Minna Kaikkonen-Määttä
Laitoksen johtaja
Professori
A.I. Virtanen -instituutti, Terveystieteiden tiedekunta
[email protected] | 040 355 2413
Tutkimusryhmämme selvittää sepelvaltimotaudin ja valtimonkovettumataudin molekulaarisia mekanismeja hyödyntämällä laajasti viimeisimpiä genomiikan menetelmiä.
Tutkimusryhmät
-
Itä-Suomen Genomikeskus (ISGK) 02.03.2009 - -
Kardiovaskulaarinen Genomiikka (Kaikkonen tutkimusryhmä) 01.09.2015 -
Projektit
Julkaisut
124/124 kappaletta-
Drug-Free Approach to Regulate Undruggable Proto-Oncogene MYC Using Biomimetic Porous Nanoparticles for Cancer Immunotherapy
Happonen, Emilia; Dang, Yijing; Wang, Jiajia; Saarela, Silja; Sivonen, Minna; Zakir, Mohammed; Laari, Milla-Iida; Constantinou, Yiannis; Tamarov, Konstantin; Hakkarainen, Henri; Montaser, Ahmed Bisher; Leinonen, Henri; Küblbeck, Jenni; Örd, Tiit; Taipale, Mari; Kaikkonen, Minna; Liu, Ruixian; Klefström, Juha; Yu, Haijun; Xu, Zhiai; Lehto, Vesa-Pekka; Xu, Wujun, 2025, Acs applied materials and interfaces, 17, 33, 46521-46534. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Epigenetic drug screening identifies enzyme inhibitors A-196 and TMP-269 as novel regulators of sprouting angiogenesis
Beter, M.; Pulkkinen, HH.; Örd, T; Sormunen, A; Kilpeläinen, L; Dunford, JE; Kaikkonen, MU; Aavik, E; Laham-Karam, N; Oppermann, U; Laakkonen, JP; Ylä-Herttuala, S, 2025, Scientific reports, 15, 1, 1628. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
MicroRNA gene dynamics in immune cell subpopulations during aging and atherosclerosis disease development at single-cell resolution
de Sande, Ana Hernández; Turunen, Tanja; Bouvy-Liivrand, Maria; Örd, Tiit; Palani, Senthil; Lahnalampi, Mari; Tundidor-Centeno, Celia; Liljenbäck, Heidi; Virta, Jenni; Niskanen, Henri; Jayasingha, Buddika; Smålander, Olli-Pekka; Sinkkonen, Lasse; Mikkola, Lea; Sauter, Thomas; Roivainen, Anne; Lönnberg, Tapio; Kaikkonen, Minna U; Heinäniemi, Merja, 2025, Genome medicine, 17, 1, 112. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Mitochondrial ROS drive foam cell formation via STAT5 signaling in atherosclerosis
Boccuni, Laura; Marka, Frieda; Salzmann, Manuel; Schirripa, Alessia; Ableitner, Elisabeth; Siller, Magdalena; Brekalo, Mira; Haider, Patrick; Stojkovic, Stefan; Neumayer, Christoph; Örd, Tiit; Kollmann, Karoline; Assinger, Alice; Decker, Thomas; Köcher, Thomas; Fischer, Michael B.; Mußbacher, Marion; Bergthaler, Andreas; Hengstenberg, Christian; Podesser, Bruno K; Kaikkonen, Minna U.; Wojta, Johann; Hohensinner, Philipp J, 2025, Science advances, 11, 35, 1-25. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Single-cell RNA sequencing reveals sex differences in the subcellular composition and associated gene-regulatory network activity of human carotid plaques
Sukhavasi, Katyayani; Mocci, Giuseppe; Ma, Lijiang; Hodonsky, Chani J.; Diez Benevante, Ernest; Muhl, Lars; Liu, Jianping; Gustafsson, Sonja; Buyandelger, Byambajav; Koplev, Simon; Lendahl, Urban; Vanlandewijck, Michael; Singha, Prosanta; Örd, Tiit; Beter, Mustafa; Selvarajan, Ilakya; Laakkonen, Johanna P.; Väli, Marika; den Ruijter, Hester M.; Civelek, Mete; Hao, Ke; Ruusalepp, Arno; Betsholtz, Christer; Järve, Heli; Kovacic, Jason C.; Miller, Clint L.; Romanoski, Casey; Kaikkonen, Minna U.; Bj, 2025, Nature cardiovascular research, 4, 4, 412–432. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Slc7a7 licenses macrophage glutaminolysis for restorative functions in atherosclerosis
Benhmammouch, Saloua; Borowczyk, Coraline; Pierrot-Blanchet, Clara; Barouillet, Thibault; Murcy, Florent; Dussaud, Sébastien; Blanc, Marina; Blériot, Camille; Örd, Tiit; Habbouche, Lama; Vaillant, Nathalie; Gerber, Yohan; Cochain, Clément; Gautier, Emmanuel L; Ginhoux, Florent; Thorp, Edward B.; Biessen, Erik AL; Sluimer, Judith C.; Bodoy, Susanna; Palacin, Manuel; Bailly-Maitre, Béatrice; Kaikkonen, Minna U; Yvan-Charvet, Laurent, 2025, Nature metabolism, 7, 9, 1924–1938. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Special issue: Decoding atherosclerosis: Epigenetics and functional genomics
Romanoski, Casey E; Kaikkonen, Minna U, 2025, Elsevier. C2 Toimitettu teos -
Special issue: Decoding atherosclerosis: Epigenetics and functional genomics
Romanoski, Casey E; Kaikkonen, Minna U, 2025, Atherosclerosis, 407, 119230. B1 Kirjoitus tieteellisessä aikakauslehdessä -
The mechanisms of Chr.9p21.3 risk locus in coronary artery disease – where are we today?
Ruotsalainen, Anna-Kaisa; Kettunen, Sanna; Suoranta, Tuisku; Kaikkonen, Minna U; Ylä-Herttuala, Seppo; Aherrahrou, Rédouane, 2025, American journal of physiology : heart and circulatory physiology, 328, 2, H196-H208. A2 Katsausartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Cancer-type somatic mutations in saccular cerebral aneurysms
Rezai Jahromi, Behnam; Valori, Miko; Tulamo, Riikka; Jauhiainen, Suvi; Ilmonen, Henna; Kantonen, Jonas; Kaikkonen-Määttä, Minna; Laakso, Aki; Ylä-Hertuala, Seppo; Jääskeläinen, Juha E.; Tienari, Pentti J.; Niemelä, Mika, 2024, European journal of human genetics, [Published: 12 December 2024], 1-4. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Coronary Artery Disease Risk Variant Dampens the Expression of CALCRL by Reducing HSF Binding to Shear Stress Responsive Enhancer in Endothelial Cells in Vitro
Selvarajan, Ilakya; Kiema, Miika; Huang, Ru Ting; Li, Jin; Zhu, Jiayu; Pölönen, Petri; Örd, Tiit; Õunap, Kadri; Godiwala, Mehvash; Golebiewski, Anna Kathryn; Ravindran, Aarthi; Mäklin, Kiira; Toropainen, Anu; Stolze, Lindsey K; Arce, Maximiliano; Magnusson, Peetra U; White, Stephen; Romanoski, Casey E; Heinäniemi, Merja; Laakkonen, Johanna P; Fang, Yun; Kaikkonen, Minna U, 2024, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology, 44, 6, 1330-1345. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Enhancing prediction accuracy of coronary artery disease through machine learning-driven genomic variant selection
Alireza, Z.; Maleeha, M.; Kaikkonen, M.; Fortino, V., 2024, Journal of translational medicine, 22, 1, 356. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
GLS2 links glutamine metabolism and atherosclerosis by remodeling artery walls
Murcy, Florent; Borowczyk, Coraline; Gourion-Arsiquaud, Samuel; Torrino, Stéphanie; Ouahrouche, Nessrine; Barouillet, Thibault; Dussaud, Sébastien; Couralet, Marie; Vaillant, Nathalie; Merlin, Johanna; Berquand, Alexandre; Kaikkonen, Minna U.; McClelland, Robyn L.; Tressel, William; Stein, James; Thorp, Edward B.; Bertero, Thomas; Barbry, Pascal; Bailly-Maitre, Béatrice; Gautier, Emmanuel L.; Karjalainen, Minna K.; Kettunen, Johannes; Duca, Laurent; Shea, Steven; Yvan-Charvet, Laurent, 2024, Nature cardiovascular research, 3, 12, 1454-1467. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Genetic variation drives differences in obesity-related gene regulation
Kaikkonen, Minna U, 2024, Trends in genetics, 40, 4, 296-298. B1 Kirjoitus tieteellisessä aikakauslehdessä -
Increased secretion of adipocyte-derived extracellular vesicles is associated with adipose tissue inflammation and the mobilization of excess lipid in human obesity
Matilainen, Johanna; Berg, Viivi; Vaittinen, Maija; Impola, Ulla; Mustonen, Anne-Mari; Männistö, Ville; Malinen, Marjo; Luukkonen, Veera; Rosso, Natalia; Turunen, Tanja; Käkelä, Pirjo; Palmisano, Silvia; Arasu, Uma Thanigai; Sihvo, Sanna P.; Aaltonen, Niina; Härkönen, Kai; Caddeo, Andrea; Kaminska, Dorota; Pajukanta, Päivi; Kaikkonen, Minna U.; Tiribelli, Claudio; Käkelä, Reijo; Laitinen, Saara; Pihlajamäki, Jussi; Nieminen, Petteri; Rilla, Kirsi, 2024, Journal of translational medicine, 22, 1, 623. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Integrative multi-omics profiling in human decedents receiving pig heart xenografts
Schmauch, Eloi; Piening, Brian; Mohebnasab, Maedeh; Xia, Bo; Zhu, Chenchen; Stern, Jeffrey; Zhang, Weimin; Dowdell, Alexa K; Kim, Jacqueline I; Andrijevic, David; Khalil, Karen; Jaffe, Ian S; Loza, Bao Li; Gragert, Loren; Camellato, Brendan R; Oliveira, Michelli F; O’Brien, Darragh P; Chen, Han M; Weldon, Elaina; Gao, Hui; Gandla, Divya; Chang, Andrew; Bhatt, Riyana; Gao, Sarah; Lin, Xiangping; Reddy, Kriyana P; Kagermazova, Larisa; Habara, Alawi H; Widawsky, Sophie; Liang, Feng Xia; Sall, Josep, 2024, Nature medicine, 30, 5, 1448-1460. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Mechanosensitive super-enhancers regulate genes linked to atherosclerosis in endothelial cells
Li, Jin; Zhu, Jiayu; Gray, Olivia; Sobreira, Debora R; Wu, David; Huang, Ru-Ting; Miao, Bernadette; Sakabe, Noboru J; Krause, Matthew D; Kaikkonen, Minna U; Romanoski, Casey E; Nobrega, Marcelo A; Fang, Yun, 2024, Journal of cell biology, 223, 3, e202211125. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Oncogenic KEAP1 mutations activate TRAF2-NFκB signaling to prevent apoptosis in lung cancer cells
Deen, Ashik Jawahar; Adinolfi, Simone; Härkönen, Jouni; Patinen, Tommi; Liu, Xiaonan; Laitinen, Tuomo; Takabe, Piia; Kainulainen, Kirsi; Pasonen-Seppänen, Sanna; Gawriyski, Lisa M; Arasu, Uma Thanigai; Selvarajan, Ilakya; Mäkinen, Petri; Laitinen, Hanna; Kansanen, Emilia; Kaikkonen, Minna U; Poso, Antti; Varjosalo, Markku; Levonen, Anna-Liisa, 2024, Redox biology, 69, 103031. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Progression of herpesvirus infection remodels mitochondrial organization and metabolism
Leclerc, Simon; Gupta, Alka; Ruokolainen, Visa; Chen, Jian Hua; Kunnas, Kari; Ekman, Axel A; Niskanen, Henri; Belevich, Ilya; Vihinen, Helena; Turkki, Paula; Perez-Berna, Ana J; Kapishnikov, Sergey; Mäntylä, Elina; Harkiolaki, Maria; Dufour, Eric; Hytönen, Vesa; Pereiro, Eva; McEnroe, Tony; Fahy, Kenneth; Kaikkonen, Minna U; Jokitalo, Eija; Larabell, Carolyn A; Weinhardt, Venera; Mattola, Salla; Aho, Vesa; Vihinen-Ranta, Maija, 2024, PLoS pathogens, 20, 4, e1011829. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
QClus: a droplet filtering algorithm for enhanced snRNA-seq data quality in challenging samples
Schmauch, Eloi; Ojanen, Johannes; Galani, Kyriakitsa; Jalkanen, Juho; Harju, Kristiina; Hollmen, Maija; Kokki, Hannu; Gunn, Jarmo; Halonen, Jari; Hartikainen, Juha; Kiviniemi, Tuomas; Tavi, Pasi; Kaikkonen, Minna U.; Kellis, Manolis; Linna-Kuosmanen, Suvi, 2024, Nucleic acids research, 2025; 53, 1, gkae1145. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Secreted Protein Profiling of Human Aortic Smooth Muscle Cells Identifies Vascular Disease Associations
Aherrahrou, Rédouane; Baig, Ferheen; Theofilatos, Konstantinos; Lue, Dillon; Beele, Alicia; Örd, Tiit; Kaikkonen, Minna U; Aherrahrou, Zouhair; Cheng, Qi; Ghosh, Saikat Kumar B; Karnewar, Santosh; Karnewar, Vaishnavi; Finn, Aloke V; Owens, Gary K; Joner, Michael; Mayr, Manuel; Civelek, Mete, 2024, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology, 44, 4, 898-914. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Single nucleus RNA-sequencing integrated into risk variant colocalization discovers 17 cell-type-specific abdominal obesity genes for metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease
Lee, Seung Hyuk T; Garske, Kristina M; Arasu, Uma Thanigai; Kar, Asha; Miao, Zong; Alvarez, Marcus; Koka, Amogha; Darci-Maher, Nicholas; Benhammou, Jihane N; Pan, David Z; Örd, Tiit; Kaminska, Dorota; Männistö, Ville; Heinonen, Sini; Wabitsch, Martin; Laakso, Markku; Agopian, Vatche G; Pisegna, Joseph R; Pietiläinen, Kirsi H; Pihlajamäki, Jussi; Kaikkonen, Minna U; Pajukanta, Päivi, 2024, EBioMedicine, 106, 105232. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Single-Cell Gene-Regulatory Networks of Advanced Symptomatic Atherosclerosis
Mocci, Giuseppe; Sukhavasi, Katyayani; Örd, Tiit; Bankier, Sean; Singha, Prosanta; Arasu, Uma Thanigai; Agbabiaje, Olayinka Oluwasegun; Mäkinen, Petri; Ma, Lijiang; Hodonsky, Chani J; Aherrahrou, Redouane; Muhl, Lars; Liu, Jianping; Gustafsson, Sonja; Byandelger, Byambajav; Wang, Ying; Koplev, Simon; Lendahl, Urban; Owens, Gary; Leeper, Nicholas J; Pasterkamp, Gerard; Vanlandewijck, Michael; Michoel, Tom; Ruusalepp, Arno; Hao, Ke; Ylä-Herttuala, Seppo; Väli, Marika; Järve, Heli; Mokry, Michal; C, 2024, Circulation research, 134, 11, 1405-1423. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Targeting IL-1 controls refractory pityriasis rubra pilaris
Schmauch, Eloi; Severin, Yannik; Xing, Xianying; Mangold, Aaron; Conrad, Curdin; Johannsen, Pål; Kahlenberg, J Michelle; Mellett, Mark; Navarini, Alexander; Nobbe, Stefan; Sarkar, Mrinal K; Satyam, Abhigyan; Tsoi, Lam C; French, Lars E; Nilsson, Jakob; Linna-Kuosmanen, Suvi; Kaikkonen, Minna U; Snijder, Berend; Kellis, Manolis; Gudjonsson, Johann E.; Tsokos, George C; Contassot, Emmanuel; Kolios, Antonios GA, 2024, Science advances, 10, 27, eado2365. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Technological advancements in functional interpretation of genome-wide association studies (GWAS) findings: bridging the gap to clinical translation
Aherrahrou, Redouane; Kaikkonen, Minna U, 2024, Febs letters, 598, 23, 2852-2853. A2 Katsausartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Transcriptomic and spatial dissection of human ex vivo right atrial tissue reveals proinflammatory microvascular changes in ischemic heart disease
Linna-Kuosmanen, Suvi; Schmauch, Eloi; Galani, Kyriakitsa; Ojanen, Johannes; Boix, Carles A; Örd, Tiit; Toropainen, Anu; Singha, Prosanta K; Moreau, Pierre R; Harju, Kristiina; Blazeski, Adriana; Segerstolpe, Åsa; Lahtinen, Veikko; Hou, Lei; Kang, Kai; Meibalan, Elamaran; Agudelo, Leandro Z; Kokki, Hannu; Halonen, Jari; Jalkanen, Juho; Gunn, Jarmo; MacRae, Calum A; Hollmén, Maija; Hartikainen, Juha EK; Kaikkonen, Minna U; García-Cardeña, Guillermo; Tavi, Pasi; Kiviniemi, Tuomas; Kellis, Manolis, 2024, Cell reports medicine, 5, 5, 101556. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Translatome profiling reveals Itih4 as a novel smooth muscle cell–specific gene in atherosclerosis
Ravindran, Aarthi; Holappa, Lari; Niskanen, Henri; Skovorodkin, Ilya; Kaisto, Susanna; Beter, Mustafa; Kiema, Miika; Selvarajan, Ilakya; Nurminen, Valtteri; Aavik, Einari; Aherrahrou, Rédouane; Pasonen-Seppänen, Sanna; Fortino, Vittorio; Laakkonen, Johanna P; Ylä-Herttuala, Seppo; Vainio, Seppo; Örd, Tiit; Kaikkonen, Minna U, 2024, Cardiovascular research, 120, 8, 869-882. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
ciRS-7 and miR-7 regulate ischemia-induced neuronal death via glutamatergic signaling
Scoyni, Flavia; Sitnikova, Valeriia; Giudice, Luca; Korhonen, Paula; Trevisan, Davide M; Hernandez de Sande, Ana; Gomez-Budia, Mireia; Giniatullina, Raisa; Ugidos, Irene F; Dhungana, Hiramani; Pistono, Cristiana; Korvenlaita, Nea; Välimäki, Nelli-Noora; Kangas, Salla M; Hiltunen, Anniina E; Gribchenko, Emma; Kaikkonen-Määttä, Minna U; Koistinaho, Jari; Ylä-Herttuala, Seppo; Hinttala, Reetta; Venø, Morten T; Su, Junyi; Stoffel, Markus; Schaefer, Anne; Rajewsky, Nikolaus; Kjems, Jørgen; LaPierre,, 2024, Cell reports, 43, 3, 113862. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
A pan-cancer analysis shows immunoevasive characteristics in NRF2 hyperactive squamous malignancies
Härkönen, Jouni; Pölönen, Petri; Deen, Ashik Jawahar; Selvarajan, Ilakya; Teppo, Hanna-Riikka; Dimova, Elitsa Y.; Kietzmann, Thomas; Ahtiainen, Maarit; Väyrynen, Juha P.; Väyrynen, Sara A.; Elomaa, Hanna; Tynkkynen, Niko; Eklund, Tiia; Kuopio, Teijo; Talvitie, Eva-Maria; Taimen, Pekka; Kallajoki, Markku; Kaikkonen, Minna U.; Heinäniemi, Merja; Levonen, Anna-Liisa, 2023, Redox biology, 61, 102644. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Alzheimer's disease-induced phagocytic microglia express a specific profile of coding and non-coding RNAs
Scoyni, Flavia; Giudice, Luca; Väänänen, Mari Anna; Downes, Nicholas; Korhonen, Paula; Choo, Xin Yi; Välimäki, Nelli Noora; Mäkinen, Petri; Korvenlaita, Nea; Rozemuller, Annemieke J; de Vries, Helga E; Polo, Jose; Turunen, Tiia A; Ylä-Herttuala, Seppo; Hansen, Thomas B; Grubman, Alexandra; Kaikkonen, Minna U; Malm, Tarja, 2023, Alzheimer's & dementia, 2024; 20, 2, 954-974. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
ApoA-I Nanotherapy Rescues Postischemic Vascular Maladaptation by Modulating Endothelial Cell and Macrophage Phenotypes in Type 2 Diabetic Mice
Babu, Mohan; Devi, Durga; Mäkinen, Petri; Örd, Tiit; Aavik, Einari; Kaikkonen, Minna; Ylä-Herttuala, Seppo, 2023, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology, 43, 1, e46–e61. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Cross-tissue omics analysis discovers ten adipose genes encoding secreted proteins in obesity-related non-alcoholic fatty liver disease
Darci-Maher, Nicholas; Alvarez, Marcus; Arasu, Uma Thanigai; Selvarajan, Ilakya; Lee, Seung Hyuk T.; Pan, David Z.; Miao, Zong; Das, Sankha Subhra; Kaminska, Dorota; Örd, Tiit; Benhammou, Jihane N.; Wabitsch, Martin; Pisegna, Joseph R.; Männistö, Ville; Pietiläinen, Kirsi H.; Laakso, Markku; Sinsheimer, Janet S.; Kaikkonen, Minna U.; Pihlajamäki, Jussi; Pajukanta, Päivi, 2023, EBioMedicine, 92, 104620. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Deletion of the murine ortholog of human 9p21.3 locus promotes atherosclerosis by increasing macrophage proinflammatory activity
Kettunen, Sanna; Ruotsalainen, Anna-Kaisa; Örd, Tiit; Suoranta, Tuisku; Heikkilä, Janne; Kaikkonen, Minna U.; Laham-Karam, Nihay; Ylä-Herttuala, Seppo, 2023, Frontiers in cardiovascular medicine, 10, 1113890. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Dissecting the polygenic basis of atherosclerosis via disease-associated cell state signatures
Örd, Tiit; Lönnberg, Tapio; Nurminen, Valtteri; Ravindran, Aarthi; Niskanen, Henri; Kiema, Miika; Õunap, Kadri; Maria, Maleeha; Moreau, Pierre R; Mishra, Pashupati P; Palani, Senthil; Virta, Jenni; Liljenbäck, Heidi; Aavik, Einari; Roivainen, Anne; Ylä-Herttuala, Seppo; Laakkonen, Johanna P; Lehtimäki, Terho; Kaikkonen, Minna U, 2023, American journal of human genetics, 110, 5, 722-740. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Dynamic release of neuronal extracellular vesicles containing miR‐21a‐5p is induced by hypoxia
Korvenlaita, Nea; Gómez‐Budia, Mireia; Scoyni, Flavia; Pistono, Cristiana; Giudice, Luca; Eamen, Shaila; Loppi, Sanna; de Sande, Ana Hernández; Huremagic, Benjamin; Bouvy‐Liivrand, Maria; Heinäniemi, Merja; Kaikkonen, Minna U.; Cheng, Lesley; Hill, Andrew F.; Kanninen, Katja M.; Jenster, Guido W.; van Royen, Martin E.; Ramiro, Laura; Montaner, Joan; Batkova, Tereza; Mikulik, Robert; Giugno, Rosalba; Jolkkonen, Jukka; Korhonen, Paula; Malm, Tarja, 2023, Journal of extracellular vesicles, 12, 1, 12297. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
ErbB signalling is a potential therapeutic target for vascular lesions with fibrous component
Jauhiainen, Suvi; Ilmonen, Henna; Vuola, Pia; Rasinkangas, Heta; Pulkkinen, Heidi H; Keränen, Sara; Kiema, Miika; Liikkanen, Jade J; Laham Karam, Nihay; Laidinen, Svetlana; Beter, Mustafa; Aavik, Einari; Lappalainen, Kimmo; Lohi, Jouko; Aronniemi, Johanna; Örd, Tiit; Kaikkonen, Minna U; Salminen, Päivi; Tukiainen, Erkki; Ylä-Herttuala, Seppo; Laakkonen, Johanna P, 2023, eLife, 12, e82543. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Exploring the genetic basis of coronary artery disease using functional genomics
López Rodríguez, Maykel; Arasu, Uma Thanigai; Kaikkonen, Minna U, 2023, Atherosclerosis, 374, 87-98. A2 Katsausartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Genetic Regulation of SMC Gene Expression and Splicing Predict Causal CAD Genes
Aherrahrou, Rédouane; Lue, Dillon; Perry, R Noah; Aberra, Yonathan Tamrat; Khan, Mohammad Daud; Soh, Joon Yuhl; Örd, Tiit; Singha, Prosanta; Yang, Qianyi; Gilani, Huda; Benavente, Ernest Diez; Wong, Doris; Hinkle, Jameson; Ma, Lijiang; Sheynkman, Gloria M; den Ruijter, Hester M; Miller, Clint L; Björkegren, Johan LM; Kaikkonen, Minna U; Civelek, Mete, 2023, Circulation research, 132, 3, 323-338. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Hypoxic regulation of hypoxia inducible factor 1 alpha via antisense transcription
Downes, Nicholas; Niskanen, Henri; Tomas-Bosch, Vanesa; Taipale, Mari; Godiwala, Mehvash; Väänänen, Mari-Anna; Turunen, Tiia A; Aavik, Einari; Laham-Karam, Nihay; Ylä-Herttuala, Seppo; Kaikkonen, Minna U, 2023, Journal of biological chemistry, 299, 11, 105291. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
The angiopoietin receptor Tie2 is atheroprotective in arterial endothelium
Anisimov, Andrey; Fang, Shentong; Hemanthakumar, Karthik Amudhala; Örd, Tiit; van Avondt, Kristof; Chevre, Raphael; Toropainen, Anu; Singha, Prosanta; Gilani, Huda; Nguyen, Su D; Karaman, Sinem; Korhonen, Emilia A; Adams, Ralf H.; Augustin, Hellmut G; Öörni, Katariina; Soehnlein, Oliver; Kaikkonen, Minna U; Alitalo, Kari, 2023, Nature cardiovascular research, 2, 3, 307-321. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Exploiting Glutamine Consumption in Atherosclerotic Lesions by Positron Emission Tomography Tracer (2S,4R)-4-18F-Fluoroglutamine
Palani, Senthil; Miner, Maxwell WG; Virta, Jenni; Liljenbäck, Heidi; Eskola, Olli; Örd, Tiit; Ravindran, Aarthi; Kaikkonen, Minna U; Knuuti, Juhani; Li, Xiang-Guo; Saraste, Antti; Roivainen, Anne, 2022, Frontiers in immunology, 13, 821423. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Functional noncoding SNPs in human endothelial cells fine-map vascular trait associations
Toropainen, Anu; Stolze, Lindsey K; Örd, Tiit; Whalen, Michael B; Torrell, Paula Martí; Link, Verena M; Kaikkonen, Minna U; Romanoski, Casey E, 2022, Genome research, 32, 3, 409-424. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Nuclear microRNA-466c regulates Vegfa expression in response to hypoxia
Laitinen, Pia; Väänänen, Mari-Anna; Kolari, Ida-Liisa; Mäkinen, Petri I.; Kaikkonen, Minna U.; Weinberg, Marc S.; Morris, Kevin V.; Korhonen, Paula; Malm, Tarja; Ylä-Herttuala, Seppo; Roberts, Thomas C.; Turunen, Mikko P.; Turunen, Tiia A., 2022, PLoS ONE, 17, 3, e0265948. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Parvovirus nonstructural protein 2 interacts with chromatin-regulating cellular proteins
Mattola, Salla; Salokas, Kari; Aho, Vesa; Mäntylä, Elina; Salminen, Sami; Hakanen, Satu; Niskanen, Einari A.; Svirskaite, Julija; Ihalainen, Teemu O.; Airenne, Kari J.; Kaikkonen-Määttä, Minna; Parrish, Colin R.; Varjosalo, Markku; Vihinen-Ranta, Maija, 2022, PLoS pathogens, 18, 4, e1010353. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Single-Cell RNA-Seq Analysis of Olfactory Mucosal Cells of Alzheimer’s Disease Patients
Lampinen, Riikka; Fazaludeen, Mohammad Feroze; Avesani, Simone; Örd, Tiit; Penttilä, Elina; Lehtola, Juha-Matti; Saari, Toni; Hannonen, Sanna; Saveleva, Liudmila; Kaartinen, Emma; Fernández Acosta, Francisco; Cruz-Haces, Marcela; Löppönen, Heikki; Mackay-Sim, Alan; Kaikkonen, Minna U; Koivisto, Anne M; Malm, Tarja; White, Anthony R; Giugno, Rosalba; Chew, Sweelin; Kanninen, Katja M, 2022, Cells, 11, 4, 676. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
The Power of Single-Cell RNA Sequencing in eQTL Discovery
Maria, Maleeha; Pouyanfar, Negar; Örd, Tiit; Kaikkonen, Minna U, 2022, Genes, 13, 3, 502. A2 Katsausartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Characterization of a functional endothelial super-enhancer that regulates ADAMTS18 and angiogenesis
Mushimiyimana, I; Niskanen. H; Beter, M; Laakkonen, JP; Kaikkonen, MU; Ylä-Herttuala, S; Laham-Karam, N, 2021, Nucleic acids research, 49, 14, 8078-8096. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Elevated circulating follistatin associates with an increased risk of type 2 diabetes
Wu, CY; Borné, Y; Gao, R; Rodriguez, ML; Roell, WC; Wilson, JM; Regmi, A; Luan, C; Aly, DM; Peter, A; Machann, J; Staiger, H; Fritsche, A; Birkenfeld, AL; Tao, R; Wagner, R; Canouil, M; Hong, MG; Schwenk, JM [incl. Laakso, M], 2021, Nature communications, 12, 6486. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Genomic landscapes of non-coding RNAs regulating VEGFA and VEGFC expression in endothelial cells
Mushimiyimana, Isidore; Tomas Bosch, Vanesa; Niskanen, Henri; Downes, Nicholas; Moreau, Pierre; Hartigan, Kiley; Ylä-Herttuala, Seppo; Laham-Karam, Nihay; Kaikkonen, Minna U., 2021, Molecular and cellular biology, 41, 7, e00594-20. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Integrative analysis of liver-specific non-coding regulatory SNPs associated with the risk of coronary artery disease
Selvarajan, Ilakya; Toropainen, Anu; Garske, Kristina M.; López Rodríguez, Maykel; Ko, Arthur; Miao, Zong; Kaminska, Dorota; Õunap, Kadri; Örd, Tiit; Ravindran, Aarthi; Liu, Oscar H.; Moreau, Pierre R.; Jawahar Deen, Ashik; Männistö, Ville; Pan, Calvin; Levonen, Anna-Liisa; Lusis, Aldons J.; Heikkinen, Sami; Romanoski, Casey E.; Pihlajamäki, Jussi; Pajukanta, Päivi; Kaikkonen, Minna U., 2021, American journal of human genetics, 108, 3, 411-430. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Meta-Analysis of Smooth Muscle Lineage Transcriptomes in Atherosclerosis and Their Relationships to In Vitro Models
Conklin, Austin C.; Nishi, Hitoo; Schlamp, Florencia; Örd, Tiit; Õunap, Kadri; Kaikkonen, Minna U.; Fisher, Edward A.; Romanoski, Casey E., 2021, Immunometabolism, 3, 3, e210022. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
NRF2 is a key regulator of endothelial microRNA expression under proatherogenic stimuli
Linna-Kuosmanen, Suvi; Bosch, Vanesa Tomas; Moreau, Pierre R; Bouvy-Liivrand, Maria; Niskanen, Henri; Kansanen, Emilia; Kivelä, Annukka; Hartikainen, Juha; Hippeläinen, Mikko; Kokki, Hannu; Tavi, Pasi; Levonen, Anna-Liisa; Kaikkonen, Minna U, 2021, Cardiovascular research, 117, 5, 1339-1357. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Pharmacological or TRIB3-Mediated Suppression of ATF4 Transcriptional Activity Promotes Hepatoma Cell Resistance to Proteasome Inhibitor Bortezomib
Örd, Tiit; Örd, Daima; Kaikkonen, Minna U.; Örd, Tõnis, 2021, Cancers, 13, 10, 2341. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Polycomb Repressive Complex 2 Regulates Genes Necessary for Intestinal Microfold Cell (M Cell) Development
George, Joel Johnson; Oittinen, Mikko; Martin-Diaz, Laura; Zapilko, Veronika; Iqbal, Sharif; Rintakangas, Terhi; Arrojo Martins, Fábio Tadeu; Niskanen, Henri; Katajisto, Pekka; Kaikkonen, Minna U; Viiri, Keijo, 2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology, 12, 3, 873-889. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Profiling of Primary and Mature miRNA Expression in Atherosclerosis Associated Cell Types
Moreau, PR; Tomas Bosch, V; Bouvy-Liivrand,M; Õunap, K; Örd, T; Pulkkinen, HH; Pölönen, P; Heinäniemi, M; Ylä-Herttuala, S; Laakkonen, JP; Linna-Kuosmanen, S; Kaikkonen, MU, 2021, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology, 41, 7, 2149-2167. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Single-Cell Epigenomics and Functional Fine-Mapping of Atherosclerosis GWAS Loci
Örd, Tiit; Õunap, Kadri; Stolze, Lindsey; Aherrahrou, Rédouane; Nurminen, Valtteri; Selvarajan, Ilakya; Toropainen, Anu; Lönnberg, Tapio; Aavik, Einari; Yla-Herttuala, Seppo; Civelek, Mete; Romanoski, Casey E; Kaikkonen, Minna U, 2021, Circulation research, 129, 2, 240-258. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
The corepressors GPS2 and SMRT control enhancer and silencer remodeling via eRNA transcription during inflammatory activation of macrophages
Huang, Zhiqiang; Liang, Ning; Goñi, Saioa; Damdimopoulos, Anastasios; Wang, Cheng; Ballaire, Raphaelle; Jager, Jennifer; Niskanen, Henri; Han, Hongya; Jakobsson, Tomas; Bracken, Adrian P; Aouadi, Myriam; Venteclef, Nicolas; Kaikkonen, Minna U; Fan, Rongrong; Treuter, Eckardt, 2021, Molecular cell, 81, 5, 953-968.e9. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
BMP6/TAZ-Hippo signaling modulates angiogenesis and endothelial cell response to VEGF
Pulkkinen, H H; Kiema, M; Lappalainen, J P; Toropainen, A; Beter, M; Tirronen, A; Holappa, L; Niskanen, H; Kaikkonen, M U; Ylä-Herttuala, S; Laakkonen, Johanna P, 2020, Angiogenesis, 2021; 24, 1, 12-144. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Genetic Regulation of Atherosclerosis-Relevant Phenotypes in Human Vascular Smooth Muscle Cells
Aherrahrou, Rédouane; Guo, Liang; Nagraj, Vijay Peter; Aguhob, Aaron Andrew; Hinkle, Jameson; Chen, Lisa; Soh, Joon Yuhl; Lue, Dillon; Alencar, Gabriel F; Boltjes, Arjan; van der Laan, Sander W; Farber, Emily; Fuller, Daniela; Anane-Wae, Rita; Akingbesote, Ngozi D; Manichaikul, Ani W; Ma, Lijiang; Kaikkonen, Minna U; Björkegren, Johan LM; Önengüt-Gümüscu, Suna; et al., 2020, Circulation research, 127, 12, 1552-1565. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Hypoxia-Mediated Regulation of Histone Demethylases Affects Angiogenesis-Associated Functions in Endothelial Cells
Hsin-Fu Liu, Oscar; Kiema, Miika; Beter, Mustafa; Ylä-Herttuala, Seppo; Laakkonen, Johanna P; Kaikkonen, Minna U, 2020, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology, 40, 2665-2677. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Microanatomy of the Human Atherosclerotic Plaque by Single-Cell Transcriptomics
Depuydt, Marie Ac; Prange, Koen Hm; Slenders, Lotte; Örd, Tiit; Elbersen, Danny; Boltjes, Arjan; de Jager, Saskia Ca; Asselbergs, Folkert W; de Borst, Gert J; Aavik, Einari; Lönnberg, Tapio; Lutgens, Esther; Glass, Christopher K; den Ruijter, Hester M; Kaikkonen, Minna U; Bot, Ilze; Slütter, Bram; van der Laan, Sander W; Ylä-Herttuala, Seppo; Mokry, Michal; et al, 2020, Circulation research, 127, 11, 1437-1455. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Peripheral inflammation preceeding ischemia impairs neuronal survival through mechanisms involving miR-127 in aged animals
Loppi, Sanna; Korhonen, Paula; Bouvy-Liivrand, Maria; Cagliola, Simone; Turunen, Tiia A; Turunen, Mikko P; Hernandez de Sande, Ana; Kolosowska, Natalia; Scoyni, Flavia; Rosell, Anna; García-Berrocoso, Teresa; Lemarchant, Sighild; Dhungana, Hiramani; Montaner, Joan; Koistinaho, Jari; Kanninen, Katja M; Kaikkonen, Minna U; Giugno, Rosalba; Heinäniemi, Merja; Malm, Tarja, 2020, Aging cell, 2021; 20, 1, e13287. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Radiosynthesis and preclinical evaluation of [ 68 Ga]Ga-NOTA-folate for PET imaging of folate receptor ß-positive macrophages
Moisio, Olli; Palani, Senthil; Virta, Jenni; Elo, Petri; Liljenbäck, Heidi; Tolvanen, Tuula; Käkelä, Meeri; Miner, Maxwell G; Herre, Erika Atencio; Marjamäki, Päivi; Örd, Tiit; Heinäniemi, Merja; Kaikkonen, Minna U; Zhang, Fenghua; Srinivasarao, Madduri; Knuuti, Juhani; Low, Philip S; Saraste, Antti; Li, Xiang-Guo; Roivainen, Anne, 2020, Scientific reports, 10, 1, 13593. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Systems Genetics in Human Endothelial Cells Identifies Non-coding Variants Modifying Enhancers, Expression, and Complex Disease Traits
Stolze, Lindsey; Conklin, Austin; Whalen, Michael; López Rodríguez, Maykel; Õunap, Kadri; Selvarajan, Ilakya; Toropainen, Anu; Örd, Tiit; Li, Jin; Eshghi, Anna; Solomon, Alice; Fang, Yun; Kaikkonen, Minna; Romanoski, Casey, 2020, American journal of human genetics, 106, 6, P748-763. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
The proapoptotic gene interferon regulatory factor-1 mediates the antiproliferative outcome of paired box 2 gene and tamoxifen
Wang, Shixiong; Somisetty, Venkata S; Bai, Baoyan; Chernukhin, Igor; Niskanen, Henri; Kaikkonen, Minna U; Bellet, Meritxell; Carroll, Jason S; Hurtado, Antoni, 2020, Oncogene, 39, 6300-6312. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Axon Guidance-Related Factor FLRT3 Regulates VEGF-Signaling and Endothelial Cell Function
Jauhiainen, Suvi; Laakkonen, Johanna P; Ketola, Kirsi; Toivanen, Pyry, I; Nieminen, Tina; Ninchoji, Takeshi; Levonen, Anna-Liisa; Kaikkonen, Minna U; Ylä-Herttuala, Seppo, 2019, Frontiers in physiology, 10, 224. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Comparative transcriptome analysis of matched primary and distant metastatic ovarian carcinoma
Sallinen, H; Janhonen, S; Pölönen, P; Niskanen, H; Liu, OH; Kivelä, A; Hartikainen, JM; Anttila, M; Heinäniemi, M; Ylä-Herttuala, S; Kaikkonen, MU, 2019, Bmc cancer, 19, 1121. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Extensive reprogramming of the nascent transcriptome during iPSC to hepatocyte differentiation
Viiri, LE; Rantapero, T; Kiamehr, M; Alexanova, A; Oittinen, M; Viiri, K; Niskanen, H; Nykter, M; Kaikkonen, MU; Aalto-Setälä, K, 2019, Scientific reports, 9, 1, 3562. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Novel Lipid Long Intervening Noncoding RNA, Oligodendrocyte Maturation-Associated Long Intergenic Noncoding RNA, Regulates the Liver Steatosis Gene Stearoyl-Coenzyme A Desaturase As an Enhancer RNA
Benhammou, Jihane N; Ko, Arthur; Alvarez, Marcus; Kaikkonen, Minna U; Rankin, Carl; Garske, Kristina M; Padua, David; Bhagat, Yash; Kaminska, Dorota; Karja, Vesa; Pihlajamäki, Jussi; Pisegna, Joseph R; Pajukanta, Päivi, 2019, Hepatology communications, 3, 10, 1356-1372. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Control of inducible gene expression links cohesin to hematopoietic progenitor self-renewal and differentiation
Cuartero, Sergi; Weiss, Felix D; Dharmalingam, Gopuraja; Guo, Ya; Ing-Simmons, Elizabeth; Masella, Silvia; Robles-Rebollo, Irene; Xiao, Xiaolin; Wang, Yi-Fang; Barozzi, Iros; Djeghloul, Dounia; Amano, Mariane T; Niskanen, Henri; Petretto, Enrico; Dowell, Robin D; Tachibana, Kikue; Kaikkonen, Minna U; Nasmyth, Kim A; Lenhard, Boris; Natoli, Gioacchino; et al., 2018, Nature immunology, 19, 9, 932-944. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Deletion of Lymphangiogenic and Angiogenic Growth Factor VEGF-D Leads to Severe Hyperlipidemia and Delayed Clearance of Chylomicron Remnants
Tirronen, Annakaisa; Vuorio, Taina; Kettunen, Sanna; Hokkanen, Krista; Ramms, Bastian; Niskanen, Henri; Laakso, Hanne; Kaikkonen, Minna U; Jauhiainen, Matti; Gordts, Philip LSM; Ylä-Herttuala, Seppo, 2018, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology, 38, 10, 2327-2337. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Differential but Complementary HIF1[alfa] and HIF2[alfa] Transcriptional Regulation
Downes, Nicholas L; Laham-Karam, Nihay; Kaikkonen, Minna U; Ylä-Herttuala, Seppo, 2018, Molecular therapy, 26, 7, 1735-1745. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Emerging Roles of Non-Coding RNA Transcription
Kaikkonen, Minna U; Adelman, Karen, 2018, Trends in biochemical sciences, 43, 9, 654-667. A2 Katsausartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Functional Variant in the GCKR Gene Affects Lactate Levels Differentially in the Fasting State and During Hyperglycemia
López Rodríguez, Maykel; Fernandes Silva, Lilian; Vangipurapu, Jagadish; Modi, Shalem; Kuusisto, Johanna; Kaikkonen, Minna U; Laakso, Markku, 2018, Scientific reports, 8, 1, 15989. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Genetics instability of wtAAV2 genome and AAV promoter activities in the Baculovirus/Sf9 cells system
Savy, Adrian; Kaikkonen, Minna U; Léger, Adrien; Dickx, Yohann; Galibert, Lionel; Merten, Otto-Wilhelm, 2018, PLoS ONE, 13, 7, e0199866. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
MicroRNAs mediate the senescence-associated decline of NRF2 in endothelial cells
Kuosmanen, SM; Sihvola, V; Kansanen, E; Kaikkonen, MU; Levonen, AL, 2018, Redox biology, 18, 77-83. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Temporal Dynamics of Gene Expression During Endothelial Cell Differentiation From Human iPS Cells: A Comparison Study of Signalling Factors and Small Molecules
Belt, H; Koponen, JK; Kekarainen, T; Puttonen, KA; Mäkinen, PI; Niskanen, H;, Oja, J; Wirth, G; Koistinaho, J; Kaikkonen, MU; Ylä-Herttuala, S, 2018, Frontiers in cardiovascular medicine, 5, 16. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Therapeutic effects of rosuvastatin in hypercholesterolemic prediabetic mice in the absence of low density lipoprotein receptor
Gurzeler, Erika; Aavik, Einari; Laine, Anssi; Valkama, Teemu; Niskanen, Henri; Huusko, Jenni; Kaikkonen, Minna U; Ylä-Herttuala, Seppo, 2018, Biochimica et biophysica acta: general subjects, 2019; 1863, 2, 481-490. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Transcriptional Profiling of Hypoxia-Regulated Non-coding RNAs in Human Primary Endothelial Cells
Moreau, Pierre R; Örd, Tiit; Downes, Nicholas L; Niskanen, Henri; Bouvy-Liivrand, Maria; Aavik, Einari; Ylä-Herttuala, Seppo; Kaikkonen, Minna U, 2018, Frontiers in cardiovascular medicine, 5, 159, 12. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Up-regulation of Mismatch Repair Pathway by Suicide Gene Therapy: Implications on the use of Temozolomide Treatment in Malignant Glioma
Samaranayake, Haritha Dhammika; Olsson, Venla; Kurkipuro, Jere Tuomas; Määttä, Ann-Marie; Stedt, Hanna; Kärkkäinen, Hanna-Riikka; Kaikkonen, Minna U; Taavitsainen, Miia; Vuorio, Taina; Parker, Nigel; Ylä-Herttuala, Seppo, 2018, Journal of cancer science & therapy, 10, 8, 214-222. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Analysis of primary microRNA loci from nascent transcriptomes reveals regulatory domains governed by chromatin architecture
Bouvy-Liivrand Maria, Hernández de Sande Ana, Pölönen Petri, Mehtonen Juha, Vuorenmaa Tapio, Niskanen Henri, Sinkkonen Lasse, Unelma Kaikkonen Minna, Heinäniemi Merja, 2017, Nucleic acids research, 45, 17, 9837-9849. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Endothelial cell differentiation is encompassed by changes in long range interactions between inactive chromatin regions
Niskanen, Henri; Tuszynska, Irina; Zaborowski, Rafal; Heinäniemi, Merja; Ylä-Herttuala, Seppo; Wilczynski, Bartek; Kaikkonen, Minna U, 2017, Nucleic acids research, 2018; 46, 4, 1724-1740. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Genome-Wide Dynamics of Nascent Noncoding RNA Transcription in Porcine Heart After Myocardial Infarction
Kaikkonen Minna U, Halonen Paavo, Liu Oscar Hsin-Fu, Turunen Tiia A, Pajula Juho, Moreau Pierre, Selvarajan Ilakya, Tuomainen Tomi, Aavik Einari, Tavi Pasi, Ylä-Herttuala Seppo, 2017, Circulation: cardiovascular genetics, 10, 3, e001702. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Identification and characterization of a FOXA2-regulated transcriptional enhancer at a type 2 diabetes intronic locus that controls GCKR expression in liver cells
López Rodríguez M, Kaminska D, Lappalainen K, Pihlajamäki J, Kaikkonen MU, Laakso M, 2017, Genome medicine, 9, 63. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
NRF2 regulates endothelial glycolysis and proliferation with miR-93 and mediates the effects of oxidized phospholipids on endothelial activation
Kuosmanen SM, Kansanen E, Kaikkonen MU, Sihvola V, Pulkkinen K, Jyrkkänen H-K, Tuoresmäki P, Hartikainen J, Hippeläinen M, Kokko H, Tavi P, Heikkinen S, Levonen A-M, 2017, Nucleic acids research, 2018; 46, 3, 1124-1138. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
SREBP1 Contributes to Resolution of Pro-inflammatory TLR4 Signaling by Reprogramming Fatty Acid Metabolism
Oishi Y, Spann NJ, Link VM, Muse ED, Strid T, Edillor C, Kolar MJ, Matsuzaka T, Hayakawa S, Tao J, Kaikkonen MU, Carlin AF, Lam MT, Manabe I, Shimano H, Saghatelian A, Glass CK, 2017, Cell metabolism, 25, 2, 412-427. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Snake venom VEGF Vammin induces a highly efficient angiogenic response in skeletal muscle via VEGFR-2/NRP specific signaling
Toivanen Pyry I, Nieminen Tiina, Laakkonen Johanna P, Heikura Tommi, Kaikkonen Minna U, Ylä-Herttuala Seppo, 2017, Scientific reports, 7, 5525. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Crosstalk between androgen and pro-inflammatory signaling remodels androgen receptor and NF-kB cistrome to reprogram the prostate cancer cell transcriptome
Malinen Marjo, Niskanen Einari A, Kaikkonen Minna U, Palvimo Jorma J, 2016, Nucleic acids research, 45, 2, 619-630. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Differential regulation of angiogenic cellular processes and claudin-5 by histamine and VEGF via PI3K-signaling, transcription factor SNAI2 and interleukin-8
Laakkonen Johanna P, Lappalainen Jari P, Theelen Thomas L, Toivanen Pyry I, Nieminen Tiina, Jauhiainen Suvi,Kaikkonen Minna U, Sluimer Judith C, Ylä-Herttuala Seppo, 2016, Angiogenesis, [Epub ahead of print 21 Nov 2016], 1-16. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Global analysis of transcription in castration-resistant prostate cancer cells uncovers active enhancers and direct androgen receptor targets
Toropainen Sari, Niskanen Einari A, Malinen Marjo, Sutinen Päivi, Kaikkonen Minna U, Palvimo Jorma J, 2016, Scientific reports, 6, 33510. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Polycomb Repressive Complex 2 Enacts Wnt Signaling in Intestinal Homeostasis and Contributes to the Instigation of Stemness in Diseases Entailing Epithelial Hyperplasia or Neoplasia
Oittinen M, Popp A, Kurppa K, Lindfors K, Mäki M, Kaikkonen MU, Viiri K, 2016, Stem cells, 2017; 35, 2, 445-457. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Transcription-coupled genetic instability marks acute lymphoblastic leukemia structural variation hotspots
Heinäniemi Merja, Vuorenmaa Tapio, Teppo Susanna, Kaikkonen Minna U, Bouvy-Liivrand Maria, Mehtonen Juha, Niskanen Henri, Zachariadis Vasilios, Laukkanen Saara, Liuksiala Thomas, Teittinen Kaisa, Lohi Olli, 2016, eLife, 5, e13087. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Differential Promoter Methylation of Macrophage Genes Is Associated With Impaired Vascular Growth in Ischemic Muscles of Hyperlipidemic and Type 2 Diabetic Mice: Genome-Wide Promoter Methylation Study
Babu Mohan, Durga Devi Thota, Mäkinen Petri, Kaikkonen Minna, Lesch Hanna P, Junttila Sini, Laiho Asta, Ghimire Bishwa, Gyenesei Attila, Ylä-Herttuala Seppo, 2015, Circulation research, 117, 289-299. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Global SUMOylation on active chromatin is an acute heat stress response restricting transcription
Niskanen Einari A, Malinen Marjo, Sutinen Päivi, Toropainen Sari, Paakinaho Ville, Vihervaara Anniina, Joutsen Jenny, Kaikkonen Minna U, Sistonen Lea, Palvimo Jorma J, 2015, Genome biology, 16, 153. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Quantification of nascent transcription by bromouridine immunocapture nuclear run-on RT-qPCR
Roberts Thomas C, Hart Jonathan R, Kaikkonen Minna U, Weinberg Marc S, Vogt Peter K, Morris Kevin V, 2015, Nature protocols, 10, 8, 1198-1211. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Slit2 modifies VEGF-induced angiogenic responses in rabbit skeletal muscle via reduced eNOS activity
Nieminen Tiina, Toivanen Pyry I, Laakkonen Johanna P, Heikura Tommi, Kaikkonen Minna U, Airenne Kari J, Ylä-Herttuala Seppo, 2015, Cardiovascular research, 107, 2, 267-276. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Transcription factor Nr4a1 couples sympathetic and inflammatory cues in CNS-recruited macrophages to limit neuroinflammation
Shaked Iftach, Hanna Richard N, Shaked Helena, Chodaczek Grzegorz, Nowyhed Heba N, Tweet George, Tacke Robert, Basat Alp Bugra, Mikulski Zbigniew, Togher Susan, Miller Jacqueline, Blatchley Amy, Salek-Ardakani Shahram, Darvas Martin, Kaikkonen Minna U, Thomas Graham D, Lai-Wing-Sun Sonia, Rezk Ayman, Bar-Or Amit, Glass Christopher K, Bandukwala Hozefa, Hedrick Catherine C, 2015, Nature immunology, 16, 12, 1228-1234. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Clonal variation in interferon response determines the outcome of oncolytic virotherapy in mouse CT26 colon carcinoma model
Ruotsalainen JJ, Kaikkonen MU, Niittykoski M, Martikainen MW, Lemay CG, Cox J, De Silva NS, Kus A, Falls TJ, Diallo JS, Le Boeuf F, Bell JC, Ylä-Herttuala S, Hinkkanen AE, Vähä-Koskela MJ, 2014, Gene therapy, 2014 Sep 18. [Epub ahead of print]. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Control of VEGF-A transcriptional programs by pausing and genomic compartmentalization
Kaikkonen MU, Niskanen H, Romanoski CE, Kansanen E, Kivelä AM, Laitalainen J, Heinz S, Benner C, Glass CK, Ylä-Herttuala S, 2014, Nucleic acids research, 42, 20, 12570-84. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Does mass balance between sense and antisense transcripts fine-tune the outcome of gene expression?
Ylä-Herttuala Seppo, Kaikkonen Minna, 2014, Embo reports, 2014 Feb;15(2), 125-126. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
25-hydroxycholesterol activates the integrated stress response to reprogram transcription and translation in macrophages
Shibata N, Carlin AF, Spann NJ, Saijo K, Morello CS, McDonald JG, Romanoski CE, Maurya MR, Kaikkonen MU, Lam MT, Crotti A, Reichart D, Fox JN, Quehenberger O, Raetz CR, Sullards MC, Murphy RC, Merrill AH Jr, Brown HA, Dennis EA, Fahy E, Subramaniam S, Cavener DR, Spector DH, Russell DW, Glass CK, 2013, Journal of biological chemistry, 2013 Dec 13;288(50), 35812-23. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Biodistribution and antitumor effect of Cetuximab-targeted lentivirus
Huhtala Tuulia, Kaikkonen Minna U, Lesch Hanna P, Viitala Sari, Ylä-Herttuala Seppo, Närvänen Ale, 2013, Nuclear medicine and biology, 2014:41, 77-83. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Effect of natural genetic variation on enhancer selection and function
Heinz S, Romanoski CE, Benner C, Allison KA, Kaikkonen MU, Orozco LD, Glass CK, 2013, Nature, 2013 Oct 13. [Epub ahead of print]. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
NCoR Repression of LXRs Restricts Macrophage Biosynthesis of Insulin-Sensitizing Omega 3 Fatty Acids
Li P, Spann NJ, Kaikkonen MU, Lu M, Oh da Y, Fox JN, Bandyopadhyay G, Talukdar S, Xu J, Lagakos WS, Patsouris D, Armando A, Quehenberger O, Dennis EA, Watkins SM, Auwerx J, Glass CK, Olefsky JM, 2013, Cell, 2013 Sep 26;155(1), 200-14. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Remodeling of the enhancer landscape during macrophage activation is coupled to enhancer transcription
Kaikkonen MU, Spann NJ, Heinz S, Romanoski CE, Allison KA, Stender JD, Chun HB, Tough DF, Prinjha RK, Benner C, Glass CK, 2013, Molecular cell, Volume 51, Issue 3, 310-325. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Rev-Erbs repress macrophage gene expression by inhibiting enhancer-directed transcription
Lam MT, Cho H, Lesch HP, Gosselin D, Heinz S, Tanaka-Oishi Y, Benner C, Kaikkonen MU, Kim AS, Kosaka M, Lee CY, Watt A, Grossman TR, Rosenfeld MG, Evans RM, Glass CK, 2013, Nature, 2013 Jun 27;498(7455), 511-5. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Vespucci: a system for building annotated databases of nascent transcripts
Allison KA, Kaikkonen MU, Gaasterland T, Glass CK, 2013, Nucleic acids research, 2013 Dec 4. [Epub ahead of print]. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Baculovirus-mediated vascular endothelial growth factor-D∆ N∆ C gene transfer induces angiogenesis in rabbit skeletal muscle
Heikura T, Nieminen T, Roschier MM, Karvinen H, Kaikkonen MU, Mähönen AJ, Lesch HP, Rissanen TT, Laitinen OH, Airenne KJ, Ylä-Herttuala S., 2012, Journal of gene medicine, 14, 1, 35-43. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Control of Proinflammatory Gene Programs by Regulated Trimethylation and Demethylation of Histone H4K2
Stender JD, Pascual G, Liu W, Kaikkonen MU, Do K, Spann NJ, Boutros M, Perrimon N, Rosenfeld MG, Glass CK, 2012, Molecular cell, 48, 1, 28-38. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Distribution and dynamics of transcription-associated proteins during parvovirus infection
Ihalainen TO, Willman SF, Niskanen EA, Paloheimo O, Smolander H, Laurila JP, Kaikkonen MU, Vihinen-Ranta M., 2012, Journal of virology, 2012 Oct 3. [Epub ahead of print]. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
In vitro targeting of avidin-expressing glioma cells with biotinylated persistent luminescence nanoparticles
Maldiney T, Kaikkonen MU, Seguin J, le Masne de Chermont Q, Bessodes M, Airenne KJ, Ylä-Herttuala S, Scherman D, Richard C, 2012, Bioconjugate chemistry, 2012 Mar 21;23(3), 472-8. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Oxidative stress-regulated lentiviral TK/GCV gene therapy for lung cancer treatment
Leinonen HM, Ruotsalainen AK, Määttä AM, Laitinen HM, Kuosmanen SM, Kansanen E, Pikkarainen JT, Lappalainen JP, Samaranayake H, Lesch HP, Kaikkonen MU, Ylä-Herttuala S, Levonen AL, 2012, Cancer research, 2012 Oct 9. [Epub ahead of print]. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Targeted delivery via avidin fusion protein: Intracellular fate of biotinylated doxorubicin derivative and cellular uptake kinetics and biodistribution of biotinylated liposomes
Soininen Suvi K, Lehtolainen-Dalkilic Pauliina, Karppinen Tanja, Puustinen Tiina, Dragneva Galina, Kaikkonen Minna U, Jauhiainen Marjo, Allart Brigitte, Selwood David L, Wirth Thomas, Lesch Hanna P, Määttä Ann-Marie, Mönkkönen Jukka, Ylä-Herttuala Seppo, Ruponen Marika, 2012, European journal of pharmaceutical sciences, 47, 848-856. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
How to avoid complement attack in baculovirus-mediated gene delivery
Kaikkonen Minna U, Ylä-Herttuala Seppo, Airenne Kari J, 2011, Journal of invertebrate pathology, 107, S71-S79. A2 Katsausartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Non-coding RNAs as regulators of gene expression and epigenetics
Kaikkonen Minna U, Lam Michael TY, Glass Christopher K, 2011, Cardiovascular research, 90, 430-440. A2 Katsausartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
(Strept)avidin-displaying lentiviruses as versatile tools for targeting and dual imaging of gene delivery
Kaikkonen MU, Lesch HP, Pikkarainen J, Räty JK, Vuorio T, Huhtala T, Taavitsainen M, Laitinen T, Tuunanen P, Gröhn O, Närvänen A, Airenne KJ, Ylä-Herttuala S, 2009, Gene therapy, 16, 894-904. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Avidin fusion protein-expressing lentiviral vector for targeted drug delivery
Lesch HP, Pikkarainen JT, Kaikkonen MU, Taavitsainen M, Samaranayake H, Lehtolainen-Dalkilic P, Vuorio T, Määttä A-M, Wirth T, Airenne KJ, Ylä-Herttuala S, 2009, Human gene therapy, 20, 871-882. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Baculovirus-mediated immediate-early gene expression and nuclear reorganization in human cells
Laakkonen JP, Kaikkonen MU, Ronkainen PHA, Ihalainen TO, Niskanen EA, Häkkinen M, Salminen M, Kulomaa MS, Ylä-Herttuala S, Airenne KJ, Vihinen-Ranta M, 2008, Cellular microbiology, 10, 3, 667-681. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Engineering Baculo- and Lentiviral Vectors for Enhanced and Targeted Gene Delivery
Kaikkonen M, 2008, Kuopion yliopiston julkaisuja G.- A.I. Virtanen -instituutti. G5 Artikkeliväitöskirja -
Targeting and purification of metabolically biotinylated baculovirus
Kaikkonen MU, Viholainen JI, Närvänen A, Ylä-Herttuala S, Airenne KJ, 2008, Human gene therapy, 19, 6, 589-600. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Non-invasive imaging in gene therapy
Räty JK, Liimatainen T, Kaikkonen MU, Gröhn O, Airenne KJ, Ylä-Herttuala S, 2007, Molecular therapy, 15, 9, 1579-1586. A2 Katsausartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Post-transcriptional regulatory element boosts baculovirus-mediated gene expression in vertebrate cells
Mähönen AJ, Airenne KJ, Purola S, Peltomaa E, Kaikkonen MU, Riekkinen MS, Heikura T, Kinnunen K, Roschier MM, Wirth T, Ylä-Herttuala S, 2007, Journal of biotechnology, 131, 1, 1-8. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
SPECT/CT imaging of baculovirus biodistribution in rat
Räty JK, Liimatainen T, Huhtala T, Kaikkonen MU, Airenne KJ, Hakumäki JM, Närvänen A, Ylä-Herttuala S, 2007, Gene therapy, 14, 930-938. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Truncated vesicular stomatitis virus G protein improves baculovirus transduction efficiency in vitro and in vivo
Kaikkonen MU, Räty JK, Airenne KJ, Wirth T, Heikura T, Ylä-Herttuala S, 2006, Gene therapy, 13, 304-312. A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä