
TANJA TARVAINEN
Professori
Laskennallisen kuvantamisen ja mallinnuksen professori
Professori Tanja Tarvaisen työryhmä tutkii ja kehittää laskennallisia menetelmiä optisiin ja ultraääntä hyödyntäviin inversio-ongelmiin kuten tomografinen kuvantaminen lähtökohtana Bayesilaset inversiolaskennan menetelmät. Tutkittavat tomografiset menetelmät sisältävät sekä valon käyttöön perustuvia menetelmiä kuten diffuusi optinen tomografia että kytketyn fysiikan kuvantamisen menetelmiä kuten fotoakustinen kuvantaminen. Näiden lisäksi työryhmässä kehitetään mallinnusta ja laskennallisia menetelmiä valon ja ultraäänen käyttäytymisen mallintamiseksi sekä kehitetään prototyyppi laitteistoja uusiin kuvantamismenetelmiin.
Yhteystiedot
Organisaatio
Luonnontieteiden ja metsätieteiden tiedekunta, Sovelletun fysiikan laitos
Sähköposti
tanja.tarvainen@uef.fi
Puhelin
040 355 2310
Avainsanat
Opetustehtävät
- Nykyinen opetus: Optimointi, Tieteellinen viestintä sovelletussa fysiikassa
- Aiempi opetus (luennot): Elementtimenetelmät, Mallinnus II
- Aiempi opetus (laskuharjoitukset): Tilastolliset inversio-ongelmat, Matemaattisen mallinnuksen peruskurssi, Elementtimenetelmät, Optimointi, Estimointiteoria, Mallinnus II, Fysiikan peruskurssi A, Fysiikan peruskurssi III
Yhteiskunnalliset tehtävät
- Tieteellisten seurojen johtoryhmien jäsenyydet: Suomen Inversioseura (2010-), Suomen Fyysikkoseura (2017-2020).
- Tieteellisten seurojen jäsenyydet: Society for Industrial and Applied Mathematics – SIAM, Suomen Fyysikkoseura, Suomen Inversioseura, Photonics Finland, Lääketieteellisen Fysiikan ja Tekniikan Yhdistys.
Tutkimusryhmät ja -projektit
- Laskennallisen fysiikan ja inversio-ongelmien tutkimusryhmä
- Biolääketieteellisen optisen kuvantamisen ja ultraäänitekniikan laboratorio (OPUS)
- Fotoniikan instituutti
- Vieraileva professori, Department of Computer Science, University College London, Iso-Britannia
- Yhteistyökumppani, CUQI – Computational Uncertainty Quantification for Inverse Problems, DTU Compute, Tanska
- Quantitative Tomography Using Coupled Physics of Waves (QUANTOM), ERC-CoG projekti
- Inversiomallinnuksen ja kuvantamisen huippuyksikkö
- PREIN – Fotoniikan tutkimuksen ja innovaatioiden lippulaiva
- Valoon perustuva nanoteranostiikka, RADDESS Akatemiaohjelma
- Kvantitatiivinen kuvantaminen valoa ja ääntä käyttäen, Jane ja Aatos Erkon säätiö
- ValoMC – Monte Carlo ohjelmisto ja MATLAB toolbox valonkuljetuksen simulointiin biologisessa kudoksessa
- Inversio-ongelmat
- Epävarmuuksien mallinnus
- Optinen tomografia
- Fotoakustinen tomografia
- Säteilynkuljetus
Julkaisut SoleCRIS-palvelussa
Tutkimusryhmät - UEF
Linkit
-
Twitter @tmtarvainen
-
LinkedIn Tanja Tarvainen
-
Research gate Tanja Tarvainen's lab
-
Orcid 0000-0002-7919-4033
-
Linkki Google Scholar - Tanja Tarvainen
-
Linkki Väitöskirja: Computational Method for Light Transport in Optical Tomography
Julkaisut
-
Mozumder, Meghdoot; Hauptmann, Andreas; Nissilä, Ilkka; Arridge, Simon R.; Tarvainen, Tanja. 2022. A model-based iterative learning approach for diffuse optical tomography IEEE transactions on medical imaging [Epub ahead of print 4 March 2021]: 1-11. 2022
-
Computationally efficient forward model for photoacoustic tomography. Sahlstrom, Teemu; Pulkkinen, Aki; Leskinen, Jarkko; Tarvainen, Tanja / Proc. SPIE, Opto-Acoustic Methods and Applications in Biophotonics V. 2021. 2021
-
Fourier transform provides computational advantages for time-domain diffuse optical tomography. Mozumder, Meghdoot; Tarvainen, Tanja / Proceedings of SPIE: Diffuse Optical Spectroscopy and Imaging VIII. 2021. 2021
-
Lunz, Sebastian; Hauptmann, Andreas; Tarvainen, Tanja; Schonlieb, Carola-Bibiane; Arridge, Simon. 2021. On Learned Operator Correction in Inverse Problems Siam journal on imaging sciences 14 1: 92-127. 2021
-
Perturbation Monte Carlo in Quantitative Photoacoustic Tomography. Pulkkinen, Aki; Leino, Aleksi; Lunttila, Tuomas; Mozumder, Mehghdoot; Tarvainen, Tanja / Proc. SPIE, Opto-Acoustic Methods and Applications in Biophotonics V. 2021. 2021
-
Sahlstrom, Teemu; Pulkkinen, Aki; Leskinen, Jarkko; Tarvainen, Tanja. 2021. Computationally Efficient Forward Operator for Photoacoustic Tomography Based on Coordinate Transformations IEEE transactions on ultrasonics ferroelectrics and frequency control 68 6: 2172-2182. 2021
-
Compensating modeling errors of diffusion approximation in quantitative photoacoustic tomography using a Bayesian approach. Hänninen, Niko; Pulkkinen, Aki; Leino, Aleksi; Tarvainen, Tanja / Proc. SPIE, Opto-Acoustic Methods and Applications in Biophotonics V. 2021. 2021
-
Mozumder, Meghdoot; Tarvainen, Tanja. 2020. Evaluation of temporal moments and Fourier transformed data in time-domain diffuse optical tomography Journal of the optical society of america a: optics image science and vision 37 12: 1845-1856. 2020
-
Sahlström, Teemu; Pulkkinen, Aki; Tick, Jenni; Leskinen, Jarkko; Tarvainen, Tanja. 2020. Modeling of Errors due to Uncertainties in Ultrasound Sensor Locations in Photoacoustic Tomography IEEE transactions on medical imaging 39 6: 2140-2150. 2020
-
Mozumder, Meghdoot; Tarvainen, Tanja. 2020. Time-domain diffuse optical tomography utilizing truncated Fourier series approximation Journal of the optical society of america a: optics image science and vision 37 2: 182-191. 2020