Syövän stressivasteiden biologia
Johtajat
Selvitämme niitä molekyyli-, solu- ja kudostason mekanismeja, jotka aikaansaavat syöpäsolujen kohonneen sietokyvyn stressiä kohtaan. Tutkimme mm. molekyylireittejä, jotka johtavat syöpä- ja hermosolujen erilaistiin kykyihin käsitellä proteiini- ja RNA-kertymiä, sekä syövän kykyä muodostaa vastustuskyky lääkeaineille. Tutkimme myös syövän kasvutapoja kudoksessa ja yhdistämme tätä tietoa syöpäsolujen molekyylitietoihin ymmärtääksemme paremmin niitä mekanismeja, joiden avulla syöpäsolut selviävät monenlaisten stressien ristipaineessa. Kudosbiologian yhteistyöprojekteissamme etsimme parempia tapoja kuvantaa, visualisoida ja analysoida kvantitatiivisesti histologiaa digitaalisen patologian, koneoppimisen ja tekoälyn keinoin. Tutkimuksemme tähtää parempien diagnostisten työkalujen ja uusien syöpähoitojen kehittämiseen.
Johtajat
Tutkijatohtorit
Väitöskirjatutkijat
-
Sonja Koivukoski
Vieraileva tutkijaBiolääketieteen yksikkö, Lääketieteen laitos, Terveystieteiden tiedekunta -
Nithin Sadeesh
ProjektitutkijaTeknillisen fysiikan laitos, Luonnontieteiden, metsätieteiden ja tekniikan tiedekunta
Teknikot
Muut ryhmän jäsenet
-
Nikolas Nurmesviita
-
Miia Romo
-
Elina Kallio
-
Siiri Sirviö
-
Jenni Ruokolainen
Julkaisut
22 kappaletta-
Unstained Tissue Imaging and Virtual Hematoxylin and Eosin Staining of Histologic Whole Slide Images
Koivukoski, Sonja; Khan, Umair; Ruusuvuori, Pekka; Latonen, Leena. 2023. Laboratory investigation. 103: -
Chemical Interrogation of Nuclear Size Identifies Compounds with Cancer Cell Line-Specific Effects on Migration and Invasion
Tollis, Sylvain; Rizzotto, Andrea; Pham, Nhan T; Koivukoski, Sonja; Sivakumar, Aishwarya; Shave, Steven; Wildenhain, Jan; Zuleger, Nikolaj; Keys, Jeremy T; Culley, Jayne; Zheng, Yijing; Lammerding, Jan; Carragher, Neil O; Brunton, Valerie G; Latonen, Leena; Auer, Manfred; Tyers, Mike; Schirmer, Eric C. 2022. Acs chemical biology. 17: 680-700 -
Nonmalignant AR-positive prostate epithelial cells and cancer cells respond differently to androgen
Kukkonen, Konsta; Autio-Kimura, Bryn; Rauhala, Hanna; Kesseli, Juha; Nykter, Matti; Latonen, Leena; Visakorpi, Tapio. 2022. Endocrine-related cancer. 29: 717–733 -
Nuclear Organization in Response to Stress: A Special Focus on Nucleoli
Batnasan, Enkhzaya; Koivukoski, Sonja; Kärkkäinen, Minttu; Latonen, Leena. Teoksessa: Kloc, Malgorzat ; Kubiak, Jacek Z(toim.) , 2022. Nuclear, Chromosomal, and Genomic Architecture in Biology and Medicine. s. 469-494. Springer -
Nuclear size rectification: A potential new therapeutic approach to reduce metastasis in cancer
Schirmer, Eric C; Latonen, Leena; Tollis, Sylvain. 2022. Frontiers in cell and developmental biology. 10: . 1022723 -
Spatial analysis of histology in 3D: quantification and visualization of organ and tumor level tissue environment
Ruusuvuori, Pekka; Valkonen, Masi; Kartasalo, Kimmo; Valkonen, Mira; Visakorpi, Tapio; Nykter, Matti; Latonen, Leena. 2022. Heliyon. 8: -
miR-32 promotes MYC-driven prostate cancer
Scaravilli, Mauro; Koivukoski, Sonja; Gillen, Andrew; Bouazza, Aya; Ruusuvuori, Pekka; Visakorpi, Tapio; Latonen, Leena. 2022. Oncogenesis. 11: . 11 -
A systematic comparison of data- and knowledge-driven approaches to disease subtype discovery
Rintala, TJ; Federico, A; Latonen, L; Greco, D; Fortino, V. 2021. Briefings in bioinformatics. 22: bbab314 -
Androgen-Driven Fusion Genes and Chimeric Transcripts in Prostate Cancer
Scaravilli, Mauro; Koivukoski, Sonja; Latonen, Leena. 2021. Frontiers in cell and developmental biology. 9: 623809 -
Building a central repository landmarks a new era for artificial intelligence - assisted digital pathology development in Europe
Latonen, Leena; Ruusuvuori, Pekka. 2021. European journal of cancer. 150: 31-32