
MINNA KAIKKONEN-MääTTä
Professori
Tutkimusryhmämme selvittää sepelvaltimotaudin ja valtimonkovettumataudin molekulaarisia mekanismeja hyödyntämällä laajasti viimeisimpiä genomiikan menetelmiä.
Yhteystiedot
Organisaatio
Terveystieteiden tiedekunta, A. I. Virtanen -instituutti
Sähköposti
minna.kaikkonen@uef.fi
Puhelin
040 355 2413
Avainsanat
bioinformatiikka
ei-koodaava RNA
endoteeli
epigenetiikka
geenin säätely
kromatiini
makrofagi
maksa
rasvakudos
sepelvaltimotauti
sileä lihassolu
transkriptio
valtimonkovettumatauti
Tutkimusryhmät - UEF
-
Itä-Suomen Genomikeskus
-
Kardiovaskulaarinen Genomiikka (Kaikkonen tutkimusryhmä)
-
Yksisolu-genomiikan keskus
Julkaisut
-
Conklin, Austin C.; Nishi, Hitoo; Schlamp, Florencia; Örd, Tiit; Õunap, Kadri; Kaikkonen, Minna U.; Fisher, Edward A.; Romanoski, Casey E.. 2021. Meta-Analysis of Smooth Muscle Lineage Transcriptomes in Atherosclerosis and Their Relationships to In Vitro Models Immunometabolism 3 3: e210022. 2021
-
Selvarajan, Ilakya; Toropainen, Anu; Garske, Kristina M.; López Rodríguez, Maykel; Ko, Arthur; Miao, Zong; Kaminska, Dorota; Õunap, Kadri; Örd, Tiit; Ravindran, Aarthi; Liu, Oscar H.; Moreau, Pierre R.; Jawahar Deen, Ashik; Männistö, Ville; Pan, Calvin; Levonen, Anna-Liisa; Lusis, Aldons J.; Heikkinen, Sami; Romanoski, Casey E.; Pihlajamäki, Jussi; Pajukanta, Päivi; Kaikkonen, Minna U.. 2021. Integrative analysis of liver-specific non-coding regulatory SNPs associated with the risk of coronary artery disease American journal of human genetics 108 3: 411-430. 2021
-
Örd, Tiit; Õunap, Kadri; Stolze, Lindsey; Aherrahrou, Rédouane; Nurminen, Valtteri; Selvarajan, Ilakya; Toropainen, Anu; Lönnberg, Tapio; Aavik, Einari; Yla-Herttuala, Seppo; Civelek, Mete; Romanoski, Casey E; Kaikkonen, Minna U. 2021. Single-Cell Epigenomics and Functional Fine-Mapping of Atherosclerosis GWAS Loci Circulation research 129 2: 240-258. 2021
-
Wu, CY; Borné, Y; Gao, R; Rodriguez, ML; Roell, WC; Wilson, JM; Regmi, A; Luan, C; Aly, DM; Peter, A; Machann, J; Staiger, H; Fritsche, A; Birkenfeld, AL; Tao, R; Wagner, R; Canouil, M; Hong, MG; Schwenk, JM [incl. Laakso, M]. 2021. Elevated circulating follistatin associates with an increased risk of type 2 diabetes Nature communications 12: 6486. 2021
-
Mushimiyimana, Isidore; Tomas Bosch, Vanesa; Niskanen, Henri; Downes, Nicholas; Moreau, Pierre; Hartigan, Kiley; Ylä-Herttuala, Seppo; Laham-Karam, Nihay; Kaikkonen, Minna U.. 2021. Genomic landscapes of non-coding RNAs regulating VEGFA and VEGFC expression in endothelial cells Molecular and cellular biology 41 7: e00594-20. 2021
-
Moreau, PR; Tomas Bosch, V; Bouvy-Liivrand,M; Õunap, K; Örd, T; Pulkkinen, HH; Pölönen, P; Heinäniemi, M; Ylä-Herttuala, S; Laakkonen, JP; Linna-Kuosmanen, S; Kaikkonen, MU. 2021. Profiling of Primary and Mature miRNA Expression in Atherosclerosis Associated Cell Types Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology 41 7: 2149-2167. 2021
-
Linna-Kuosmanen, Suvi; Bosch, Vanesa Tomas; Moreau, Pierre R; Bouvy-Liivrand, Maria; Niskanen, Henri; Kansanen, Emilia; Kivelä, Annukka; Hartikainen, Juha; Hippeläinen, Mikko; Kokki, Hannu; Tavi, Pasi; Levonen, Anna-Liisa; Kaikkonen, Minna U. 2021. NRF2 is a key regulator of endothelial microRNA expression under proatherogenic stimuli Cardiovascular research 117 5: 1339-1357. 2021
-
Huang, Zhiqiang; Liang, Ning; Goñi, Saioa; Damdimopoulos, Anastasios; Wang, Cheng; Ballaire, Raphaelle; Jager, Jennifer; Niskanen, Henri; Han, Hongya; Jakobsson, Tomas; Bracken, Adrian P; Aouadi, Myriam; Venteclef, Nicolas; Kaikkonen, Minna U; Fan, Rongrong; Treuter, Eckardt. 2021. The corepressors GPS2 and SMRT control enhancer and silencer remodeling via eRNA transcription during inflammatory activation of macrophages Molecular cell 81 5: 953-968.e9. 2021
-
Mushimiyimana, I; Niskanen. H; Beter, M; Laakkonen, JP; Kaikkonen, MU; Ylä-Herttuala, S; Laham-Karam, N. 2021. Characterization of a functional endothelial super-enhancer that regulates ADAMTS18 and angiogenesis Nucleic acids research 49 14: 8078-8096. 2021
-
Moisio, Olli; Palani, Senthil; Virta, Jenni; Elo, Petri; Liljenbäck, Heidi; Tolvanen, Tuula; Käkelä, Meeri; Miner, Maxwell G; Herre, Erika Atencio; Marjamäki, Päivi; Örd, Tiit; Heinäniemi, Merja; Kaikkonen, Minna U; Zhang, Fenghua; Srinivasarao, Madduri; Knuuti, Juhani; Low, Philip S; Saraste, Antti; Li, Xiang-Guo; Roivainen, Anne. 2020. Radiosynthesis and preclinical evaluation of [ 68 Ga]Ga-NOTA-folate for PET imaging of folate receptor ß-positive macrophages Scientific reports 10 1: 13593. 2020