Syövän stressivasteiden biologia
Tutkimusryhmä
Selvitämme niitä molekyyli-, solu- ja kudostason mekanismeja, jotka aikaansaavat syöpäsolujen kohonneen sietokyvyn stressiä kohtaan. Tutkimme mm. molekyylireittejä, jotka johtavat syöpä- ja hermosolujen erilaistiin kykyihin käsitellä proteiini- ja RNA-kertymiä, sekä syövän kykyä muodostaa vastustuskyky lääkeaineille. Tutkimme myös syövän kasvutapoja kudoksessa ja yhdistämme tätä tietoa syöpäsolujen molekyylitietoihin ymmärtääksemme paremmin niitä mekanismeja, joiden avulla syöpäsolut selviävät monenlaisten stressien ristipaineessa. Kudosbiologian yhteistyöprojekteissamme etsimme parempia tapoja kuvantaa, visualisoida ja analysoida kvantitatiivisesti histologiaa digitaalisen patologian, koneoppimisen ja tekoälyn keinoin. Tutkimuksemme tähtää parempien diagnostisten työkalujen ja uusien syöpähoitojen kehittämiseen.
Ryhmän sivut
Ryhmän jäsenet - UEF
-
Leena Latonen Yliopistotutkija, Lääketieteen laitos, Biolääketiede -
Mauro Scaravilli Tutkijatohtori, Lääketieteen laitos, Biolääketiede -
Sonja Koivukoski Nuorempi tutkija, Lääketieteen laitos, Biolääketiede -
Taina Vihavainen Erikoislaboratoriomestari, Lääketieteen laitos, Biolääketiede -
Nithin Sadeesh Nuorempi tutkija, Lääketieteen laitos, Biolääketiede -
Enkhzaya Batnasan Tutkijatohtori, Lääketieteen laitos, Biolääketiede
Muut
Muut ryhmän jäsenet
-
Minttu Kärkkäinen
-
Nikolas Nurmesviita
-
Miia Romo
-
Erika Aikio
-
Ankur Gadgil, EMBO short term fellow
Julkaisut
-
Androgen-Driven Fusion Genes and Chimeric Transcripts in Prostate Cancer Scaravilli, Mauro; Koivukoski, Sonja; Latonen, Leena. 2021. Androgen-Driven Fusion Genes and Chimeric Transcripts in Prostate Cancer Frontiers in cell and developmental biology 9: 623809. 2021
-
Building a central repository landmarks a new era for artificial intelligence - assisted digital pathology development in Europe Latonen, Leena; Ruusuvuori, Pekka. 2021. Building a central repository landmarks a new era for artificial intelligence - assisted digital pathology development in Europe European journal of cancer 150: 31-32. 2021
-
Convolutional Neural Network-Based Artificial Intelligence for Classification of Protein Localization Patterns Liimatainen, Kaisa; Huttunen, Riku; Latonen, Leena; Ruusuvuori, Pekka. 2021. Convolutional Neural Network-Based Artificial Intelligence for Classification of Protein Localization Patterns Biomolecules 11 2: 264. 2021
-
Expression and ERG regulation of PIM kinases in prostate cancer Eerola, Sini K; Kohvakka, Annika; Tammela, Teuvo LJ; Koskinen, Päivi J; Latonen, Leena; Visakorpi, Tapio. 2021. Expression and ERG regulation of PIM kinases in prostate cancer Cancer medicine 10 10: 3427-3436. 2021
-
ANHIR: Automatic Non-Rigid Histological Image Registration Challenge Borovec, Jiri; Kybic, Jan; Arganda-Carreras, Ignacio; Sorokin, Dmitry V; Bueno, Gloria; Khvostikov, Alexander V; Bakas, Spyridon; Chang, Eric I-Chao; Heidmann, Stefan; Kartasalo, Kimmo; Latonen, Leena; Lotz, Johannes; Noga, Michelle; Pati, Sarthak; Punithakumar, Kumaradevan; Ruusuvuori, Pekka; Skalski, Andrzej; Tahmasebi, Nazanin; Valkonen, Masi; Venet, Ludovic et al.. 2020. ANHIR: Automatic Non-Rigid Histological Image Registration Challenge IEEE transactions on medical imaging 39 10: 3042-3052. 2020
-
AR and ERG drive the expression of prostate cancer specific long noncoding RNAs Kohvakka, Annika; Sattari, Mina; Shcherban, Anastasia; Annala, Matti; Urbanucci, Alfonso; Kesseli, Juha; Tammela, Teuvo L J; Kivinummi, Kati; Latonen, Leena; Nykter, Matti; Visakorpi, Tapio. 2020. AR and ERG drive the expression of prostate cancer specific long noncoding RNAs Oncogene 39 30: 5241-5251. 2020
-
Integrative proteomics of prostate cancer Scaravilli, M; Afyounian, E; Nykter, M; Visakorpi, T; Latonen, L. 2020. Integrative proteomics of prostate cancer Current opinion in endocrine and metabolic research 10: 43-49. 2020
-
3D-Printed Whole Prostate Models with Tumor Hotspots Using Dual-Extruder Printer 3D-Printed Whole Prostate Models with Tumor Hotspots Using Dual-Extruder Printer. Liimatainen, Kaisa; Latonen, Leena; Kartasalo, Kimmo; Ruusuvuori, Pekka / 2019 41st Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC). 2019. 2019
-
Iterative unsupervised domain adaptation for generalized cell detection from brightfield z-stacks Liimatainen, Kaisa; Kananen, Lauri; Latonen, Leena; Ruusuvuori, Pekka. 2019. Iterative unsupervised domain adaptation for generalized cell detection from brightfield z-stacks Bmc bioinformatics 20: 80. 2019
-
Phase-to-Phase With Nucleoli - Stress Responses, Protein Aggregation and Novel Roles of RNA Latonen, Leena. 2019. Phase-to-Phase With Nucleoli - Stress Responses, Protein Aggregation and Novel Roles of RNA Frontiers in cellular neuroscience 13: 151. 2019