Minulla on kandidaatin ja maisterin tutkinnot tietojenkäsittelytieteessä, tohtorin tutkinto bioinformatiikassa ja dosentin pätevyys terveysbioinformatiikassa. Tutkimukseni keskittyy koneoppimisen, heuristisen optimoinnin ja verkostotietojen louhinta-algoritmien kehittämiseen ja soveltamiseen tähtäimenä ratkaista tarkkuuslääketieteen (PM) keskeiset laskennalliset haasteet. Tarkkuuslääketiede pyrkii yhdistämään molekyylimarkkereita perinteisen kliinisen tiedon kanssa henkilökohtaisen lääkehoidon räätälöimiseksi ja potilastulosten parantamiseksi. Ryhmäni nykyisiin projekteihin kuuluu: 1) potilaiden stratifiointi käyttäen yksittäisiä ja moninäkökulmaisia tietoaineistoja, hyödyntäen syväoppimista, ulottuvuuden vähentämistä ja tietoon pohjautuvaa ryhmittelyanalyysiä; 2) biomarkkereiden löytäminen laajamittaisista genomiikan aineistoista, soveltaen metaheuristisia menetelmiä ominaisuuksien valintaan, ja; 3) verkostotietojen louhinta-algoritmien luominen lääkekohteiden löytämiseksi ja olemassa olevien lääkkeiden uudelleen kohdentamiseksi. Työmme on keskeistä monimutkaisten biologisten tietojen kääntämisessä toiminnallisiksi oivalluksiksi tarkkuuslääketieteessä, tavoitteenamme on optimoida yksilöllinen potilashoito.
Tutkimusryhmät
Projektit
Julkaisut
32/32 kappaletta-
Transcriptomic profiling reveals differential cellular response to copper oxide nanoparticles and polystyrene nanoplastics in perfused human placenta
Chortarea, S; Gupta, G; Saarimäki, LA; Netkueakul, W; Manser, P; Aengenheister, L; Wichser, A; Fortino, V; Wick, P; Greco, D; Buerki-Thurnherr, T. 2023. Environment international. 177: . 108015 -
AIM in Allergy
Wisgrill, Lukas; Werner, Paulina; Fortino, Vittorio; Fyhrquist, Nanna. Teoksessa: Lidströmer, Niklas; Ashrafian, Hutan(toim.) , 2022. Artificial Intelligence in Medicine. s. 1411-1423. Springer -
Biomarkers of nanomaterials hazard from multi-layer data
Fortino, Vittorio; Kinaret, Pia Anneli Sofia; Fratello, Michele; Serra, Angela; Saarimäki, Laura Aliisa; Gallud, Audrey; Gupta, Govind; Vales, Gerard; Correia, Manuel; Rasool, Omid; Ytterberg, Jimmy; Monopoli, Marco; Skoog, Tiina; Ritchie, Peter; Moya, Sergio; Vázquez-Campos, Socorro; Handy, Richard; Grafström, Roland; Tran, Lang; Zubarev, Roman; Lahesmaa, Riitta; Dawson, Kenneth; Loeschner, Katrin; Larsen, Erik Husfeldt; Krombach, Fritz; Norppa, Hannu; Kere, Juha; Savolainen, Kai; Alenius, Harr. 2022. Nature communications. 13: . 3798 -
Characterization of ENM Dynamic Dose-Dependent MOA in Lung with Respect to Immune Cells Infiltration
Serra, Angela; del Giudice, Giusy; Kinaret, Pia Anneli Sofia; Saarimäki, Laura Aliisa; Poulsen, Sarah Søs; Fortino, Vittorio; Halappanavar, Sabina; Vogel, Ulla; Greco, Dario. 2022. Nanomaterials. 12: -
EDTox: an R Shiny application to predict the endocrine disruption potential of compounds
Sakhteman, Amirhossein; Ghosh, Arindam; Fortino, Vittorio. 2022. Bioinformatics. 38: 2066-2069 -
Identifying gene expression-based biomarkers in online learning environments
Cattelani, Luca; Fortino, Vittorio. 2022. Bioinformatics advances. 2: -
Improved NSGA-II algorithms for multi-objective biomarker discovery
Cattelani, Luca; Fortino, Vittorio. 2022. Bioinformatics. 38: ii20-ii26 -
Integrated Network Pharmacology Approach for Drug Combination Discovery: A Multi-Cancer Case Study
Federico, Antonio; Fratello, Michele; Scala, Giovanni; Möbus, Lena; Pavel, Alisa; del Giudice, Giusy; Ceccarelli, Michele; Costa, Valerio; Ciccodicola, Alfredo; Fortino, Vittorio; Serra, Angela; Greco, Dario. 2022. Cancers. 14: -
Network approaches for modeling the effect of drugs and diseases
Rintala, TJ; Ghosh, Arindam; Fortino, V. 2022. Briefings in bioinformatics. 23: -
Nextcast: A software suite to analyse and model toxicogenomics data
Serra, Angela; Saarimäki, Laura Aliisa; Pavel, Alisa; del Giudice, Giusy; Fratello, Michele; Cattelani, Luca; Federico, Antonio; Laurino, Omar; Marwah, Veer Singh; Fortino, Vittorio; Scala, Giovanni; Sofia Kinaret, Pia Anneli; Greco, Dario. 2022. Computational and Structural Biotechnology Journal. 20: 1413-1426