Steroidireseptorien säätelymekanismit - Niskanen lab
Johtajat
Selvitämme millä mekanismeilla koregulaattoriproteiinit vaikuttavat transkription säätelyyn. Malleina käytämme kortisoli ja tulehdussignalointireittejä, jotka voidaan aktivoida soluissa hallitusti.
Synteettiset glukokortikoidit (GK) ovat voimakkaita tulehdusta ehkäiseviä lääkkeitä, joita käytetään laajasti tulehdussairauksien kuten astman ja nivelreuman hoidossa. GK:n pitkäaikaisella käytöllä on kuitenkin vakavia sivuvaikutuksia, jotka voivat johtaa esimerkiksi diabeteksen tai osteoporoosin kehittymiseen. GK:t toimivat aktivoimalla transkriptiotekijän, GK reseptorin, joka aktivoi ja vaimentaa geenien ilmentymistä. GK:n tulehdusta ehkäisevät vaikutukset johtuvat tulehdusgeenien vaimentamisesta, kun taas sivuvaikutukset metabolisten geenien aktivoinnista. Geenien aktivaatioon johtavat mekanismit tunnetaan melko hyvin, mutta vaimentamiseen johtavia ei juurikaan.
Yhteistyö
-
Professori
-
Akatemiatutkija
-
Professori, Biolääketiede
-
Akatemiatutkija
-
Yliopistotutkija, dosentti (syöpäbiologia)
-
Suomen Akatemian Tutkijatohtori
-
Academy Research Fellow, Assistant Professor of Health Bioinformatics (tenure track)
-
Yliopistonlehtori
-
Yliopistotutkija (Tenure Track)
-
Grégoire Stik
Ryhmänjohtaja
Avainsanat
Julkaisut
20 kappaletta-
Chromatin accessibility and pioneer factor FOXA1 restrict glucocorticoid receptor action in prostate cancer
Helminen, Laura; Huttunen, Jasmin; Tulonen, Melina; Aaltonen, Niina; Niskanen, Einari A; Palvimo, Jorma J; Paakinaho, Ville. 2023. Nucleic acids research. 2024; 52: 625-642 -
Complementary analysis of proteome‐wide proteomics reveals changes in RNA binding protein‐profiles during prostate cancer progression
Aikio, Erika; Koivukoski, Sonja; Kallio, Elina; Sadeesh, Nithin; Niskanen, Einari A; Latonen, Leena. 2023. Cancer reports. 6: -
Genetic variation is a key determinant of chromatin accessibility and drives differences in the regulatory landscape of C57BL/6J and 129S1/SvImJ mice
Mononen, Juho; Taipale, Mari; Malinen, Marjo; Velidendla, Bharadwaja; Niskanen, Einari; Levonen, Anna-Liisa; Ruotsalainen, Anna-Kaisa; Heikkinen, Sami. 2023. Nucleic acids research. [Epub ahead of print 28 Dec 2023]: -
International Online Team-Based Learning in Higher Education of Biomedicine - Evaluation by Learning Analytics
Mairinoja, Laura; López-Pernas, Sonsoles; Elmoazen, Ramy; Niskanen, Einari A.; Kuningas, Tiina; Wärri, Anni; Saqr, Mohammed; Strauss, Leena. Teoksessa: Elmoazen, Ramy; López-Pernas, Sonsoles; Misiejuk, Kamila; Khalil, Mohammad; Wasson, Barbara; Saqr, Mohammed(toim.) , 2023. Proceedings of the Technology-Enhanced Learning in Laboratories Workshop (TELL 2023). s. 49-60. -
Parvovirus nonstructural protein 2 interacts with chromatin-regulating cellular proteins
Mattola, Salla; Salokas, Kari; Aho, Vesa; Mäntylä, Elina; Salminen, Sami; Hakanen, Satu; Niskanen, Einari A.; Svirskaite, Julija; Ihalainen, Teemu O.; Airenne, Kari J.; Kaikkonen-Määttä, Minna; Parrish, Colin R.; Varjosalo, Markku; Vihinen-Ranta, Maija. 2022. PLoS pathogens. 18: -
Agonist-specific Protein Interactomes of Glucocorticoid and Androgen Receptor as Revealed by Proximity Mapping
Lempiäinen Joanna K, Niskanen Einari A, Vuoti Kaisa-Mari, Lampinen Riikka E, Göös Helka, Varjosalo Markku, Palvimo Jorma J. 2017. Molecular and cellular proteomics. 16: 1462-1474 -
Chromatin SUMOylation in heat stress : to protect, pause and organise?
Niskanen Einari A, Palvimo Jorma J. 2017. Bioessays. 39: 1600263 -
Crosstalk between androgen and pro-inflammatory signaling remodels androgen receptor and NF-kB cistrome to reprogram the prostate cancer cell transcriptome
Malinen Marjo, Niskanen Einari A, Kaikkonen Minna U, Palvimo Jorma J. 2016. Nucleic acids research. 45: 619-630 -
Global analysis of transcription in castration-resistant prostate cancer cells uncovers active enhancers and direct androgen receptor targets
Toropainen Sari, Niskanen Einari A, Malinen Marjo, Sutinen Päivi, Kaikkonen Minna U, Palvimo Jorma J. 2016. Scientific reports. 6: 33510 -
Promoter-Targeted Histone Acetylation of Chromatinized Parvoviral Genome Is Essential for the Progress of Infection
Mäntylä E, Salokas K, Oittinen M, Aho V, Mäntysaari P, Palmujoki L, Kalliolinna O, Ihalainen TO, Niskanen EA, Timonen J, Viiri K, Vihinen-Ranta M. 2016. Journal of virology. 90: 4059-4066