Johtajat
Tutkimuksemme keskittyy selvittämään kuinka steroidireseptorit ja pioneeritekijät säätelevät transkriptiota sekä normaaleissa että tautitiloissa. Erityinen mielenkiinnon kohteemme on transkriptiotekijöiden ristiinkytkentä eturauhassyövässä; miten steroidireseptorit ja pioneeritekijät muuttavat toistensa toimintaa vaikuttaen syövän syntyyn, kehitykseen, ja lääkeresistenssiin. Steroidireseptoreista tutkimme pääasiassa glukokortikoidireseptori (GR) ja androgeenireseptori (AR), ja pioneeritekijöistä forkhead-transkriptiotekijä A1 (FOXA1) toimintaa. Käytämme tutkimuksessamme koko genominlaajuisia syväsekvensointitekniikoita, yksittäisten solujen genomiikan menetelmiä, ja yksittäisten molekyylien kuvantamistekniikoita. Tavoitteenamme on löytää uusia lääkekohteita ja hoitomuotoja lääkeresistenttien syöpien kukistamiseen.
Tutkimusryhmä:
Ville Paakinaho
Akatemiatutkija, FT, dosentti (molekulaarinen endokrinologia)
Projektitutkija, FaT Niina Aaltonen
Väitöskirjatutkija, FM Laura Helminen
Väitöskirjatutkija, FM Johannes Hiltunen
Projektitutkija, FM Jasmin Huttunen
Tutkimusprojektit:
(i) Transkriptiotekijöiden ristiinkytkentä mekanismit hyvänlaatuisessa verrattuna pahanlaatuiseen eturauhassyöpään.
(ii) Steroidireseptori-välitteinen lääkeresistenssi eturauhassyövässä.
(iii) Koregulaattoriproteiinit transkriptiotekijöiden ristiinkytkennässä ja niiden merkitys eturauhassyövässä.
Katso tutkimuksemme tarkempi kuvaus englanninkielisiltä sivuiltamme.
Ajankohtaista
-
Steroidireseptorien tutkimuskeskus yhdistää nuoria huippututkijoita
Steroidireseptorien tutkimuskeskus yhdistää nuoria huippututkijoita
-
Ville Paakinaholle Unto Uotila -palkintoVille Paakinaholle Unto Uotila -palkinto
-
bioRxiv preprintbioRxiv preprint
Tutkimusprojekti (ii): Steroidireseptori-välitteinen lääkeresistenssi eturauhassyövässä.
-
Kansainväliset yhteistyökumppanit
- Gordon L. Hager (National Cancer Institute, NIH, Bethesda, MD, USA)
- Claude Libert (Ghent University, Ghent, Belgium)
Kansalliset yhteistyökumppanit
Avainsanat
Johtajat
Tutkijatohtorit
Väitöskirjatutkijat
-
Laura Helminen
ProjektitutkijaLääketieteen laitos, Biolääketiede -
Johannes Hiltunen
Nuorempi tutkijaLääketieteen laitos, Biolääketiede
Muut ryhmän jäsenet
-
Jasmin Huttunen
-
Heini Sohlberg
Julkaisut
9 kappaletta-
An intrinsically disordered region-mediated confinement state contributes to the dynamics and function of transcription factors
Garcia, David A; Johnson, Thomas A; Presman, Diego M; Fettweis, Gregory; Wagh, Kaustubh; Rinaldi, Lorenzo; Stavreva, Diana A; Paakinaho, Ville; Jensen, Rikke AM; Mandrup, Susanne; Upadhyaya, Arpita; Hager, Gordon L. 2021. Molecular cell. 81: 1484-1498 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Chromatin-directed proteomics-identified network of endogenous androgen receptor in prostate cancer cells
Launonen, Kaisa-Mari; Paakinaho, Ville; Sigismondo, Gianluca; Malinen, Marjo; Sironen, Reijo; Hartikainen, Jaana M; Laakso, Hanna; Visakorpi, Tapio; Krijgsveld, Jeroen; Niskanen, Einari A; Palvimo, Jorma J. 2021. Oncogene. 40: 4567-4579 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Genome-wide binding potential and regulatory activity of the glucocorticoid receptor's monomeric and dimeric forms
Johnson, Thomas A; Paakinaho, Ville; Kim, Sohyoung; Hager, Gordon L; Presman, Diego M. 2021. Nature communications. 12: 1987 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Genome-wide crosstalk between steroid receptors in breast and prostate cancers
Paakinaho, Ville; Palvimo, Jorma J. 2021. Endocrine-related cancer. 28: R231-R250 A2 Katsausartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Power-law behavior of transcription factor dynamics at the single-molecule level implies a continuum affinity model
Garcia, David A; Fettweis, Gregory; Presman, Diego M; Paakinaho, Ville; Jarzynski, Christopher; Upadhyaya, Arpita; Hager, Gordon L. 2021. Nucleic acids research. 49: 6605-6620 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
SUMOylation regulates the protein network and chromatin accessibility at glucocorticoid receptor-binding sites
Paakinaho, Ville; Lempiäinen, Joanna K; Sigismondo, Gianluca; Niskanen, Einari A; Malinen, Marjo; Jääskeläinen, Tiina; Varjosalo, Markku; Krijgsveld, Jeroen; Palvimo, Jorma J. 2021. Nucleic acids research. 49: 1951-1971 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Glucocorticoid receptor quaternary structure drives chromatin occupancy and transcriptional outcome
Paakinaho, V; Johnson, TA; Presman, DM; Hager, GL. 2019. Genome research. 29: 1223-1234 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Meta-analysis of Chromatin Programming by Steroid Receptors
Paakinaho, Ville; Swinstead, Erin E; Presman, Diego M; Grøntved, Lars; Hager, Gordon L. 2019. Cell reports. 28: 3523-3534 A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä -
Chromatin reprogramming in breast cancer
Swinstead, Erin E; Paakinaho, Ville; Hager, Gordon L. 2018. Endocrine-related cancer. 25: R385-R404 A2 Katsausartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä