Kardiovaskulaarinen Genomiikka (Kaikkonen tutkimusryhmä)

Tutkimusryhmä

01.09.2015 -

A.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta

Tiedot Ihmiset

Ryhmän kuvaus

Valtimonkovettumatauti on johtava kuolleisuuden aiheuttaja länsimaissa. Valtimonkovettumataudissa rasva-aineita kertyy suonen seinämään aiheuttaen tulehdusreaktion sekä hapenpuutetta johtaen suonen ahtaumaan. Makrofageilla, endoteelisoluilla ja sileillä lihassoluilla on keskeinen rooli valtimon seinämän vauriomuodostuksessa, mutta yksittäisten solutyyppien rooleista valtimonkovettumataudin etenemisessä tiedetään kuitenkin hyvin vähän. Tutkimuksemme selvittää kuinka näiden kolmen solutyypin vasteet proaterogeneettisiin stimuluksiin (tulehdus, hapettuneet fosfolipidit ja hypoksia) eroavat geeninsäätelyn eri tasoilla. Tutkimus on ensimmäinen laatuaan jossa hyödyntäen viimeisimpiä syväsekvenointi menetelmiä selvitetään geeninsäätelyn muutoksia kolmella eri tasolla: transkriptionaalisella, post-transkriptionaalisella ja translationaalisella. Lisäksi pyrimme tunnistamaan ja karakterisoimaan ei-koodavia RNA:ita joiden tuottotasoissa havaitsemme aterogeneesin aiheuttamia muutoksia ja arvioimme niiden käyttökelpoisuutta kliinisinä biomarkkereina. Tutkimus lisää merkittävällä tavalla tietoa valtimonkovettumataudin kehitysmekanismeista ja parantaa mahdollisuuksia kehittää uusia hoitomuotoja ja ehkäisykeinoja.

Taudin ehkäisyn, diagnoosin ja hoidon parantamiseksi meidän tulee ymmärtää kuinka geneettiset ja ympäristötekijät vaikuttavat taudin etenemiseen. Genominlaajuinen assosiaatiotutkimus (GWAS) on paikantanut useita satoja yhden emäksen polymorfismeja (SNP) jotka liittyvät valtimonkovettumataudin riskiin. Suurin osa SNP:eista sijaitsee kuitenkin genomin ei-koodaavilla alueilla, kuten tehostaja-alueilla joilla ei ole osoitettua biologista roolia. Työmme toisessa osassa pyrimme paikantamaan tehostaja-alueet, jotka säätelevät valtimonkovettumataudin kannalta keskeisiä geenejä tai kantavat SNP:ejä jotka vaikuttavat sepelvaltimotaudin riskiin, sekä selvittämään niiden biologista roolia geeninsäätelyssä. Saadut tulokset korreloidaan laajaan potilasaineistoon jonka avulla voidaan parantaa taudin riskiarvioita, biomarkkereiden tunnistusta sekä täsmentää terapeuttisia hoitoja.

Ajankohtaista

Tutkijat tunnistivat 12 sepelvaltimotaudin syntyyn osallistuvaa solutyyppiä

Avainsanat

ei-koodaava RNA enhanseri epigenetiikka geenin säätely genomiikka kromatiini sepelvaltimotauti sydän- ja verisuonisairaudet transkriptio valtimonkovettumatauti