Niskanen Group: steroidireseptorien säätelymekanismit
*** työn alla ***
Synteettiset glukokortikoidit (GK) ovat voimakkaita tulehdusta ehkäiseviä lääkkeitä, joita käytetään laajasti tulehdussairauksien kuten astman ja nivelreuman hoidossa. GK:n pitkäaikaisella käytöllä on kuitenkin vakavia sivuvaikutuksia, jotka voivat johtaa esimerkiksi diabeteksen tai osteoporoosin kehittymiseen. GK:t toimivat aktivoimalla transkriptiotekijän, GK reseptorin, joka aktivoi ja vaimentaa geenien ilmentymistä. GK:n tulehdusta ehkäisevät vaikutukset johtuvat tulehdusgeenien vaimentamisesta, kun taas sivuvaikutukset metabolisten geenien aktivoinnista. Geenien aktivaatioon johtavat mekanismit tunnetaan melko hyvin, mutta vaimentamiseen johtavia ei juurikaan.
Tässä kohtaa me tulemme mukaan! Tehtävämme on ymmärtää GK-signaloinnin mekanismeja mallintamalla ja integroimalla omics-dataa.
Tässä kohtaa me tulemme mukaan! Tehtävämme on ymmärtää GK-signaloinnin mekanismeja mallintamalla ja integroimalla omics-dataa.
Avainsanat
androgeeni
androgeenireseptori
bioinformatiikka
geenien ilmentyminen
geenin säätely
glukokortikoidi
glukokortikoidireseptori
koregulaattorit
transkriptio
transkription repressio
transkription säätely
transkriptiotekijä
tulehdusvaste
Ryhmän jäsenet - UEF
-
Einari Niskanen Yliopistonlehtori, Lääketieteen laitos, Biolääketiede -
kseniia Bureiko Nuorempi tutkija, Lääketieteen laitos, Biolääketiede -
Bharadwaja Velidendla Nuorempi tutkija, Lääketieteen laitos, Biolääketiede
Johtaja(t)
Väitöskirjatutkijat
Yhteistyökumppanit
-
Professori
-
Akatemiatutkija
-
Professori, Biolääketiede
-
Akatemiatutkija
-
Yliopistotutkija, dosentti (syöpäbiologia)
-
Suomen Akatemian Tutkijatohtori
-
Academy Research Fellow, Assistant Professor of Health Bioinformatics (tenure track)
-
Yliopistonlehtori
-
Yliopistotutkija (Tenure Track)
Julkaisut
-
SUMOylation regulates the protein network and chromatin accessibility at glucocorticoid receptor-binding sites Paakinaho, Ville; Lempiäinen, Joanna K; Sigismondo, Gianluca; Niskanen, Einari A; Malinen, Marjo; Jääskeläinen, Tiina; Varjosalo, Markku; Krijgsveld, Jeroen; Palvimo, Jorma J. 2021. SUMOylation regulates the protein network and chromatin accessibility at glucocorticoid receptor-binding sites Nucleic acids research 49 4: 1951-1971. 2021
-
Stress-induced nuclear condensation of NELF drives transcriptional downregulation Rawat, Prashant; Boehning, Marc; Hummel, Barbara; Aprile-Garcia, Fernando; Pandit, Anwit S; Eisenhardt, Nathalie; Khavaran, Ashkan; Niskanen, Einari; Vos, Seychelle M; Palvimo, Jorma J; Pichler, Andrea; Cramer, Patrick; Sawarkar, Ritwick. 2021. Stress-induced nuclear condensation of NELF drives transcriptional downregulation Molecular cell 81 5: 1013-1026. 2021
-
BCOR-coupled H2A monoubiquitination represses a subset of androgen receptor target genes regulating prostate cancer proliferation Lempiäinen, JK; Manjur, ABMK; Malinen, M; Ketola, K; Niskanen, EA; Palvimo, JJ. 2020. BCOR-coupled H2A monoubiquitination represses a subset of androgen receptor target genes regulating prostate cancer proliferation Oncogene 39: 2391-2407. 2020
-
Histonien muokkaukset ja geenien säätely Sutinen, Siiri; Niskanen, Einari. 2020. Histonien muokkaukset ja geenien säätely SOLUBIOLOGI 1: 12-21. 2020
-
IRF2BP2 Modulates the Crosstalk between Glucocorticoid and TNF Signaling Kaiser Manjur, ABM; Lempiäinen, Joanna K; Malinen, Marjo; Palvimo, Jorma J; Niskanen, Einari A. 2019. IRF2BP2 Modulates the Crosstalk between Glucocorticoid and TNF Signaling Journal of steroid biochemistry and molecular biology 192: 105382. 2019
-
Lack of androgen receptor SUMOylation results in male infertility due to epididymal dysfunction Zhang, Fu-Ping; Malinen, Marjo; Mehmood, Arfa; Lehtiniemi, Tiina; Jääskeläinen, Tiina; Niskanen, Einari A; Korhonen, Hanna; Laiho, Asta; Elo, Laura L; Ohlsson, Claes; Kotaja, Noora; Poutanen, Matti; Sipilä, Petra; Palvimo, Jorma J. 2019. Lack of androgen receptor SUMOylation results in male infertility due to epididymal dysfunction Nature communications 10: 777. 2019
-
Agonist-specific Protein Interactomes of Glucocorticoid and Androgen Receptor as Revealed by Proximity Mapping Lempiäinen Joanna K, Niskanen Einari A, Vuoti Kaisa-Mari, Lampinen Riikka E, Göös Helka, Varjosalo Markku, Palvimo Jorma J. 2017. Agonist-specific Protein Interactomes of Glucocorticoid and Androgen Receptor as Revealed by Proximity Mapping. Molecular & Cellular Proteomics 16 8: 1462-1474. 2017
-
Chromatin SUMOylation in heat stress : to protect, pause and organise? Niskanen Einari A, Palvimo Jorma J. 2017. Chromatin SUMOylation in heat stress : to protect, pause and organise?. BIOESSAYS 39 6: 1600263. 2017
-
Crosstalk between androgen and pro-inflammatory signaling remodels androgen receptor and NF-kB cistrome to reprogram the prostate cancer cell transcriptome Malinen Marjo, Niskanen Einari A, Kaikkonen Minna U, Palvimo Jorma J. 2016. Crosstalk between androgen and pro-inflammatory signaling remodels androgen receptor and NF-kB cistrome to reprogram the prostate cancer cell transcriptome. NUCLEIC ACIDS RESEARCH 45 2: 619-630. 2016
-
Global analysis of transcription in castration-resistant prostate cancer cells uncovers active enhancers and direct androgen receptor targets Toropainen Sari, Niskanen Einari A, Malinen Marjo, Sutinen Päivi, Kaikkonen Minna U, Palvimo Jorma J. 2016. Global analysis of transcription in castration-resistant prostate cancer cells uncovers active enhancers and direct androgen receptor targets. Scientific Reports 6: 33510. 2016