Itä-Suomen Genomikeskus (ISGK)

Itä-Suomen Genomikeskuksen toiminnan tavoitteena on kehittää genetiikan alan tutkimusta Itä-Suomen yliopistossa ja tukea tutkimusryhmiä muodostamaan Euroopan mittakaavassa merkittävän monitekijäisten tautien tutkimuskokonaisuuden Kuopion ja Joensuun kampuksilla. Itä-Suomen Genomikeskukseen kuuluu FINAS-akkreditointipalvelun akkreditoima testauslaboratorio T321 Geenidiagnostiikkalaboratorio (akkreditointivaatimus SFS-EN ISO 15189:2022). Geenidiagnostiikkalaboratorio tarjoaa geenidiagnostiikkapalveluita kiinteiden kasvainten molekyyliprofilointiin sekä monogeenisten sairauksien diagnostiikkaan. Lisäksi laboratorio tarjoaa farmakogenomiikan tutkimuksia.

Itä-Suomen Genomikeskus on syntynyt alun perin sisätautien genetiikan tutkimusten ympärille, johon on myöhemmin liittynyt kiinteästi muita tutkimusryhmiä. Genomikeskus on osa Biocenter Kuopiota.

Genomikeskuksen strategian keskeisin tavoite on geenitutkimuksen infrastruktuurin ja tutkimusedellytysten kehittäminen ja ylläpitäminen Itä-Suomen yliopistossa. Kehittämistoiminnassa ennakoidaan niitä tulevaisuuden metodologisia tarpeita, jotka luovat parempia edellytyksiä erityisesti monitekijäisten tautien geenitutkimukselle.

Itä-Suomen Genomikeskus sijaitsee Itä-Suomen yliopiston Kuopion kampuksella.

Meditekniassa sijaitsevassa geenidiagnostiikkalaboratoriossa tehdään mm. DNA ja RNA sekvensointia (NGS/Sanger), fragmenttianalyysiä, genotyypitystä, geeniekspressiotutkimuksia, sekä näihin liittyvää data-analytiikkaa.

Itä-Suomen Genomikeskuksella on useita yhteiskäyttölaitteita yliopiston tutkimusryhmien käyttöön. Genomikeskus huolehtii yhteiskäyttöisten laitteiden toiminnasta ja ylläpidosta sekä järjestää laitteisiin liittyvää perehdytystä ja käyttökoulutusta. Genomikeskus myös avustaa tarvittaessa tutkimusdatan analysoinnissa.

Yhteiskäyttölaitteet:

• NGS-sekvensointilaitteet: Illumina NextSeq 2000 Sequencing system ja MiniSeq
• Sanger-sekvensointilaite: Applied Biosystems 3500xL Genetic Analyzer
• NGS-kirjaston rakennusrobotti: Agilent Technologies MagnisDx NGS Prep Instrument
• Kvantitatiivinen PCR-laite: Applied Biosystems QuantStudio 5 Real-Time PCR Instrument
• DNA/RNA-eristyslaitteet: Qiagen QIAcube ja QIAcube Connect MDx
• Automaattiset geelielektroforeesilaitteet: Agilent Technologies TapeStation 4150 ja Fragment Analyzer 5200
• Spektrofotometri: NanoDrop Technologies NanoDrop ND-1000
• Fluorometri: Life Technologies Qubit 2.0 Fluorometer (2 laitetta, pre- ja post-PCR)
• Pipetointirobotti: Tecan Freedom EVO

Yhteiskäyttölaitteiden käytöstä ja käyttömaksuista voit tiedustella Geenidiagnostiikkalaboratorion henkilökunnalta (Joose Raivo 040 355 2739 tai Seppo Helisalmi 044 716 2022).