
Geenien säätelyn genetiikka taudeissa
Johtajat
Tavoitteemme on tunnistaa ja molekyylitasolla selittää geenin säätelytekijöiden toimintaa muokkaavaa ihmisen geneettinen vaihtelua, joka voi vaikuttaa sellaisten osittain perinnöllisten sairauksien kuten tyypin 2 diabeteksen tai Alzheimerin taudin syntyyn. Hyödynnämme metabolisiin sairauksiin kohdistuvassa tutkimuksessamme mm. hiirigenetiikan työkaluja ja genominlaajuisia karttoja geenien ilmentymisestä ja kromatiinin aktiivisuudesta sekä kudos- että yksittäisen solun tasolla, tarkoituksenamme siirtää päälöydökset ihmisen metaboliaan vaikuttavan genetiikan piiriin metaboliareittien säätelyn konservaation kautta. Neurodegeneratiivisten sairauksien osalta teemme laajalti yhteistyötä UEF:n Neuro RC:n tutkimusryhmien kanssa.
Uusien, todella kausaalisten geneettisten muutosten tunnistaminen ja mekanistinen selittäminen tarjoavat työkaluja monitekijäisten sairauksien ennustamiseen, alaluokitteluun ja henkilökohtaisen lääketieteen käyttöön.
Rahoitus
Suomen Akatemia, Diabetestutkimussäätiö, Itä-Suomen yliopisto
Yhteistyö
-
University of Texas Health San Antonio
-
Itä-Suomen yliopisto, Biolääketiede
-
Itä-Suomen yliopisto, Kliininen patologia ja oikeuslääketiede
-
Alzheimerin taudin molekyyligenetiikka 01.01.2022 -
-
NPH and Early AD 01.01.2010 -
-
Annakaisa Haapasalon ryhmä (Molekulaarinen neurodegeneraatio) 01.06.2015 -
-
Kardiovaskulaarinen Genomiikka (Kaikkonen tutkimusryhmä) 01.09.2015 -
-
Ei-koodaavat RNA-molekyylit rintasyövässä
-
Mechanisms of cancer and metabolic disease (Levonen Lab) 01.01.2010 -
Avainsanat
Julkaisut
65 kappaletta-
A multi-ancestry genome-wide study incorporating gene-smoking interactions identifies multiple new loci for pulse pressure and mean arterial pressure
Sung, Yun Ju; de Las Fuentes, Lisa; Winkler, Thomas W; Chasman, Daniel I; Bentley, Amy R; Kraja, Aldi T; Ntalla, Ioanna; Warren, Helen R; Guo, Xiuqing; Schwander, Karen; Manning, Alisa K; Brown, Michael R; Aschard, Hugues; Feitosa, Mary F; Franceschini, Nora; Lu, Yingchang; et al. (incl. Heikkinen, Sami; Kuusisto, Johanna; Laakso, Markku; Stancáková, Alena; Lakka, Timo A). 2019. Human molecular genetics. 28: 2615-2633 -
Multi-Ancestry Genome-Wide Association Study of Lipid Levels Incorporating Gene-Alcohol Interactions
de Vries, PS; Brown, MR; Bentley, AR; Sung, YJ; Winkler, TW; Ntalla, I; Schwander, K; Kraja, AT; Guo, X; Franceschini, N; Cheng, CY; Sim, X; Vojinovic, D; Huffman, JE; Musani, SK; Li, C; Feitosa, MF; Richard, MA; Noordam, R; Aschard, H; et al. (Incl. Kuusisto, Johanna; Laakso, Markku; Lakka, Timo; Heikkinen, Sami). 2019. American journal of epidemiology. 188: 1033-1054 -
Multi-ancestry genome-wide gene-smoking interaction study of 387,272 individuals identifies new loci associated with serum lipids
Bentley, AR; Sung, YJ; Brown, MR; Winkler, TW; Kraja, AT; Ntalla, I; Schwander, K; Chasman, DI; Lim, E; Deng, X; Guo, X; Liu, J; Lu, Y; Cheng, CY; Sim, X; Vojinovic, D; Lakka, TA; Heikkinen, S; Kuusisto, J; Laakso, M; et al. (incl. Laakso, Markku; Heikkinen, Sami; Kuusisto, Johanna; Lakka, Timo; Rauramaa, Rainer). 2019. Nature genetics. 51: 636-648 -
Multi-ancestry study of blood lipid levels identifies four loci interacting with physical activity
Kilpeläinen, TO; Bentley, AR; Noordam, R; Sung, YJ; Schwander, K; Winkler, TW; Jakupovic, H; Chasman, DI; Manning, A; Ntalla, I; Aschard, H; Brown, MR; de Las Fuentes, L; Franceschini, N; Guo, X; Vojinovic, D; Aslibekyan, S; Feitosa, MF; Kho, M; Musani, SK; et al. [Incl. Lakka, Timo; Heikkinen, Sami; Kuusisto, Johanna; Laakso, Markku]. 2019. Nature communications. 10: 376 -
A Large-Scale Multi-ancestry Genome-wide Study Accounting for Smoking Behavior Identifies Multiple Significant Loci for Blood Pressure
Sung, YJ; Winkler, TW; de Las Fuentes, L; Bentley, AR; Brown, MR; Kraja, AT; Schwander, K; Ntalla, I; Guo, X; Franceschini, N; Lu, Y; Cheng, CY; Sim, X; Vojinovic, D; Marten, J; Musani, SK; Li, C; Feitosa, MF; Kilpeläinen, TO; Richard, MA et al. (incl. Yaluri, Alena; Heikkinen, Sami; Kuusisto, Johanna; Laakso, Markku). 2018. American journal of human genetics. 102: 375-400 -
Novel genetic associations for blood pressure identified via gene-alcohol interaction in up to 570K individuals across multiple ancestries
Feitosa, MF; Kraja, AT; Chasman, DI; Sung, YJ; Winkler, TW; Ntalla, I; Guo, X; Franceschini, N; Cheng, CY; Sim, X; Vojinovic, D; Marten, J; Musani, SK; Li, C; Bentley, AR; Brown, MR; Schwander, K; Richard, MA; Noordam, R; Aschard, H; et al. (incl. Laakso, Markku; Heikkinen, Sami; Kuusisto, Johanna; Lakka, Timo; Yaluri, Alena). 2018. PLoS ONE. 13: e0198166 -
The Diabetes Gene and Wnt Pathway Effector TCF7L2 Regulates Adipocyte Development and Function
Chen, Xi; Ayala, Iriscilla; Shannon, Chris; Fourcaudot, Marcel; Acharya, Nikhil K; Jenkinson, Christopher P; Heikkinen, Sami; Norton, Luke. 2018. Diabetes. 67: 554-568 -
Integration of VDR genome wide binding and GWAS genetic variation data reveals co-occurrence of VDR and NF-kappaB binding that is linked to immune phenotypes
Singh PK, van den Berg PR, Long MD, Vreugdenhil A, Grieshober L, Ochs-Balcom HM, Wang J, Delcambre S, Heikkinen S, Carlberg C, Campbell MJ, Sucheston-Campbell LE. 2017. Bmc genomics. 18: - -
NRF2 regulates endothelial glycolysis and proliferation with miR-93 and mediates the effects of oxidized phospholipids on endothelial activation
Kuosmanen SM, Kansanen E, Kaikkonen MU, Sihvola V, Pulkkinen K, Jyrkkänen H-K, Tuoresmäki P, Hartikainen J, Hippeläinen M, Kokko H, Tavi P, Heikkinen S, Levonen A-M. 2017. Nucleic acids research. 2018; 46: 1124-1138 -
The Effects of Sequence Variation on Genome-wide NRF2 Binding - New Target Genes and Regulatory SNPs
Kuosmanen Suvi M, Viitala Sari, Laitinen Tuomo, Peräkylä Mikael, Pölönen Petri, Kansanen Emilia, Leinonen Hanna, Raju Suresh, Wienecke-Baldacchino Anke, Närvänen Ale, Poso Antti, Heinäniemi Merja, Heikkinen Sami, Levonen Anna-Liisa. 2016. Nucleic acids research. 44: 1760-1775