Paakinaho lab: Transkriptiotekijöiden ristiinkytkentä syövissä
Tutkimusryhmä
Tutkimusryhmämme pyrkii selvittämään transkriptiotekijöiden ristiinkytkentää syövissä. Pääasiassa keskitymme tutkimaan steroidireseptorien ja pioneeritekijöiden toimintaa eturauhassyövässä.
Tutkimuksemme keskittyy selvittämään kuinka steroidireseptorit ja pioneeritekijät säätelevät transkriptiota sekä normaaleissa että tautitiloissa. Erityinen mielenkiinnon kohteemme on transkriptiotekijöiden ristiinkytkentä eturauhassyövässä; miten steroidireseptorit ja pioneeritekijät muuttavat toistensa toimintaa vaikuttaen syövän syntyyn, kehitykseen, ja lääkeresistenssiin. Steroidireseptoreista tutkimme pääasiassa glukokortikoidireseptori (GR) ja androgeenireseptori (AR), ja pioneeritekijöistä forkhead-transkriptiotekijä A1 (FOXA1) toimintaa. Käytämme tutkimuksessamme koko genominlaajuisia syväsekvensointitekniikoita, yksittäisten solujen genomiikan menetelmiä, ja yksittäisten molekyylien kuvantamistekniikoita. Tavoitteenamme on löytää uusia lääkekohteita ja hoitomuotoja lääkeresistenttien syöpien kukistamiseen.
Rahoittaja(t)
Päärahoittaja
Suomen Akatemia
Muut rahoittaja(t)
Sigrid Juséliuksen Säätiö (Sigrid Jusélius Foundation)
Syöpäsäätiö (Cancer Foundation Finland)
Tutkimusryhmän kuvaus
Katso tutkimuksemme tarkempi kuvaus englanninkielisiltä sivuiltamme.
Avainsanat
androgeenireseptori
estrogeenireseptori
genomiikka
glukokortikoidireseptori
kromatiini
pioneeritekijä
syöpätutkimus
Ryhmän jäsenet - UEF
-
Ville Paakinaho Akatemiatutkija, Lääketieteen laitos, Biolääketiede -
Niina Aaltonen Projektitutkija, Lääketieteen laitos, Biolääketiede -
Laura Helminen Projektitutkija, Lääketieteen laitos, Biolääketiede
Johtaja(t)
Tutkijatohtorit
Väitöskirjatutkijat
Muut ryhmän jäsenet
-
Jasmin Huttunen jasmin.huttunen@uef.fi
-
Johannes Hiltunen johannes.hiltunen@uef.fi
YHTEISTYÖKUMPPANIT - UEF
-
Steroid Receptor Research Center Tutkimme steroidihormonireseptorien merkitystä ... -
Niskanen Group: steroidireseptorien säätelymekanismit *** työn alla *** -
Steroidireseptorit ja SUMO-muokkaukset geenien luennan ja solujen erilaistumisen säätelyssä -
Systeemitason genomiikka – Heinäniemi Tutkimuksemme selvittää sairauksien syntymekani... -
Cancer Cell Plasticity Ketola group
Cancer Cell Plastic...
Yhteistyökumppanit
Linkit
Julkaisut
-
An intrinsically disordered region-mediated confinement state contributes to the dynamics and function of transcription factors Garcia, David A; Johnson, Thomas A; Presman, Diego M; Fettweis, Gregory; Wagh, Kaustubh; Rinaldi, Lorenzo; Stavreva, Diana A; Paakinaho, Ville; Jensen, Rikke AM; Mandrup, Susanne; Upadhyaya, Arpita; Hager, Gordon L. 2021. An intrinsically disordered region-mediated confinement state contributes to the dynamics and function of transcription factors Molecular cell 81 7: 1484-1498. 2021
-
Chromatin-directed proteomics-identified network of endogenous androgen receptor in prostate cancer cells Launonen, Kaisa-Mari; Paakinaho, Ville; Sigismondo, Gianluca; Malinen, Marjo; Sironen, Reijo; Hartikainen, Jaana M; Laakso, Hanna; Visakorpi, Tapio; Krijgsveld, Jeroen; Niskanen, Einari A; Palvimo, Jorma J. 2021. Chromatin-directed proteomics-identified network of endogenous androgen receptor in prostate cancer cells Oncogene 40 27: 4567-4579. 2021
-
Combined glucocorticoid resistance and hyperlactatemia contributes to lethal shock in sepsis Vandewalle, Jolien; Timmermans, Steven; Paakinaho, Ville; Vancraeynest, Lies; Dewyse, Liza; Vanderhaeghen, Tineke; Wallaeys, Charlotte; Van Wyngene, Lise; Van Looveren, Kelly; Nuyttens, Louise; Eggermont, Melanie; Dewaele, Sylviane; Velho, Tiago R; Moita, Luis F; Weis, Sebastian; Sponholz, Christoph; van Grunsven, Leo A; Dewerchin, Mieke; Carmeliet, Peter; De Bosscher, Karolien; et al.; [incl. Pal. 2021. Combined glucocorticoid resistance and hyperlactatemia contributes to lethal shock in sepsis Cell metabolism 33 9: 1763-1776.e5. 2021
-
Genome-wide binding potential and regulatory activity of the glucocorticoid receptor's monomeric and dimeric forms Johnson, Thomas A; Paakinaho, Ville; Kim, Sohyoung; Hager, Gordon L; Presman, Diego M. 2021. Genome-wide binding potential and regulatory activity of the glucocorticoid receptor's monomeric and dimeric forms Nature communications 12: 1987. 2021
-
Genome-wide crosstalk between steroid receptors in breast and prostate cancers Paakinaho, Ville; Palvimo, Jorma J. 2021. Genome-wide crosstalk between steroid receptors in breast and prostate cancers Endocrine-related cancer 28 9: R231-R250. 2021
-
SUMOylation regulates the protein network and chromatin accessibility at glucocorticoid receptor-binding sites Paakinaho, Ville; Lempiäinen, Joanna K; Sigismondo, Gianluca; Niskanen, Einari A; Malinen, Marjo; Jääskeläinen, Tiina; Varjosalo, Markku; Krijgsveld, Jeroen; Palvimo, Jorma J. 2021. SUMOylation regulates the protein network and chromatin accessibility at glucocorticoid receptor-binding sites Nucleic acids research 49 4: 1951-1971. 2021
-
Glucocorticoid receptor quaternary structure drives chromatin occupancy and transcriptional outcome Paakinaho, V; Johnson, TA; Presman, DM; Hager, GL. 2019. Glucocorticoid receptor quaternary structure drives chromatin occupancy and transcriptional outcome Genome research 29 8: 1223-1234. 2019
-
Meta-analysis of Chromatin Programming by Steroid Receptors Paakinaho, Ville; Swinstead, Erin E; Presman, Diego M; Grøntved, Lars; Hager, Gordon L. 2019. Meta-analysis of Chromatin Programming by Steroid Receptors Cell reports 28 13: 3523-3534. 2019
-
Chromatin reprogramming in breast cancer Swinstead, Erin E; Paakinaho, Ville; Hager, Gordon L. 2018. Chromatin reprogramming in breast cancer. ENDOCRINE-RELATED CANCER 25 7: R385-R404. 2018