Pantsar dynamics
Johtajat
Pantsar dynamics -tutkimusryhmä on kiinnostunut farmaseuttisesti relevanttien proteiinien (eli potentiaalisten lääkeainekohteiden) ja pienimolekyylisten lääkeaineiden dynaamisista vuorovaikutuksista. Tutkimme sekä proteiinien että proteiini–lääkeaineiden välisiä vuorovaikutuksia.
Tutkimme myös aktiivisesti vesimolekyylien roolia liittyen näihin vuorovaikutuksiin ja kuinka vesimolekyylejä voisi hyödyntää lääkeainekehityksessä.
Tutkimuksessamme hyödynnämme molekyylidynamiikkasimulaatioita ja muita tietokoneavusteisen lääkeainesuunnittelun menetelmiä, joiden avulla saamme parempaa ymmärrystä näistä vuorovaikutuksista yksityiskohtaisesti aivan atomien tasolla.
Tärkeimmät tutkimuskohteemme ovat:
- Ras GTPaasi -proteiinit
- Proteiinikinaasit
Molemmat näistä proteiiniperheistä ovat avainasemassa monimutkaisissa solujen sisäisissä signalointijärjestelmissä. Nämä proteiinit ovat erittäin lupaavia lääkeainekohteita useissa eri sairauksissa, kuten esimerkiksi erilaisissa syöpäsairauksissa. Molempiin näistä tutkimuskohteistamme on jo myös olemassa tällä hetkellä kliiniseen käyttöön hyväksyttyjä lääkeaineita.
Ajankohtaista
-
Pantsar dynamics yhteistyöhön Cumulus Oncologyn kanssa syöpälääkekehityksessäPantsar dynamics yhteistyöhön Cumulus Oncologyn kanssa syöpälääkekehityksessä
Yhteistyö
Johtajat
Väitöskirjatutkijat
Julkaisut
7 kappaletta-
In Silico Evaluation of the Thr58-Associated Conserved Water with KRAS Switch-II Pocket Binders
Leini, Renne; Pantsar, Tatu. 2023. Journal of chemical information and modeling. 63: 1490-1505 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Decisive role of water and protein dynamics in residence time of p38α MAP kinase inhibitors
Pantsar, Tatu; Kaiser, Philipp D; Kudolo, Mark; Forster, Michael; Rothbauer, Ulrich; Laufer, Stefan A. 2022. Nature communications. 13: . 569 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Regulatory spine RS3 residue of protein kinases: a lipophilic bystander or a decisive element in the small-molecule kinase inhibitor binding?
Shevchenko, Ekaterina; Pantsar, Tatu. 2022. Biochemical society transactions. 50: 633-648 A2 Katsausartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Addressing a Trapped High-Energy Water: Design and Synthesis of Highly Potent Pyrimidoindole-Based Glycogen Synthase Kinase-3ß Inhibitors
Andreev, Stanislav; Pantsar, Tatu; Tesch, Roberta; Kahlke, Niclas; El-Gokha, Ahmed; Ansideri, Francesco; Grätz, Lukas; Romasco, Jenny; Sita, Giulia; Geibel, Christian; Lämmerhofer, Michael; Tarozzi, Andrea; Knapp, Stefan; Laufer, Stefan A.; Koch, Pierre. 2021. Journal of medicinal chemistry. 2022; 65: 1283-1301 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
KRAS(G12C)-AMG 510 interaction dynamics revealed by all-atom molecular dynamics simulations
Pantsar, Tatu. 2020. Scientific reports. 10: 11992 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
The current understanding of KRAS protein structure and dynamics
Pantsar, Tatu. 2019. Computational and Structural Biotechnology Journal. 2020; 18: 189-198 A2 Katsausartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Assessment of mutation probabilities of KRAS G12 missense mutants and their long-timescale dynamics by atomistic molecular simulations and Markov state modeling
Pantsar, Tatu; Rissanen, Sami; Dauch, Daniel; Laitinen, Tuomo; Vattulainen, Ilpo; Poso, Antti. 2018. PLoS computational biology. 14: e1006458 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä