Minulla on kandidaatin ja maisterin tutkinnot tietojenkäsittelytieteessä, tohtorin tutkinto bioinformatiikassa ja dosentin pätevyys terveysbioinformatiikassa. Tutkimukseni keskittyy koneoppimisen, heuristisen optimoinnin ja verkostotietojen louhinta-algoritmien kehittämiseen ja soveltamiseen tähtäimenä ratkaista tarkkuuslääketieteen (PM) keskeiset laskennalliset haasteet. Tarkkuuslääketiede pyrkii yhdistämään molekyylimarkkereita perinteisen kliinisen tiedon kanssa henkilökohtaisen lääkehoidon räätälöimiseksi ja potilastulosten parantamiseksi. Ryhmäni nykyisiin projekteihin kuuluu: 1) potilaiden stratifiointi käyttäen yksittäisiä ja moninäkökulmaisia tietoaineistoja, hyödyntäen syväoppimista, ulottuvuuden vähentämistä ja tietoon pohjautuvaa ryhmittelyanalyysiä; 2) biomarkkereiden löytäminen laajamittaisista genomiikan aineistoista, soveltaen metaheuristisia menetelmiä ominaisuuksien valintaan, ja; 3) verkostotietojen louhinta-algoritmien luominen lääkekohteiden löytämiseksi ja olemassa olevien lääkkeiden uudelleen kohdentamiseksi. Työmme on keskeistä monimutkaisten biologisten tietojen kääntämisessä toiminnallisiksi oivalluksiksi tarkkuuslääketieteessä, tavoitteenamme on optimoida yksilöllinen potilashoito.
Tutkimusryhmät
Projektit
Julkaisut
39/39 kappaletta-
COPS: A novel platform for multi-omic disease subtype discovery via robust multi-objective evaluation of clustering algorithms
Rintala, Teemu J; Fortino, Vittorio. 2024. PLoS computational biology. 20: . e1012275 -
Differential expression analysis identifies a prognostically significant extracellular matrix–enriched gene signature in hyaluronan-positive clear cell renal cell carcinoma
Jokelainen, Otto; Rintala, Teemu J; Fortino, Vittorio; Pasonen-Seppänen, Sanna; Sironen, Reijo; Nykopp, Timo K. 2024. Scientific reports. 14: -
Enhancing prediction accuracy of coronary artery disease through machine learning-driven genomic variant selection
Alireza, Z.; Maleeha, M.; Kaikkonen, M.; Fortino, V.. 2024. Journal of translational medicine. 22: . 356 -
Integrative network analysis suggests prioritised drugs for atopic dermatitis
Federico, Antonio; Möbus, Lena; Al-Abdulraheem, Zeyad; Pavel, Alisa; Fortino, Vittorio; del Giudice, Giusy; Alenius, Harri; Fyhrquist, Nanna; Greco, Dario. 2024. Journal of translational medicine. 22: . 64 -
Multi-task deep latent spaces for cancer survival and drug sensitivity prediction
Rintala, Teemu J; Napolitano, Francesco; Fortino, Vittorio. 2024. Bioinformatics. 40: ii182-ii189 -
Optimizing Feature Selection for Binary Classification with Noisy Labels: A Genetic Algorithm Approach
Imani, Vandad; Moradi, Elaheh; Sevilla-Salcedo, Carlos; Fortino, Vittorio; Tohka, Jussi. Teoksessa: Daimi, Kevin; Al Sadoon, Abeer(toim.) , 2024. Proceedings of the Second International Conference on Advances in Computing Research (ACR’24). s. 392-403. -
Translatome profiling reveals Itih4 as a novel smooth muscle cell–specific gene in atherosclerosis
Ravindran, Aarthi; Holappa, Lari; Niskanen, Henri; Skovorodkin, Ilya; Kaisto, Susanna; Beter, Mustafa; Kiema, Miika; Selvarajan, Ilakya; Nurminen, Valtteri; Aavik, Einari; Aherrahrou, Rédouane; Pasonen-Seppänen, Sanna; Fortino, Vittorio; Laakkonen, Johanna P; Ylä-Herttuala, Seppo; Vainio, Seppo; Örd, Tiit; Kaikkonen, Minna U. 2024. Cardiovascular research. 120: 869-882 -
Transcriptomic profiling reveals differential cellular response to copper oxide nanoparticles and polystyrene nanoplastics in perfused human placenta
Chortarea, S; Gupta, G; Saarimäki, LA; Netkueakul, W; Manser, P; Aengenheister, L; Wichser, A; Fortino, V; Wick, P; Greco, D; Buerki-Thurnherr, T. 2023. Environment international. 177: . 108015 -
AIM in Allergy
Wisgrill, Lukas; Werner, Paulina; Fortino, Vittorio; Fyhrquist, Nanna. Teoksessa: Lidströmer, Niklas; Ashrafian, Hutan(toim.) , 2022. Artificial Intelligence in Medicine. s. 1411-1423. Springer -
Biomarkers of nanomaterials hazard from multi-layer data
Fortino, Vittorio; Kinaret, Pia Anneli Sofia; Fratello, Michele; Serra, Angela; Saarimäki, Laura Aliisa; Gallud, Audrey; Gupta, Govind; Vales, Gerard; Correia, Manuel; Rasool, Omid; Ytterberg, Jimmy; Monopoli, Marco; Skoog, Tiina; Ritchie, Peter; Moya, Sergio; Vázquez-Campos, Socorro; Handy, Richard; Grafström, Roland; Tran, Lang; Zubarev, Roman; Lahesmaa, Riitta; Dawson, Kenneth; Loeschner, Katrin; Larsen, Erik Husfeldt; Krombach, Fritz; Norppa, Hannu; Kere, Juha; Savolainen, Kai; Alenius, Harr. 2022. Nature communications. 13: . 3798