GenomMed

Sulje

Tarkenna hakuasi

Tutkimusryhmä

Päättynyt 01.04.2018 - 31.12.2022

Terveystieteiden tiedekunta

Tiedot Ihmiset Julkaisut

Johtajat

Mikko Hiltunen

Professori

Biolääketieteen yksikkö, Lääketieteen laitos, Terveystieteiden tiedekunta

GenomMed on MSCA-rahoitteinen tohtoriohjelma, jonka koulutusohjelmassa keskitytään

yleisten sairauksien genomiikan perustutkimukseen
sydän- ja verisuonisairauksen, aineenvaihduntasairauksien neurotieteiden tutkimukseen molekyylitasolla
translaatiotutkimukseen, jonka tavoitteena on tutkimustulosten kliininen hyödyntämine

Lisätietoa englanninkieliseltä sivulta.

Yhteistyö

Mechanisms of cancer and metabolic disease (Levonen Lab) 01.01.2010 -
Molekulaarinen Fysiologia 01.01.2009 -
Molekulaarinen lääketiede 01.01.1995 -
Biolääketieteellinen MRI 01.01.1995 -
Epilepsy Research
Kardiovaskulaarinen Genomiikka (Kaikkonen tutkimusryhmä) 01.09.2015 -
Annakaisa Haapasalon ryhmä (Molekulaarinen neurodegeneraatio) 01.06.2015 -
Neuroinflammation research group 01.01.2017 -
Biomedical Image Analysis 01.11.2016 -
Alzheimerin taudin molekyyligenetiikka - Hiltunen Lab 01.01.2022 -
Diabeteksen ja sydänsairauksien tutkimusyksikkö 01.08.1994 -
T2D-Data 12.05.2023 -

Avainsanat

genomiikka jatko-opinnot kansainvälisyys metaboliset sairaudet MSCA neurotiede sydän- ja verisuonisairaudet translationaalinen tutkimus

Johtajat

Mikko Hiltunen

Professori

Biolääketieteen yksikkö, Lääketieteen laitos, Terveystieteiden tiedekunta

Väitöskirjatutkijat

Simone Adinolfi

Projektitutkija

A.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta
Mustafa Beter

Tutkijatohtori

A.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta
Lenka Dvoráková

Väitöskirjatutkija

A.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta
Aarthi Ravindran

Nuorempi tutkija

A.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta
Flavia Scoyni

Vieraileva tutkija

A.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta
Juan Valverde Martínez

Vieraileva tutkija

A.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta

Tukihenkilöstö

Joanna Huttunen

Laitospäällikkö

A.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta
Sari Koskelo

Johdon assistentti

Yleishallinto- ja lakipalvelut, Yliopistopalvelut

Julkaisut

20 kappaletta

A Novel Genetic Marker for the C9orf72 Repeat Expansion in the Finnish Population
Rostalski, H; Korhonen, V; Kuulasmaa, T; Solje, E; Krüger, J; Gen, F; Kaivola, K; Eide, PK; Lambert, JC; Julkunen, V; Tienari, PJ; Remes, AM; Leinonen, V; Hiltunen, M; Haapasalo, A. 2021. Journal of Alzheimer's disease. 83: 1325-1332 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Automated joint skull-stripping and segmentation with Multi-Task U-Net in large mouse brain MRI databases
De Feo, Riccardo; Shatillo, Artem; Sierra, Alejandra; Valverde, Juan Miguel; Gröhn, Olli; Giove, Federico; Tohka, Jussi. 2021. Neuroimage. 229: 117734 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
C9orf72 hexanucleotide repeat expansion leads to altered neuronal and dendritic spine morphology and synaptic dysfunction
Huber, Nadine; Hoffmann, Dorit; Giniatullina, Raisa; Rostalski, Hannah; Leskelä, Stina; Takalo, Mari; Natunen, Teemu; Solje, Eino; Remes, Anne M.; Giniatullin, Rashid; Hiltunen, Mikko; Haapasalo, Annakaisa. 2021. Neurobiology of disease. 2022; 162: 105584 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Characterization of a functional endothelial super-enhancer that regulates ADAMTS18 and angiogenesis
Mushimiyimana, I; Niskanen. H; Beter, M; Laakkonen, JP; Kaikkonen, MU; Ylä-Herttuala, S; Laham-Karam, N. 2021. Nucleic acids research. 49: 8078-8096 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Expression of C9orf72 hexanucleotide repeat expansion leads to formation of RNA foci and dipeptide repeat proteins but does not influence autophagy or proteasomal function in neuronal cells
Leskelä, Stina; Huber, Nadine; Hoffmann, Dorit; Rostalski, Hannah; Remes, Anne M; Takalo, Mari; Hiltunen, Mikko; Haapasalo, Annakaisa. 2021. Biochimica et biophysica acta: molecular cell research. 1868: 119021 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
FTLD Patient-Derived Fibroblasts Show Defective Mitochondrial Function and Accumulation of p62
Leskelä, S; Hoffmann, D; Rostalski, H; Huber, N; Wittrahm, R; Hartikainen, P; Korhonen, V; Leinonen, V; Hiltunen, M; Solje, E; Remes, AM; Haapasalo, A. 2021. Molecular neurobiology. 58: 5438-5458 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Indole-3-Propionic Acid, a Gut-Derived Tryptophan Metabolite, Associates with Hepatic Fibrosis
Sehgal, Ratika Ilha, Mariana Vaittinen, Maija Kaminska, Dorota Männistö, Ville Kärjä, Vesa Tuomainen, Marjo Hanhineva, Kati Romeo, Stefano Pajukanta, Päivi Pihlajamäki, Jussi de Mello, Vanessa D.. 2021. Nutrients. 13: 3509 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Light sedation with short habituation time for large-scale functional magnetic resonance imaging studies in rats
Dvoráková, Lenka; Stenroos, Petteri; Paasonen, Ekaterina; Salo, Raimo A.; Paasonen, Jaakko; Gröhn, Olli. 2021. Nmr in biomedicine. 2022; 35: A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
MECP2 Increases the Pro-Inflammatory Response of Microglial Cells and Phosphorylation at Serine 423 Regulates Neuronal Gene Expression upon Neuroinflammation
Wittrahm, Rebekka; Takalo, Mari; Marttinen, Mikael; Kuulasmaa, Teemu; Mäkinen, Petra; Kemppainen, Susanna; Martiskainen, Henna; Rauramaa, Tuomas; Pike, Ian; Leinonen, Ville; Natunen, Teemu; Haapasalo, Annakaisa; Hiltunen, Mikko. 2021. Cells. 10: 860 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Transfer Learning in Magnetic Resonance Brain Imaging: A Systematic Review
Valverde, Juan Miguel; Imani, Vandad; Abdollahzadeh, Ali; De Feo, Riccardo; Prakash, Mithilesh; Ciszek, Robert; Tohka, Jussi. 2021. Journal of imaging. 7: 66 A2 Katsausartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
BMP6/TAZ-Hippo signaling modulates angiogenesis and endothelial cell response to VEGF
Pulkkinen, H H; Kiema, M; Lappalainen, J P; Toropainen, A; Beter, M; Tirronen, A; Holappa, L; Niskanen, H; Kaikkonen, M U; Ylä-Herttuala, S; Laakkonen, Johanna P. 2020. Angiogenesis. 2021; 24: 12-144 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
BV-2 Microglial Cells Overexpressing C9orf72 Hexanucleotide Repeat Expansion Produce DPR Proteins and Show Normal Functionality but No RNA Foci
Rostalski, Hannah; Hietanen, Tomi; Leskelä, Stina; Behánová, Andrea; Abdollahzadeh, Ali; Wittrahm, Rebekka; Mäkinen, Petra; Huber, Nadine; Hoffmann, Dorit; Solje, Eino; Remes, Anne M; Natunen, Teemu; Takalo, Mari; Tohka, Jussi; Hiltunen, Mikko; Haapasalo, Annakaisa. 2020. Frontiers in neurology. 11: 550140 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Hypoxia-Mediated Regulation of Histone Demethylases Affects Angiogenesis-Associated Functions in Endothelial Cells
Hsin-Fu Liu, Oscar; Kiema, Miika; Beter, Mustafa; Ylä-Herttuala, Seppo; Laakkonen, Johanna P; Kaikkonen, Minna U. 2020. Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology. 40: 2665-2677 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
RatLesNetv2: A Fully Convolutional Network for Rodent Brain Lesion Segmentation
Valverde, Juan Miguel; Shatillo, Artem; De Feo, Riccardo; Gröhn, Olli; Sierra, Alejandra; Tohka, Jussi. 2020. Frontiers in neuroscience. 14: 610239 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Serum aromatic and branched-chain amino acids associated with NASH demonstrate divergent associations with serum lipids
de Mello, Vanessa D; Sehgal, Ratika; Männistö, Ville; Klåvus, Anton; Nilsson, Emma; Perfilyev, Alexander; Kaminska, Dorota; Miao, Zong; Pajukanta, Päivi; Ling, Charlotte; Hanhineva, Kati; Pihlajamäki, Jussi. 2020. Liver international. 2021; 41: 754-763 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
The Alzheimer's disease-associated protective Plcγ2-P522R variant promotes immune functions
Takalo, Mari; Wittrahm, Rebekka; Wefers, Benedikt; Parhizkar, Samira; Jokivarsi, Kimmo; Kuulasmaa, Teemu; Mäkinen, Petra; Martiskainen, Henna; Wurst, Wolfgang; Xiang, Xianyuan; Marttinen, Mikael; Poutiainen, Pekka; Haapasalo, Annakaisa; Hiltunen, Mikko; Haass, Christian. 2020. Molecular neurodegeneration. 15: 52 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Astrocytes and Microglia as Potential Contributors to the Pathogenesis of C9orf72 Repeat Expansion-Associated FTLD and ALS
Rostalski, Hannah; Leskelä, Stina; Huber, Nadine; Katisko, Kasper; Cajanus, Antti; Solje, Eino; Marttinen, Mikael; Natunen, Teemu; Remes, Anne M; Hiltunen, Mikko; Haapasalo, Annakaisa. 2019. Frontiers in neuroscience. 13: 486 A2 Katsausartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Automatic Rodent Brain MRI Lesion Segmentation with Fully Convolutional Networks
Valverde, JM; Shatillo, A; De Feo, R; Gröhn, O; Sierra, A; Tohka, J. Teoksessa: Suk, HI; Liu, M; Yan, P; Lian, C(toim.) , 2019. Machine Learning in Medical Imaging. MLMI 2019. s. 195-202. Springer A3 Kirjan tai muun kokoomateoksen osa
C9orf72 Proteins Regulate Autophagy and Undergo Autophagosomal or Proteasomal Degradation in a Cell Type-Dependent Manner
Leskelä, S; Huber, N; Rostalski, H; Natunen, T; Remes, AM; Takalo, M; Hiltunen, M; Haapasalo, A. 2019. Cells. 8: 1233 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä
Predicting Intelligence Based on Cortical WM/GM Contrast, Cortical Thickness and Volumetry
Valverde, JM; Imani, V; Lewis, JD; Tohka, J. Teoksessa: Pohl, K; Thompson, W; Adeli, E; Linguraru, M(toim.) , 2019. Adolescent Brain Cognitive Development Neurocognitive Prediction. ABCD-NP 2019. s. 57-65. Springer A3 Kirjan tai muun kokoomateoksen osa

Tarkenna hakuasi

Johtajat

Mikko Hiltunen

Yhteistyö

Avainsanat

Johtajat

Mikko Hiltunen

Väitöskirjatutkijat

Simone Adinolfi

Mustafa Beter

Lenka Dvoráková

Aarthi Ravindran

Flavia Scoyni

Juan Valverde Martínez

Tukihenkilöstö

Joanna Huttunen

Sari Koskelo

A Novel Genetic Marker for the C9orf72 Repeat Expansion in the Finnish Population

Automated joint skull-stripping and segmentation with Multi-Task U-Net in large mouse brain MRI databases

C9orf72 hexanucleotide repeat expansion leads to altered neuronal and dendritic spine morphology and synaptic dysfunction

Characterization of a functional endothelial super-enhancer that regulates ADAMTS18 and angiogenesis

Expression of C9orf72 hexanucleotide repeat expansion leads to formation of RNA foci and dipeptide repeat proteins but does not influence autophagy or proteasomal function in neuronal cells

FTLD Patient-Derived Fibroblasts Show Defective Mitochondrial Function and Accumulation of p62

Indole-3-Propionic Acid, a Gut-Derived Tryptophan Metabolite, Associates with Hepatic Fibrosis

Light sedation with short habituation time for large-scale functional magnetic resonance imaging studies in rats

MECP2 Increases the Pro-Inflammatory Response of Microglial Cells and Phosphorylation at Serine 423 Regulates Neuronal Gene Expression upon Neuroinflammation

Transfer Learning in Magnetic Resonance Brain Imaging: A Systematic Review

BMP6/TAZ-Hippo signaling modulates angiogenesis and endothelial cell response to VEGF

BV-2 Microglial Cells Overexpressing C9orf72 Hexanucleotide Repeat Expansion Produce DPR Proteins and Show Normal Functionality but No RNA Foci

Hypoxia-Mediated Regulation of Histone Demethylases Affects Angiogenesis-Associated Functions in Endothelial Cells

RatLesNetv2: A Fully Convolutional Network for Rodent Brain Lesion Segmentation

Serum aromatic and branched-chain amino acids associated with NASH demonstrate divergent associations with serum lipids

The Alzheimer's disease-associated protective Plcγ2-P522R variant promotes immune functions

Astrocytes and Microglia as Potential Contributors to the Pathogenesis of C9orf72 Repeat Expansion-Associated FTLD and ALS

Automatic Rodent Brain MRI Lesion Segmentation with Fully Convolutional Networks

C9orf72 Proteins Regulate Autophagy and Undergo Autophagosomal or Proteasomal Degradation in a Cell Type-Dependent Manner

Predicting Intelligence Based on Cortical WM/GM Contrast, Cortical Thickness and Volumetry