
TANJA TARVAINEN
Professori
Laskennallisen kuvantamisen ja mallinnuksen professori
Pofessori Tanja Tarvaisen työryhmä tutkii ja kehittää laskennallisia menetelmiä optisiin ja ultraääntä hyödyntäviin inversio-ongelmiin kuten tomografinen kuvantaminen lähtökohtana Bayesilaset inversiolaskennan menetelmät. Tutkittavat tomografiset menetelmät sisältävät sekä valon käyttöön perustuvia menetelmiä kuten diffuusi optinen tomografia että kytketyn fysiikan kuvantamisen menetelmiä kuten fotoakustinen kuvantaminen. Näiden lisäksi työryhmässä kehitetään mallinnusta ja laskennallisia menetelmiä valon ja ultraäänen käyttäytymisen mallintamiseksi sekä kehitetään prototyyppi laitteistoja uusiin kuvantamismenetelmiin.
Yhteystiedot
Organisaatio
Luonnontieteiden ja metsätieteiden tiedekunta, Sovelletun fysiikan laitos
Sähköposti
tanja.tarvainen@uef.fi
Puhelin
040 355 2310
Avainsanat
Opetustehtävät
- Nykyinen opetus: Optimointi, Tieteellinen viestintä sovelletussa fysiikassa
- Aiempi opetus (luennot): Elementtimenetelmät, Mallinnus II
- Aiempi opetus (laskuharjoitukset): Tilastolliset inversio-ongelmat, Matemaattisen mallinnuksen peruskurssi, Elementtimenetelmät, Optimointi, Estimointiteoria, Mallinnus II, Fysiikan peruskurssi A, Fysiikan peruskurssi III
Yhteiskunnalliset tehtävät
- Tieteellisten seurojen johtoryhmien jäsenyydet: Suomen Inversioseura (2010-), Suomen Fyysikkoseura (2017-2020).
- Tieteellisten seurojen jäsenyydet: Society for Industrial and Applied Mathematics – SIAM, SPIE. The International Society for Optics and Photonics, Suomen Fyysikkoseura, Suomen Inversioseura, Photonics Finland, Lääketieteellisen Fysiikan ja Tekniikan Yhdistys.
Tutkimusryhmät ja -projektit
- Laskennallisen fysiikan ja inversio-ongelmien tutkimusryhmä
- Biolääketieteellisen optisen kuvantamisen ja ultraäänitekniikan laboratorio (OPUS)
- ValoMC – Monte Carlo ohjelmisto ja MATLAB toolbox valon kuljetuksen simulointiin biologisessa kudoksessa
- Inversiomallinnuksen ja kuvantamisen huippuyksikkö
- PREIN – Fotoniikan tutkimuksen ja innovaatioiden lippulaiva
- Fotoniikan instituutti
- Inversio-ongelmat
- Epävarmuuksien mallinnus
- Optinen tomografia
- Fotoakustinen tomografia
- Säteilyn kuljetus
Julkaisut SoleCRIS-palvelussa
-
Twitter @tmtarvainen
-
LinkedIn Tanja Tarvainen
-
Research gate Tanja Tarvainen's lab
-
Orcid 0000-0002-7919-4033
-
Linkki Google Scholar - Tanja Tarvainen
-
Linkki Väitöskirja: Computational Method for Light Transport in Optical Tomography
Julkaisut
-
A truncated Fourier-transform based approach for time-domain diffuse optical tomography. Mozumder, Meghdoot; Tarvainen, Tanja / Proceedings Biophotonics Congress: Biomedical Optics 2020 (Translational, Microscopy, OCT, OTS, BRAIN). 2020. 2020
-
Leino, Aleksi; Lunttila, Tuomas; Mozumder, Meghdoot; Pulkkinen, Aki; Tarvainen, Tanja. 2020. Perturbation Monte Carlo Method for Quantitative Photoacoustic Tomography IEEE transactions on medical imaging 39 10: 2985-2995. 2020
-
Modelling of uncertainties in ultrasound sensor locations in photoacoustic tomography. Sahlström, Teemu; Pulkkinen, Aki; Tick, Jenni; Leskinen, Jarkko; Tarvainen, Tanja / Photons Plus Ultrasound: Imaging and Sensing 2020. 2020. 2020
-
Mozumder, Meghdoot; Tarvainen, Tanja. 2020. Evaluation of temporal moments and Fourier transformed data in time-domain diffuse optical tomography Journal of the optical society of america a: optics image science and vision 37 12: 1845-1856. 2020
-
Mozumder, Meghdoot; Tarvainen, Tanja. 2020. Time-domain diffuse optical tomography utilizing truncated Fourier series approximation Journal of the optical society of america a: optics image science and vision 37 2: 182-191. 2020
-
Sahlström, Teemu; Pulkkinen, Aki; Tick, Jenni; Leskinen, Jarkko; Tarvainen, Tanja. 2020. Modeling of Errors due to Uncertainties in Ultrasound Sensor Locations in Photoacoustic Tomography IEEE transactions on medical imaging [Epub ahead of print 13 Jan 2020]: 1-11. 2020
-
Xu, Wu jun; Leskinen, Jarkko; Tick, Jenni; Happonen, Emilia; Tarvainen, Tanja; Lehto, Vesa-Pekka. 2020. Black Mesoporous Silicon as a Contrast Agent for LED-Based 3D Photoacoustic Tomography Acs applied materials and interfaces 12 5: 5456-5461. 2020
-
Hänninen, Niko; Pulkkinen, Aki; Leino, Aleksi; Tarvainen, Tanja. 2020. Application of diffusion approximation in quantitative photoacoustic tomography in the presence of low-scattering regions Journal of quantitative spectroscopy and radiative transfer 250: 107065. 2020
-
Photoacoustic tomography setup using LED illumination. Leskinen, Jarkko; Pulkkinen, Aki; Tick, Jenni; Tarvainen, Tanja / Opto-Acoustic Methods and Applications in Biophotonics IV, 110770Q. 2019. 2019
-
Tick, Jenni; Pulkkinen, Aki; Tarvainen, Tanja. 2019. Modelling of errors due to speed of sound variations in photoacoustic tomography using a Bayesian framework Biomedical physics & engineering express 6 1: 015003. 2019