Heinäniemi tutkimusryhmä, Systeemitason genomiikka

Solut ovat elämän perusyksikkö. Kudoksissa ne ovat jatkuvassa vuorovaikutuksessa ympäristönsä kanssa. Päämäärämme on selvittää eri sairauksien syntyyn liittyviä muutoksia solujen tilan säätelyssä. Näiden mekanismien ymmärtämiseksi hyödynnämme laajoja molekyyliprofiileista koostuvia aineistoja sekä keräämme mittauksia eri genomiikan menetelmin solumalleista ja ihmisistä. Sovellamme ja kehitämme systeemibiologian, bioinformatiikan ja AI-pohjaisia menetelmiä selvittämään solu- ja molekyylitason muutoksia taudin kehittymisen eri vaiheissa.

Luuydin tuottaa päivittäin valtavan määrän erilaisia verisoluja ja luo tätä kautta immuunijärjestelmän perustan. Tutkimme eliniän aikana tapahtuvia muutoksia, jotka vaikuttavat näihin soluihin sekä luuytimensolujen muutoksia leukemiassa. Lasten ja nuorten yleisin syöpä kehittyy verisolujen erilaistumisen häiriön seurauksena. Pyrimme selvittämään, miten solujen erilaistumista ohjaava säätelyjärjestelmä on vaurioitunut eri leukemian alityypeissä. Jotta solujen tilasta saatu profiili (genomi/transkriptomi/proteomi) on mahdollista saada potilastyötä tekevän kliinikon käyttöön, kehitämme tähän soveltuvia analyysityökaluja. Solun sisällä toimivien säätelypiirien lisäksi, tutkimme solujen vuorovaikutusta. Tulehdustila ja solustressi vaikuttavat solujen vuorovaikutusten muutoksiin. Selvittämällä nämä yhteydet voidaan palauttaa varhainen häiriötila normaaliksi ja tehostaa uusien immunoterapioiden tehoa syövissä.

Keskeinen tulevaisuuden tavoitteemme on kytkeä tieto molekyyli- ja solutason vuorovaikutuksista yhteen, jotta pystymme tarkemmin mallintamaan solutilojen dynamiikkaa.