
Kardiovaskulaarinen Genomiikka (Kaikkonen tutkimusryhmä)
Tutkimusryhmä
Sepelvaltimotaudin mekanismien ymmärtäminen solujen ja geenien tasolla.
Rahoittaja(t)
Muut rahoittaja(t)
European Research Council

Academy of Finland

Sigrid Juselius Foundation

Finnish Foundation for Cardiovascular Research

Ryhmän kuvaus
Valtimonkovettumatauti on johtava kuolleisuuden aiheuttaja länsimaissa. Valtimonkovettumataudissa rasva-aineita kertyy suonen seinämään aiheuttaen tulehdusreaktion sekä hapenpuutetta johtaen suonen ahtaumaan. Makrofageilla, endoteelisoluilla ja sileillä lihassoluilla on keskeinen rooli valtimon seinämän vauriomuodostuksessa, mutta yksittäisten solutyyppien rooleista valtimonkovettumataudin etenemisessä tiedetään kuitenkin hyvin vähän. Tutkimuksemme selvittää kuinka näiden kolmen solutyypin vasteet proaterogeneettisiin stimuluksiin (tulehdus, hapettuneet fosfolipidit ja hypoksia) eroavat geeninsäätelyn eri tasoilla. Tutkimus on ensimmäinen laatuaan jossa hyödyntäen viimeisimpiä syväsekvenointi menetelmiä selvitetään geeninsäätelyn muutoksia kolmella eri tasolla: transkriptionaalisella, post-transkriptionaalisella ja translationaalisella. Lisäksi pyrimme tunnistamaan ja karakterisoimaan ei-koodavia RNA:ita joiden tuottotasoissa havaitsemme aterogeneesin aiheuttamia muutoksia ja arvioimme niiden käyttökelpoisuutta kliinisinä biomarkkereina. Tutkimus lisää merkittävällä tavalla tietoa valtimonkovettumataudin kehitysmekanismeista ja parantaa mahdollisuuksia kehittää uusia hoitomuotoja ja ehkäisykeinoja.
Taudin ehkäisyn, diagnoosin ja hoidon parantamiseksi meidän tulee ymmärtää kuinka geneettiset ja ympäristötekijät vaikuttavat taudin etenemiseen. Genominlaajuinen assosiaatiotutkimus (GWAS) on paikantanut useita satoja yhden emäksen polymorfismeja (SNP) jotka liittyvät valtimonkovettumataudin riskiin. Suurin osa SNP:eista sijaitsee kuitenkin genomin ei-koodaavilla alueilla, kuten tehostaja-alueilla joilla ei ole osoitettua biologista roolia. Työmme toisessa osassa pyrimme paikantamaan tehostaja-alueet, jotka säätelevät valtimonkovettumataudin kannalta keskeisiä geenejä tai kantavat SNP:ejä jotka vaikuttavat sepelvaltimotaudin riskiin, sekä selvittämään niiden biologista roolia geeninsäätelyssä. Saadut tulokset korreloidaan laajaan potilasaineistoon jonka avulla voidaan parantaa taudin riskiarvioita, biomarkkereiden tunnistusta sekä täsmentää terapeuttisia hoitoja.
Avainsanat
Ryhmän jäsenet - UEF
-
Minna Kaikkonen-Määttä Professori, Terveystieteiden tiedekunta, A. I. Virtanen -instituutti
-
Tiit Örd Yliopistotutkija, Terveystieteiden tiedekunta, A. I. Virtanen -instituutti
-
Maleeha Maria Tutkijatohtori, Lääketieteen laitos, Kliinisen lääketieteen yksikkö
-
Uma Thanigai Arasu Tutkijatohtori, Terveystieteiden tiedekunta, A. I. Virtanen -instituutti
-
Nicholas Downes Nuorempi tutkija, Terveystieteiden tiedekunta, A. I. Virtanen -instituutti
-
Mari Taipale Projektitutkija, Lääketieteen laitos, Biolääketiede
-
Prosanta Singha Projektitutkija, Terveystieteiden tiedekunta, A. I. Virtanen -instituutti
-
Vanesa Tomas Bosch Nuorempi tutkija
-
Ilakya Selvarajan Nuorempi tutkija, Terveystieteiden tiedekunta, A. I. Virtanen -instituutti
-
Aarthi Ravindran Nuorempi tutkija, Terveystieteiden tiedekunta, A. I. Virtanen -instituutti
-
Pierre Moreau Nuorempi tutkija, Terveystieteiden tiedekunta, A. I. Virtanen -instituutti
-
Eloi Schmauch
-
Anu Toropainen Nuorempi tutkija, Terveystieteiden tiedekunta, A. I. Virtanen -instituutti
-
Valtteri Nurminen Nuorempi tutkija
-
Oscar Liu Nuorempi tutkija, Terveystieteiden tiedekunta, A. I. Virtanen -instituutti
-
Negar Pouyanfar
-
Merja Lukkari Erikoislaboratoriomestari, Terveystieteiden tiedekunta, A. I. Virtanen -instituutti
Johtaja(t)
Vanhemmat tutkijat
Tutkijatohtorit
Väitöskirjatutkijat
Teknikot
Muut ryhmän jäsenet
-
Huda Gilani hgilani@student.uef.fi
-
Iida Puranen ipuranen@student.uef.fi
-
Jimi Virkkala jimi.virkkala@uef.fi
Julkaisut
-
Characterization of a functional endothelial super-enhancer that regulates ADAMTS18 and angiogenesis Mushimiyimana, I; Niskanen. H; Beter, M; Laakkonen, JP; Kaikkonen, MU; Ylä-Herttuala, S; Laham-Karam, N. 2021. Characterization of a functional endothelial super-enhancer that regulates ADAMTS18 and angiogenesis Nucleic acids research 49 14: 8078-8096. 2021
-
Genomic landscapes of non-coding RNAs regulating VEGFA and VEGFC expression in endothelial cells Mushimiyimana, Isidore; Tomas Bosch, Vanesa; Niskanen, Henri; Downes, Nicholas; Moreau, Pierre; Hartigan, Kiley; Ylä-Herttuala, Seppo; Laham-Karam, Nihay; Kaikkonen, Minna U.. 2021. Genomic landscapes of non-coding RNAs regulating VEGFA and VEGFC expression in endothelial cells Molecular and cellular biology 41 7: e00594-20. 2021
-
Integrative analysis of liver-specific non-coding regulatory SNPs associated with the risk of coronary artery disease Selvarajan, Ilakya; Toropainen, Anu; Garske, Kristina M.; López Rodríguez, Maykel; Ko, Arthur; Miao, Zong; Kaminska, Dorota; Õunap, Kadri; Örd, Tiit; Ravindran, Aarthi; Liu, Oscar H.; Moreau, Pierre R.; Jawahar Deen, Ashik; Männistö, Ville; Pan, Calvin; Levonen, Anna-Liisa; Lusis, Aldons J.; Heikkinen, Sami; Romanoski, Casey E.; Pihlajamäki, Jussi; Pajukanta, Päivi; Kaikkonen, Minna U.. 2021. Integrative analysis of liver-specific non-coding regulatory SNPs associated with the risk of coronary artery disease American journal of human genetics 108 3: 411-430. 2021
-
Meta-Analysis of Smooth Muscle Lineage Transcriptomes in Atherosclerosis and Their Relationships to In Vitro Models Conklin, Austin C.; Nishi, Hitoo; Schlamp, Florencia; Örd, Tiit; Õunap, Kadri; Kaikkonen, Minna U.; Fisher, Edward A.; Romanoski, Casey E.. 2021. Meta-Analysis of Smooth Muscle Lineage Transcriptomes in Atherosclerosis and Their Relationships to In Vitro Models Immunometabolism 3 3: e210022. 2021
-
NRF2 is a key regulator of endothelial microRNA expression under proatherogenic stimuli Linna-Kuosmanen, Suvi; Bosch, Vanesa Tomas; Moreau, Pierre R; Bouvy-Liivrand, Maria; Niskanen, Henri; Kansanen, Emilia; Kivelä, Annukka; Hartikainen, Juha; Hippeläinen, Mikko; Kokki, Hannu; Tavi, Pasi; Levonen, Anna-Liisa; Kaikkonen, Minna U. 2021. NRF2 is a key regulator of endothelial microRNA expression under proatherogenic stimuli Cardiovascular research 117 5: 1339-1357. 2021
-
Profiling of Primary and Mature miRNA Expression in Atherosclerosis Associated Cell Types Moreau, PR; Tomas Bosch, V; Bouvy-Liivrand,M; Õunap, K; Örd, T; Pulkkinen, HH; Pölönen, P; Heinäniemi, M; Ylä-Herttuala, S; Laakkonen, JP; Linna-Kuosmanen, S; Kaikkonen, MU. 2021. Profiling of Primary and Mature miRNA Expression in Atherosclerosis Associated Cell Types Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology 41 7: 2149-2167. 2021
-
Single-Cell Epigenomics and Functional Fine-Mapping of Atherosclerosis GWAS Loci Örd, Tiit; Õunap, Kadri; Stolze, Lindsey; Aherrahrou, Rédouane; Nurminen, Valtteri; Selvarajan, Ilakya; Toropainen, Anu; Lönnberg, Tapio; Aavik, Einari; Yla-Herttuala, Seppo; Civelek, Mete; Romanoski, Casey E; Kaikkonen, Minna U. 2021. Single-Cell Epigenomics and Functional Fine-Mapping of Atherosclerosis GWAS Loci Circulation research 129 2: 240-258. 2021
-
Transcriptional gene regulation in endothelial cells in response to hypoxia Downes, Nicholas (toim.). 2021. Transcriptional gene regulation in endothelial cells in response to hypoxia. Itä-Suomen yliopisto. Publications of the University of Eastern Finland. Dissertations in Health Sciences 646. 2021
-
Genetic Regulation of Atherosclerosis-Relevant Phenotypes in Human Vascular Smooth Muscle Cells Aherrahrou, Rédouane; Guo, Liang; Nagraj, Vijay Peter; Aguhob, Aaron Andrew; Hinkle, Jameson; Chen, Lisa; Soh, Joon Yuhl; Lue, Dillon; Alencar, Gabriel F; Boltjes, Arjan; van der Laan, Sander W; Farber, Emily; Fuller, Daniela; Anane-Wae, Rita; Akingbesote, Ngozi D; Manichaikul, Ani W; Ma, Lijiang; Kaikkonen, Minna U; Björkegren, Johan LM; Önengüt-Gümüscu, Suna; et al.. 2020. Genetic Regulation of Atherosclerosis-Relevant Phenotypes in Human Vascular Smooth Muscle Cells Circulation research 127 12: 1552-1565. 2020
-
Hypoxia-Mediated Regulation of Histone Demethylases Affects Angiogenesis-Associated Functions in Endothelial Cells Hsin-Fu Liu, Oscar; Kiema, Miika; Beter, Mustafa; Ylä-Herttuala, Seppo; Laakkonen, Johanna P; Kaikkonen, Minna U. 2020. Hypoxia-Mediated Regulation of Histone Demethylases Affects Angiogenesis-Associated Functions in Endothelial Cells Arteriosclerosis thrombosis and vascular biology 40: 2665-2677. 2020