Toimin akatemiatutkijana ja tutkimusryhmän johtajana Biolääketieteen yksikössä Itä-Suomen yliopistossa. Tutkimukseni keskittyy selvittämään kuinka tumansisäiset proteiinien vuorovaikutukset muuttavat geenien säätelyä eturauhassyövässä, ja miten nämä muutokset johtavat lääkeresistenssin syövän kehittymiseen. Eturauhassyövän lisäksi, tutkin näiden proteiinien toimintaa, vuorovaikutuksia, ja muutoksia myös muissa tautitiloissa. Tarkempi kuvaus tutkimuksestani löytyy tutkimusryhmäni sivuilta (Paakinaho lab).
Akateemiset tutkinnot ja tehtävät
-
2021 Dosentti (molekulaarinen endokrinologia), Itä-Suomen yliopisto
2014 FT (lääketieteellinen biokemia), Itä-Suomen yliopisto
-
Nykyiset työtehtävät
2023 Yliopistotutkija (tenure track), Biolääketiede, Itä-Suomen yliopisto
2021 Akatemiatutkija, Biolääketiede, Itä-Suomen yliopisto
Edelliset työtehtävät
2019, Special Volunteer, Yhdysvaltain kansallinen syöpäinstituutti, NIH, Yhdysvallat
2018 – 2021, Tutkijatohtori (Suomen Akatemia), Biolääketiede, Itä-Suomen yliopisto
2015 – 2017, Tutkijatohtori, Yhdysvaltain kansallinen syöpäinstituutti, NIH, Yhdysvallat
2010 – 2014, Nuorempi tutkija, Biolääketiede, Itä-Suomen yliopisto
Opetus- ja luottamustehtävät
-
Nykyiset opetustehtävät
2023 lähtien
Kurssijärjestäjä: Cancer Journal Club, Tieteellinen jatkokoulutus, Itä-Suomen yliopisto
2018 lähtien
Vastuuopettaja: Genome-wide gene expression project (GEP), Master’s program in Biomedicine, Itä-Suomen yliopisto
Aiemmat opetustehtävät
2014
Luennoitsija: Johdatus bioinformatiikkaan (JOBI), Terveyden biotieteiden koulutusohjelma, Itä-Suomen yliopisto
Laboratorioharjoitusten ohjaaja: Advanced laboratory works in molecular biology (ALMB), Terveyden biotieteiden koulutusohjelma, Itä-Suomen yliopisto
2013
Laboratorioharjoitusten ohjaaja: Molekyylibiologian laboratoriotyöt biokemisteille (BIK390), Biotieteiden koulutusohjelma, Itä-Suomen yliopisto
Laboratorioharjoitusten ohjaaja: Lääketieteellinen biokemia 2 (LBK2), Lääketieteen koulutusohjelma, Itä-Suomen yliopisto
2012
Laboratorioharjoitusten ohjaaja: Molekyylibiologian laboratoriotyöt biokemisteille (BIK390), Biotieteiden koulutusohjelma, Itä-Suomen yliopisto
2011
Laboratorioharjoitusten ohjaaja: Lääketieteellinen biokemia 2 (LBK2), Lääketieteen koulutusohjelma, Itä-Suomen yliopisto
-
2023 lähtien
Ohjausryhmän jäsen, Monitieteinen syöpätutkimus (CANCER) -tutkimusyhteisö, Itä-Suomen yliopisto
2022 lähtien
Hallituksen jäsen, Suomen endokrinologiyhdistys ry
Kunnianosoitukset
-
2022, Unto Uotila palkinto, Suomen Endokrinologiyhdistys, Suomi
2019, The Endocrine Society Outstanding Abstract Award, Endocrine Society, Yhdysvallat
2017, The Fellows Award for Research Excellence (FARE), NIH, Yhdysvallat
2015, Nuoren tutkijan palkinto, UEF, Suomi
Linkkejä
Julkaisut
11 kappaletta-
Fanconi anemia pathway regulation by FANCI in prostate cancer
Kaljunen, Heidi; Taavitsainen, Sinja; Kaarijärvi, Roosa; Takala, Eerika; Paakinaho, Ville; Nykter, Matti; Bova, G Steven; Ketola, Kirsi. 2023. Frontiers in oncology. 13: . 1260826 -
An intrinsically disordered region-mediated confinement state contributes to the dynamics and function of transcription factors
Garcia, David A; Johnson, Thomas A; Presman, Diego M; Fettweis, Gregory; Wagh, Kaustubh; Rinaldi, Lorenzo; Stavreva, Diana A; Paakinaho, Ville; Jensen, Rikke AM; Mandrup, Susanne; Upadhyaya, Arpita; Hager, Gordon L. 2021. Molecular cell. 81: 1484-1498 -
Chromatin-directed proteomics-identified network of endogenous androgen receptor in prostate cancer cells
Launonen, Kaisa-Mari; Paakinaho, Ville; Sigismondo, Gianluca; Malinen, Marjo; Sironen, Reijo; Hartikainen, Jaana M; Laakso, Hanna; Visakorpi, Tapio; Krijgsveld, Jeroen; Niskanen, Einari A; Palvimo, Jorma J. 2021. Oncogene. 40: 4567-4579 -
Combined glucocorticoid resistance and hyperlactatemia contributes to lethal shock in sepsis
Vandewalle, Jolien; Timmermans, Steven; Paakinaho, Ville; Vancraeynest, Lies; Dewyse, Liza; Vanderhaeghen, Tineke; Wallaeys, Charlotte; Van Wyngene, Lise; Van Looveren, Kelly; Nuyttens, Louise; Eggermont, Melanie; Dewaele, Sylviane; Velho, Tiago R; Moita, Luis F; Weis, Sebastian; Sponholz, Christoph; van Grunsven, Leo A; Dewerchin, Mieke; Carmeliet, Peter; De Bosscher, Karolien; et al.; [incl. Palvimo, Jorma]. 2021. Cell metabolism. 33: 1763-1776.e5 -
Genome-wide binding potential and regulatory activity of the glucocorticoid receptor's monomeric and dimeric forms
Johnson, Thomas A; Paakinaho, Ville; Kim, Sohyoung; Hager, Gordon L; Presman, Diego M. 2021. Nature communications. 12: 1987 -
Genome-wide crosstalk between steroid receptors in breast and prostate cancers
Paakinaho, Ville; Palvimo, Jorma J. 2021. Endocrine-related cancer. 28: R231-R250 -
Power-law behavior of transcription factor dynamics at the single-molecule level implies a continuum affinity model
Garcia, David A; Fettweis, Gregory; Presman, Diego M; Paakinaho, Ville; Jarzynski, Christopher; Upadhyaya, Arpita; Hager, Gordon L. 2021. Nucleic acids research. 49: 6605-6620 -
Reprogramming of glucocorticoid receptor function by hypoxia
Vanderhaeghen, Tineke; Timmermans, Steven; Watts, Deepika; Paakinaho, Ville; Eggermont, Melanie; Vandewalle, Jolien; Wallaeys, Charlotte; Van Wyngene, Lise; Van Looveren, Kelly; Nuyttens, Louise; Dewaele, Sylviane; Vanden Berghe, Joke; Lemeire, Kelly; De Backer, Joey; Dirkx, Laura; Vanden Berghe, Wim; Caljon, Guy; Ghesquière, Bart; De Bosscher, Karolien; Wielockx, Ben et al [incl. Palvimo, Jorma J]. 2021. Embo reports. 2022; 23: e53083 -
SUMOylation regulates the protein network and chromatin accessibility at glucocorticoid receptor-binding sites
Paakinaho, Ville; Lempiäinen, Joanna K; Sigismondo, Gianluca; Niskanen, Einari A; Malinen, Marjo; Jääskeläinen, Tiina; Varjosalo, Markku; Krijgsveld, Jeroen; Palvimo, Jorma J. 2021. Nucleic acids research. 49: 1951-1971 -
Glucocorticoid receptor quaternary structure drives chromatin occupancy and transcriptional outcome
Paakinaho, V; Johnson, TA; Presman, DM; Hager, GL. 2019. Genome research. 29: 1223-1234