch (Betula pendula Roth) in uniform growing conditions

Fotoniikasta valoa Suomen hyvinvointiin: Selvitys alan vaikuttavuudesta ja kasvunäkymistä

Kohti virtuaalisuutta kasvibiologian opetuksessa

Leaf Canopy Layers Affect Spectral Reflectance in Silver Birch

Narrowband-autofluorescence imaging for bone analysis

Automated image analysis tool to measure microbial growth on solid cultures

Genotype- and provenance-related variation in the leaf surface secondary metabolites of silver birch

Imaging lichen water content with visible to mid-wave infrared (400 - 5500 nm) spectroscopy

Intrapopulation genotypic variation in leaf litter chemistry does not control microbial abundance and litter mass loss in silver birch, Betula pendula

Nordic research infrastructures for plant phenotyping

Transcriptional effects of cadmium on iron homeostasis differ in calamine accessions of Noccaea caerulescens

Intrapopulation Genotypic Variation of Foliar Secondary Chemistry during Leaf Senescence and Litter Decomposition in Silver Birch (Betula pendula)

Low vapor pressure deficit reduces glandular trichome density and modifies the chemical composition of cuticular waxes in silver birch leaves

Thermal and hyperspectral imaging for Norway spruce (Picea abies) seeds screening

Natural Vision Data File Format as a New Spectral Image Format for Biological Applications